Яжелбицкий договор положил основание подчинению Новгорода. Житие св. Ионы, архиепископа Новгородского, повествует, что в. к. Василий Васильевич собирался решительно поднять руку на Новгород, жалуясь на новгородцев, «аки не по лепоте от них чтом». «А ему, – поясняет житие, – великого княжения власть над князьми русскими предержащу, и сего ради искаше подъяти руце на Великий Новгород». «Повесть об Ионе» составлена современником в конце 1472 года и свидетельствует, что вопрос о «государстве» великого князя над Новгородом стоял перед сознанием московских правящих кругов и новгородских политиков задолго до того, как Иван III приступил к его разрешению512. По существу, он был действительно поставлен ребром в Яжелбицком договоре и обострен последовавшими новгородскими волнениями. Возможно, что Житие св. Ионы верно представляет дело, утверждая, что назревший конфликт отсрочен его предстательством за Новгород перед великокняжеской властью; по крайней мере, кончина святителя, умершего в ноябре 1470 года, послужила исходным моментом для сложной истории «падения Великого Новгорода». Руководившая новгородской политикой боярская партия имела свой план действий – решила искать помощи против Москвы за литовским рубежом. Однако в начавшихся сношениях с Литвой следует различать два момента, соотношение которых объясняет полную неудачу плана Борецких. Сношения с Литвой начались еще до кончины арх. Ионы, так как через три дня после его смерти в Новгород прибыл князь Михаил Олелькович, «испрошенный» новгородцами у короля Казимира513. Дело шло о водворении в Новгороде литовского наместника «от православного христианства». По рассказам, сохранившимся в наших летописных сводах, план князя Михаила и Борецких состоял в том, чтобы за литовского пана, который станет новгородским правителем, выдать вдову посадника Исаака Марфу и тем утвердить связь боярской партии с литовской правящей средой и ее господство над Новгородом514. Возможно, конечно, что это только слух или сплетня – новгородская либо московская. Но положение Казимира перед новгородским делом было весьма затруднительно. Если оно представлялось возможным, то не иначе как при участии православных князей и панов Литовско-русского государства, той среды русских Рюриковичей и обруселых Гедиминовичей или панов литвинов, борьба с которыми была очередной задачей внутренней политики Казимира. Михаил Олелькович, виднейший представитель этой среды, ее кандидат на великое княжение, подготовлял в Новгороде почву для такого решения дела, которое едва ли было в намерениях короля: создания в Новгороде крупного наместничества для православного магната.
Дело не замедлило осложниться церковным вопросом. По смерти Ионы Св. София, Премудрость Божия, избрала себе жребий его протодьякона и ризничего Феофила; кандидат литовской партии, владычний ключарь Пимен, потерпел неудачу, Феофил отнесся двойственно и нерешительно к затее литовской партии: начал хлопоты по поездке в Москву к митр. Филиппу на поставление, но принял участие и в сношениях с Казимиром. Последнее было, вероятно, вынуждено соперничеством с Пименом, который искал опоры в литовской партии и соглашался ехать на поставление к литовскому митрополиту. А этот проект чрезвычайно осложнялся тем, что литовско-русскую митрополию занимал Григорий, униат и ученик Исидора, которого не признали вожди православной западнорусской среды, князья Олельковичи и паны Гольшанские. Правда, Григорий добился незадолго перед тем признания своего митрополичьего сана и даже своих прав на митрополию всея Руси от константинопольского патриарха Дионисия, но это вызвало резкий протест Москвы и только еще более запутало церковные отношения явным соблазном515. В таких условиях соглашение новгородских правящих кругов с королем Казимиром не могло получить достаточной силы, хотя и вылилось в формулу договора о назначении на Новгород литовского наместника – православного, о держании Новгорода «в воле мужей вольных», о защите его против в. к. Ивана всей литовской силой516. В Новгороде поднялись тревоги и раздоры517. Над вольным городом повеяло грозной опасностью, когда пришли вести из Пскова, что в. к. Иван подымает псковичей против Новгорода518. Но Москва выступила сперва не с ратной силой, а с увещаниями митрополита о «честном и грозном» княжении новгородского «отчича и дедича», о смирении «по великой старине» «под крепкую руку благоверного и благочестивого государя русских земель», о великом грехе «приступать к латинской прелести» признанием власти «латинского господаря»519. Новгородцы, охваченные внутренними разногласиями и недоверием к московской власти, не дали, по-видимому, никакого ответа. Тогда в. к. Иван поднялся на них «всеми землями» с братьями и служебными князьями, с царевичем Даньяром, тверской и псковской ратью, а другую рать направил на Двинскую землю.