В Вильно некоторым членам «Бумажной бригады» вместе с другими евреями из гетто удалось бежать и присоединиться к партизанам в лесах. Одним из них был поэт Абрам Зуцкевер, вступивший в еврейский партизанский отряд «Некоменемер» («Мстители»). Услышав новости об освобождении Вильно, Зуцкевер и Юстас Палецкис, президент Литвы в изгнании, помчались в город, минуя на дорогах остатки отступающей немецкой армии и трупы немецких солдат, источавших запах мертвечины, который был «приятнее любых духов», как писал в своем дневнике Зуцкевер [45] .
Вернувшись в Вильно после того, как наступающие советские войска вытеснили немцев, Зуцкевер обнаружил, что здание YIVO подверглось артиллерийскому обстрелу и все тайно спрятанные в нем документы погибли. Большинство членов «Бумажной бригады» были отправлены в концлагеря или убиты в последние дни нацистского геноцида. В живых остались лишь немногие: Зуцкевер, еще один поэт Шмерке Качергинский, библиотекарь Дина Абрамович, Ружка Корчак, студентка-активистка социалистической сионистской «Молодой гвардии», Нойме Маркелес, еще одна студентка-коммунистка, работавшая в бригаде вместе со своим отцом; Акива Гершатер, фотограф и знаток эсперанто, и математик Леон Бернштейн [46] . Собравшись вместе среди руин Вильно, они начали искать тайники в гетто , часть которых была обнаружена и уничтожена нацистами. Каким-то чудом уцелел построенный Гершоном Абрамовичем подземный склад, и извлеченные из него материалы стали символом надежды для немногих оставшихся в городе евреев. Не пострадали и два других тайника. К выжившим членам «Бумажной бригады», бежавшим в свое время из Вильно во главе с Зуцкевером и Шмерке Качергинским, присоединился Абба Ковнер, бывший командир подполья гетто. Вместе они создали Еврейский музей культуры и искусства, ставший своего рода преемником YIVO, с формального одобрения официальных советских властей, под покровительством Народного комиссариата просвещения. Подобный шаг они предприняли, понимая, что при советской власти не смогут существовать никакие частные институты, подобные YIVO. В новом музее, разместившемся в бывшей библиотеке гетто, они начали разбирать вновь обретенные собрания. Двадцать тонн материалов YIVO нашлись на бумажной фабрике, а еще тридцать тонн - во дворе виленского управления по сбору отходов. В музей начали прибывать мешки из-под картофеля, набитые книгами и документами [47].
Ближе к осени жизнь возвращавшихся в Вильно евреев окрасилась в мрачные краски. Советские власти начали усиливать контроль, и еврейская культурная деятельность стала целью политических репрессий. Когда Зуцкевер и его коллеги обнаружили, что Советы отправили тридцать тонн найденных в управлении по сбору отходов книг обратно на бумажные фабрики, сотрудники YIVO в Вильно поняли, что книги и документы придется спасать повторно.
Советская власть не только являлись убежденной противницей всех разновидностей религии, но была особенно настроена против евреев, которых в 1940-х годах начали ассоциировать с Америкой, куда эмигрировали многие из них. Постепенно сотрудники музея снова занялись тайной переправкой книг, отправляя часть из них в офис YIVO в Нью-Йорке. Ситуация в Вильно стала столь тяжелой, что Качергинский подал в ноябре 1945 года в отставку, и они с Зуцкевером бежали в Париж. В 1949 году КГБ конфисковал у музея собрания YIVO, поместив их в подвал церкви Святого Георгия, превращенной в склад Книжной палаты Литовской Советской Социалистической Республики, возле бывшего монастыря кармелитов. Материалы оставались там нетронутыми в течение 40 лет.
С этого момента материалы YIVO и прочие еврейские документы в Вильнюсе обязаны своим существованием героическим усилиям литовского библиотекаря, доктора Антанаса Ульписа [48]. Ульпис был директором Книжной палаты, своего рода национальной библиотеки, которая сохраняла и документировала все книги, изданные в Литве. Его библиографический обзор литовских изданий до сегодняшнего дня остается постоянно цитируемой работой. Размещавшаяся в монастыре рядом с церковью Святого Георгия, Книжная палата использовала церковь в качестве склада для своих собраний. Ульпис симпатизировал евреям Литвы и вопреки сложившейся практике в 1950-960-х годах назначал их на ведущие должности. Имея возможность путешествовать по Литве в поисках материалов для Книжной палаты, он сумел сохранить немало важных еврейских собраний, которые пережили нацистов, но снова оказались под угрозой уничтожения со стороны Советов.