19 июля/1 августа 1926 года, в день прославления Преподобного Серафима, Владыка служил вместе с епископом Зиновием в Сарове. Епископ Серафим помазывал около раки Преподобного. На этот праздник был особенно большой наплыв богомольцев, все предчувствовали, что монастырь доживает свои последние дни. Многочисленные здания обители уже отобрали большевики, а братии пока милостиво были оставлены храмы и два монастырских корпуса. Этим же летом арестовали игумена Саровского монастыря Мефодия (Коковихина) и с ним четырех иеромонахов (Маркеллина, Леонида, Иерофея и Макария). В Саров они больше не вернулись.
Необычный наплыв паломников не остался не замеченным сотрудниками ОГПУ. В престольный праздник они насчитали в Сарове 10–11 тысяч человек со всех концов России. В сентябре 1926 года в Москве комиссия по проведению декрета об отделении церкви от государства при ЦК ВКП(б) решила: «Принимая во внимание, что Саровский и Дивеевский монастыри являются тем пунктом стечения, куда собираются отовсюду черносотенные элементы – поручить ОГПУ монастыри, как таковые, ликвидировать, удалить из них весь политический вредный элемент…» Возвратившись в Дивеево, епископ Серафим застал там представителя нижегородского НКВД, который сообщил, что въезд в Саров архипастырю теперь запрещен.
Зиму 1926–1927 годов Владыка Серафим прожил в корпусе за Канавкой, в комнатах Елены Ивановны Мотовиловой. В дни, когда Владыка жил в Дивееве, началось разорение Саровской обители. Епископ Серафим пережил надругательство над святынями Сарова, был свидетелем начала мученического пути мощей преподобного Серафима.
Дивеевская монахиня Серафима Булгакова в своих воспоминаниях о закрытии Саровской и Дивеевской обителей рассказывала: «В воскресенье Недели мытаря и фарисея приехали изверги разгонять Саров. Это длилось до 4-й недели Великого Поста… Выгонять монахов было трудно. У них у всех почти были отдельные келии с отдельными выходами, имелось по несколько ключей. Сегодня выгонят монаха, а назавтра он опять придет и запрется. Служба в церквях еще шла. Наконец, в понедельник Крестопоклонной недели приехало много начальства. Сгребли все святыни: Чудотворную икону Живоносного Источника, гроб-колоду, в котором лежал 70 лет в земле Батюшка Серафим, кипарисовый гроб, в котором находились мощи, и другое. Все это сложили между царскими покоями и северным входом Успенского собора, устроили костер, зажгли… Мощи же батюшки Серафима, то есть его косточки, как они были облачены в мантию и одежды, все это свернули вместе и вложили в синий просфорный ящик. Ящик запечатали, а сами разделились на 4 партии, сели на несколько саней и поехали в разные стороны, желая скрыть, куда они увезли мощи… Однако, как ни хотели скрыть концы, но когда тройка со святыми мощами въехала в село Кременки, там на колокольне ударили в набат… После этого служба в Сарове прекратилась, и монахи разошлись, кто куда… На 4-й неделе Великого Поста разогнали Саров, а после Пасхи явились к нам… Начались обыски по всему монастырю, по всем корпусам… В эти тяжелые дни пошла я к блаженной Марии Ивановне. Она сидела спокойная и безмятежная. “Мария Ивановна, поживем ли мы спокойно?” – “Поживем. – Сколько? – Три месяца!..”