Западная цивилизация всегда мечтала о том, чтобы собрать все документированные знания в одной библиотеке. Мечта эта началась с мифа об Александрийской библиотеке и вновь вернулась в эпоху Возрождения, по мере того как росло ощущение, что библиотеки могут помочь людям преодолеть все стоящие перед человечеством проблемы или по крайней мере могут дать им возможность получить доступ ко всей необходимой для важной научной работы информации. Реформация разорила многие библиотеки Европы, в особенности на Британских островах. Потери невозможно точно оценить, но из различных источников нам известно, что было утрачено от 70 до 80 % собраний существовавших до Реформации британских библиотек и чуть меньший процент книг на полках библиотек европейских монастырей.
Реформация причинила немалый вред книгам и в других отношениях: в частности, противники Реформации выступали за уничтожение иудейских книг. Глядя на немногие книги, пережившие подобного рода атаки, можно не сомневаться, что мы потеряли огромный объем знаний времен католического средневековья - не только погибшие тексты тех или иных авторов, но также свидетельства того; что хорошо известных авторов читали самые разные люди в различных религиозных общинах. В результате понесенного средневековыми монастырскими архивами ущерба мы лишились документальных свидетельств повседневной жизни, а как нам известно на примере Великой хартии, в архивах этих хранились порой неожиданные, но крайне важные документы.
В учредительном уставе библиотеки сэр Томас Бодли изложил множество подробных условий, касавшихся обеспечения сохранности ее собраний, отчасти как прямой ответ на случившееся ранее уничтожение знаний. Обеспечивая сохранность материалов, сэр Томас мог также обеспечить к ним доступ не только для преподавателей и студентов университета, но и для тех, кого он называл «всей республикой ученых». Его идеи были внове для того времени - ни одна другая библиотека в Европе не посвящала столько сил сохранению своих фондов, быстрому росту книжного собрания и одновременно расширению доступа к нему для широкой публики. В собственном архиве Бодли имеются документы, свидетельствующие об использовании собрания библиотеки после ее формального открытия в 1602 году, в которых упоминаются ученые из Данцига, Монпелье и Гамбурга, а также из других частей страны [15].
Другим новшеством, которое ввел сэр Томас, стала публикация каталога фондов библиотеки. Впервые свой каталог опубликовала библиотека Университета Лейдена в 1595 году, одновременно с открытием ее нового библиотечного здания. На знаменитой гравюре, сделанной в 1610 году, видно, что книжное собрание расставлено по семи категориям: богословие, право, медицина, математика, философия, литература, история [16].
«Ничто не создает библиотеке большей репутации, чем возможность для каждого найти то, что он ищет», - писал влиятельный библиотекарь Габриэль Нодэ в 1627 году, критикуя Амброзианскую библиотеку в Милане (одну из немногих общедоступных в Европе) за отсутствие тематической классификации и «беспорядочную расстановку книг» [17]. В противоположность ей Бодлианская библиотека отличалась превосходной организацией. Это была первая библиотека в Англии, каталог которой был отпечатан и распространен в 1605 году (через три года после открытия библиотеки для читателей). Каталог делил всю информацию на четыре группы: искусство, богословие, право и медицину, но также содержал общий указатель авторов и отдельные указатели к комментариям к Аристотелю и Библии. Составителем каталога был Томас Джеймс, первый главный библиотекарь. Сохранилась большая часть переписки между ним и Бодли, которая во многом посвящена каталогам.
Первые каталоги представляли собой списки (именовавшиеся «таблицами»), которые размещались в деревянных рамах в конце каждого ряда полок во вновь восстановленных помещениях, которые мы сегодня называем Библиотекой герцога Хамфри: «Следует в первую очередь обратить внимание на соблюдение порядка при расстановке книг в их библиотеке, как алфавитного, так и по тематике» [18]. Внешне каталог выглядел как небольшая книга размером, обычно именовавшимся «кварто»; хотя он имел всего 22 сантиметра в высоту, в нем содержалось свыше четырехсот страниц текста, свыше двухсот страниц приложений и шестьдесят четыре страницы указателя, что дает право считать его значимой публикацией. Каталог широко распространялся, продавался на Франкфуртской книжной ярмарке (которая и сегодня остается главным ежегодным сбором издателей, где представляются новые книги) и начал использоваться другими собирателями книг и библиотеками. К примеру, экземплярами каталога 1605 года владели великий французский коллекционер Жак-Огюст де Ту в Париже и шотландский поэт Уильям Драммонд в Эдинбурге. В 1620 году Бодлианская библиотека ввела новшество, выпустив новое издание каталога, упорядоченное по алфавиту авторов, - практика, ставшая стандартной в последующие столетия, но тогда явившаяся очередной вехой в истории человеческой мысли [19].