Бывший министр торговли и промышленности С. И. Тимашев вспоминал, что он сам и его коллеги по правительству, приходя на заседание бюджетной комиссии, «являлись как бы на экзамен, или, скорее, на суд в последовательном порядке все ведомства, одно за другим». Руководители ведомств предпочитали лично присутствовать на заседаниях: слишком важные вопросы обсуждались. Причем говорили не только о цифрах, но и о программе деятельности министерств. Вроде бы Алексеенко был в высшей степени любезен с правительственными сановниками, однако при необходимости «моментально осаживал». «Экзамен» провалил министр торговли и промышленности И. П. Шипов. Алексеенко не был доволен руководством Морского министерства. В октябре 1913 года в интервью корреспонденту газет «Русское слово» и «Речь» Л. Неманову сказал: «Кредиты на большую судостроительную программу в Государственной думе ни при каких условиях не пройдут», – добавив при этом, что «„кораблики“ нужны только морскому министру, а мы не так богаты, чтобы исполнять фантазии каждого министра».
Трудно было представить бюджетную комиссию без Алексеенко. У того не было шанса уйти с этой должности. Когда в 1908 году он попытался это сделать, его отговорили. В марте 1911 года после отставки А. И. Гучкова с поста председателя Думы некоторые октябристы считали, что нашли в лице Алексеенко достойную замену.
Однако председатель бюджетной комиссии упорно отказывался. Его упрашивали занять пост хотя бы до Пасхи. «Что я вам, красное яичко, что ли?» – шутил Алексеенко. В итоге думскому большинству ничего не оставалось, как сойтись на кандидатуре М. В. Родзянко.
Лишь в Думе Алексеенко присоединился к «Союзу 17 октября». По словам П. П. Мигулина, «в сущности, М. М. Алексеенко был человеком беспартийным, чем и объясняется исключительное отношение к нему со стороны всех наших парламентских партий». Он редко говорил о текущей политике, он преимущественно выступал о бюджете. Ситуация изменилась в ноябре 1913 года, когда встал вопрос о характере будущей фракционной работы. Алексеенко вышел из состава фракции, когда большинство депутатов-октябристов признали обязательными постановления ноябрьской конференции, согласно которым народные избранники должны были подчиняться решениям ЦК. На следующий день Алексеенко взял себя в руки и предложил повременить с решительными действиями:
Речь Алексеенко произвела сильное впечатление. Среди левых октябристов явно поубавилось сторонников разрыва с правым крылом партии. Однако конфликт разрешить не удалось. Компромисс оказался недостижимым.