В итоге октябристам удалось провести 16 депутатов (в том числе П. А. Гейдена, М. А. Стаховича и др.), которые оказались на крайне правом фланге народного представительства. В связи с неудачной избирательной кампанией уже в июне 1906 года в «Союзе 17 октября» обсуждался вопрос о реорганизации партии и создании нового объединения на базе формировавшейся Партии мирного обновления. Политический курс правительства П. А. Столыпина «Союз…» в целом поддержал. Его лидеры в большинстве своем вполне сочувственно отнеслись и к учреждению военно-полевых судов 19 августа 1906 года, что привело к выходу из партии лидеров мирнообновленцев – П. А. Гейдена, М. А. Стаховича, Д. Н. Шипова. Во Второй Думе фракцию октябристов составляли 28 депутатов (к концу сессии – 35), которые блокировались с Группой правых и умеренных. Неготовность думского большинства к диалогу с правительством вынуждала «Союза 17 октября» требовать роспуска законодательного собрания.
Избирательный закон от 3 июня 1907 года позволил октябристам заметно увеличить свое представительство в Думе до 154 депутатов. «Союз 17 октября» занял ведущее место в Таврическом дворце, имея возможность заключать соглашения как с правыми, так и с кадетами, что зачастую предрешало результат голосования. Период наибольшего влияния октябристов на политическую жизнь страны совпал с разрушением организационной структуры «Союза 17 октября». К 1909 году осталось около 90 местных организаций, причем некоторые из них фактически уже не функционировали. Это вынуждало октябристов сконцентрироваться на думской деятельности. Однако дезинтеграционные тенденции имели место и в самой фракции.
Накануне начала работы Третьей Думы октябристы собрались на совещание. Решался вопрос о программе работы фракции. И тут же возникло разногласие. Многие депутаты были категорически против документов, хотя бы в чем-то ограничивающих свободу действий. В итоге предложенная программа была принята только к сведению. Детально ее даже не обсуждали.
Благоприятное впечатление на октябристов произвели правые. Их представлял П. Н. Крупенский, который пришел на собрание фракции «Союза 17 октября». Он заявил о готовности его товарищей к сотрудничеству в деле реформ на основании Манифеста 17 октября. Его речь была встречена восторженными аплодисментами. В значительной мере это объяснялось удивлением. Октябристы сомневались в конституционных увлечениях своих правых коллег. Правые же приглашали октябристов в свой клуб на Моховой улице, рассчитывали согласовывать с ними свои решения. Среди членов «Союза 17 октября» единодушия на сей счет не было. Левое крыло категорически возражало. Другие настаивали на том, что проигнорировать это предложение было бы бестактным. Левых октябристов поддержал А. И. Гучков. В итоге его точка зрения возобладала: к правым не ходить, кандидатуру председателя Думы с ними не согласовывать.
Это неприятно удивило правых депутатов. Некоторые из них присутствовали на октябристском собрании и не могли не высказать своего возмущения. Слово взял П. В. Синадино:
Задаваясь этим вопросом, Синадино упускал из виду политические эмоции, охватившие многих октябристов. Они ситуативно были ближе к правым, разделяли их страх перед революцией, для них был немыслим альянс с леворадикальными силами. Более того, многие октябристы мало чем отличались от правых. Однако это не относилось к лидерам «Союза 17 октября». Они как раз с правомонархистами себя не отождествляли. Ситуация была парадоксальная. Левые октябристы росли из того же корня, что и многие кадеты, но разделяли постулаты, зачастую близкие их противникам. Будучи органически связанными с конституционными демократами, они тяготились альянсом с правыми и втайне рассчитывали на союз с кадетами. Их позиция сказалась во время обсуждения состава будущего президиума Третьей Думы. В качестве товарища председателя Думы они предпочитали видеть кадета В. А. Маклакова или мирнообновленца Н. Н. Львова.