Польский историк отметил, что утверждение непосредственной великокняжеской власти в Новгороде встревожило все враждебные Москве западные силы – и Ливонский орден, и Швецию, и Литву537. Как только «князь великий московский взял Новгород и вече им сказил», московские наместники появились на Ржеве и ее волостях, на Великих Луках и в Холмском погосте и привели местное население к присяге на имя своего великого князя, а представителей литовской власти согнали прочь538. Литовское государство почуяло наступление восточного соседа, настойчивого и упорного, направлявшего и силы крымского хана на западнорусские волости. Литовская рада уже в 1478 году настаивает на организации особого от польской королевской власти великокняжеского правительства, но король Казимир решил сам вернуться в Вильну и деятельно заняться восточными делами. Власти Ливонского ордена обсуждают вопрос, как бы «вернуть московита к тому положению, в каком были его предки», заводит сношения со Швецией и Казимиром. Назревала та коалиция против Москвы ее западных недругов и Золотой Орды, которая так беспомощно распалась в ближайшие годы. Нет прямых сведений о том, как отразились эти попытки действий, враждебных Москве, на Новгороде. Но в октябре 1479 года Иван Васильевич в приезд свой на Новгород изымал в коромоле архиеп. Феофила и сослал его в Москву; обвиняли его опять в замысле, чтобы Новгород был «за королем или за иным государем»539. Настоящая расправа за эту новую крамолу произошла позднее, когда пережита была тревога раздора с братьями великого князя и нашествия хана Ахмата. Потребность великокняжеской власти тверже и увереннее стать на западной границе и вовсе упразднить возможность областных сепаратных внешних сношений должна была особо обостриться после таких событий. И в 80-х годах великий князь ликвидирует арестами и выводом из Новгорода остатки литовской партии, а затем эти меры разрастаются в широкий «пересмотр людей и земель», которым разрушен боярский слой новгородского населения, но захвачены глубоко и более широкие его группы – житьи люди и купечество, а выдвинуты на их место более надежные элементы из центральных областей и положено в крупных размерах основание служилому землевладению и тяглому строю Новгородской украйны540.
Большая организационная работа на новгородской почве вошла в общую перестройку положения западных областей Великороссии. Псков сохранил на время внешние формы своего народоправства, но под управлением московских наместников, которых псковичи держали у себя, по псковской старине, князьями. В начале самостоятельного правления Ивана III псковичи согнали «с бесчестьем» князя Владимира Андреевича, того служилого ростовского князя, который был посажен у них Василием «ни по псковскому прошению, ни по старине». Иван Васильевич прогневался, но все-таки «дал им князя по псковскому изволению», и князь этот Иван Александрович Звенигородский «целовал крест ко Пскову на всей псковской пошлине»541. По псковскому челобитью и с крестоцелованием на псковской пошлине княжил с 1467 года во Пскове кн. Федор Юрьевич Шуйский, но его наместничья власть уже значительно усилена: управление псковскими пригородами с судом и расправой перешло в его руки542. И князь Шуйский стал «творить сильно» над псковичами, так что они били челом о его замене князем Иваном Стригой Оболенским, но великий князь прислал его брата Ярослава. Новый наместник сел на псковском княжении в феврале 1473 года с крестоцелованием «на пошлинных грамотах и всех старинах псковских» при вечевом собрании псковичей543.