Лишь 9 марта 1995 года по благословению Святейшего Патриарха при совершении всех формальностей, связанных с судебной медициной, профессор В.Н. Звягин и отец-настоятель В. Савиных перенесли из раскопа и переложили в новые ковчеги «честные мощи» иноков, обретённые под алтарём Спасского собора. Два ковчега с останками иноков были помещены в алтаре храма. С момента обретения они пролежали в сыром раскопе под полиэтиленовой плёнкой ровно два года.
Однако оставались открытыми вопросы, что делать с раскопом и с остатками погибающих от сырости гробовин и колод. Вскоре после обретения мощей, места захоронений и остатки гробов были помещены в кирпичные саркофаги (выложены кирпичной кладкой). В дальнейшем остатки гробовин в кирпичных саркофагах были покрыты мраморными досками. А изголовье погребения, от которого при вскрытии исходило благоухание, было перекрыто специальной нишей, которая стала основанием при возведении святого Престола собора. Но судьба раскопа пока решена не была.
В следующем 1996 году новый директор музея Г.В. Попов принял решение о завершении работ в алтарной части собора. Предполагалось законсервировать исторические колоды в захоронении, засыпать их чистым, прокалённым речным песком, а сверху закрыть дубовыми крышками-саркофагами. Намечено было также «выполнить засыпку чистым речным песком части раскопа под Престолом. Однако выполнение всех этих работ возлагалось на приходской совет храма. Чего не последовало.
Отметим, что по-прежнему очень актуальным оставался вопрос об идентификации иноческих останков. В бездействии пробежали 1998 и 1999 годы. В мае и июне 2000 года вновь началось археологическое обследование раскопа. Однако бывший зав. сектором археологии музея О.Г. Ульянов был лишен директором права вести археологические раскопки. Ульянов не имел Открытого листа и всячески искажал в своих публикациях реальную картину работ, проведённых в раскопе.
Группа новых и старых археологов, побывавших в раскопе, и дирекция музея всё более склонялись к засыпке раскопа прокалённым песком из опасений, что раскоп может повлечь за собой обрушения или деформацию собора. Однако эта позиция не устраивала приходскую общину по целому ряду причин. Главной была та, что у общины уже созрело стремление укрепить раскоп и превратить его в «
С этой целью приходская община пригласила осмотреть раскоп известного архитектора-реставратора В.В. Кавельмахера. В своём отчёте, приложенном к записке директору музея, этот независимый эксперт отмечал: «…Сегодня, когда раскопки “крипты” Спасского собора – факт совершившийся, поневоле спрашиваешь себя: а почему всё это нельзя было сделать при гласном участии квалифицированного археолога, с Открытым листом в руках, с благословения церковного начальства – и в то же время – цивилизованно, грамотно, – на благо и Церкви, и науки? Однако почему-то – нельзя! Такова, видимо, судьба памятников русской культуры и их радетелей – учёных и неучёных подвижников, – то ли героев, то ли преступников! И всё же когда-нибудь придётся попробовать жить по-другому».
Далее следовал конструктивный вывод: «Никакой срочной необходимости в засыпке раскопа, разумеется, нет. Здание стоит крепко, а время терпит. Для обдумывания раскрытого в “крипте” должно быть взято очень большое время. Скажу больше: если бы не опасность превращения подклета в место массового паломничества, я бы, наверное, не засыпал его никогда и предоставил решать этот вопрос следующему поколению».
В мае в музее было проведено совещание, на которое были приглашены реставраторы нескольких солидных организаций и отец-настоятель собора. На совещании шла речь о том, чтобы «проверить возможность устройства неглубокой крипты на месте раскопа для размещения в нём приходской ризницы». В последующие два года накал противостояния между музеем и приходом заметно ослабел.
Однако лето 2003 года принесло очередную ошеломляющую новость. Ещё на первом этапе археологических работ в раскопе была открыта небольшая ниша, в которой обнажились два черепа и кости. На эту находку археологи просто не обратили внимания. Но в начале 2003 года община обратилась за помощью в организацию «Московский исторический некрополь» музея-заповедника «Московский Кремль». Там быстро откликнулись на просьбу прихода. Но руководство музея с излишней осторожностью и явной неохотой дало согласие на продолжение раскопок, при условии, что в них будут участвовать сотрудники Института археологии РАН. Руководство МиАР ещё раз подтвердило своё намерение «ликвидировать раскоп» в алтарной части собора летом-осенью 2003 года.