Смиренный Владыка, несомненно, оказывал благодатнейшее влияние на деятельность всех своих сотрудников на ниве Божией, от епископа до мирянина. При малейшей возможности он старался посетить приходы епархии. Митрополит Вениамин часто служил в Колпине, Кронштадте, Царском Селе, Луге, Гатчине и других городах губернии. Как бы незаметно, но при явном благоволении Божием устраивались многие дела Церкви.
При личном участии Владыки Вениамина в епархии после революционных потрясений вновь возникла широкая система богословского образования. Успешно действовало единственное в то время в стране высшее богословское учебное заведение – Богословский институт, имевший очень сильный состав преподавателей: ректор – настоятель Казанского собора, профессор-протоиерей Н. К. Чуков; проректор – заведующий Богословско-пастырским училищем И. П. Щербов; знаменитые профессора закрытой большевиками Духовной академии – А. И. Бриллиантов, Н. Н. Глубоковский; профессора Петроградского университета – академик Б. А. Тураев, профессора Л. П. Карсавин, И. М. Гревс и другие известные ученые. С благословения митрополита Вениамина институт содержался на средства приходских общин Петроградской епархии.
При всех благочиниях города и при некоторых храмах действовали богословско-пастырские курсы. Было также открыто множество воскресных школ. Высший церковный надзор за курсами и школами принадлежал митрополиту. По благословению Владыки Вениамина при храмах открывались многочисленные кружки для детей по изучению Закона Божия, читались лекции и устраивались духовные беседы для взрослых.
По-прежнему вели активную работу более двадцати православных братств святоотеческого направления. Главнейшими из них были: Александро-Невское, возглавляемое епископом Иннокентием; Спасское, возглавляемое иеромонахом Мануилом (Лемешевским); Вознесенское, возглавляемое протоиереем Иоанном Чокоем; Троице-Измайловское, возглавляемое протоиереем Михаилом Чельцовым.
В середине апреля 1922 года прошло очередную регистрацию в губисполкоме «Общество православных приходов Петрограда и его губернии». Это была авторитетная организация, существовавшая с 1920 года. Она сплотила лучших представителей духовенства и мирян. Председателем правления общества был известный юрист, профессор университета Юрий Новицкий; членами правления почтенные протоиереи – Николай Чуков, Николай Чепурин, Леонид Богоявленский, Михаил Чельцов; миряне Иван Ковшаров, Николай Елачич и другие.
Петроград стал тогда и главным центром православной интеллигенции России. При университете и в ряде других высших учебных заведений города действовали различные богословские общества и кружки. Многие представители интеллигенции, стоявшие до 1917 года далеко от Матери Церкви, меняли свои воззрения и возвращались к вере отцов. Вообще, в Петроградской епархии, несмотря на усиливавшиеся гонения, царил в то время необыкновенный религиозный подъем, и в этом, безусловно, была великая заслуга правящего архиерея.
Плодотворная деятельность Владыки и его помощников не могла не вызывать лютой ненависти у воинствующих безбожников и их подручных. Они прекрасно понимали, что глава Петроградской епархии никогда не изменит Христу. Выход у них был один – устранить ревностного поборника Православия… Целенаправленно велась работа по его дискредитации.
Предчувствуя новые гонения, митрополит Вениамин возвел в епископский сан двух достойных своих помощников – наместника Александро-Невской Лавры, архимандрита Николая (Ярушевича) с титулом епископа Петергофского и руководителя Александро-Невского братства, архимандрита Иннокентия (Тихонова) с титулом епископа Ладожского.
Богоборцы всё усиливали натиск. Вопреки сопротивлению братии, 9 мая 1922 года была вскрыта рака с мощами святого благоверного князя Александра Невского. Это кощунственное вскрытие фактически превратилось в открытое поругание и осквернение.
1 июня 1922 года без предъявления каких-либо определенных обвинений был арестован святитель Вениамин. Единственным поводом к аресту послужила телеграмма из Москвы в Петроградский губотдел ГПУ: «Митрополита Вениамина арестовать и привлечь к суду. Подобрать на него обвинительный материал. Арестовать его ближайших помощников-реакционеров и сотрудников канцелярии… Менжинский».
Вместе с Владыкой Вениамином по так называемому делу «о контрреволюционной организации петроградского духовенства, находившегося в сговоре со всемирной буржуазией и русской эмиграцией» было привлечено более 90 человек – видные церковные деятели, священники и миряне и даже случайные люди. Параллельно было возбуждено дело против православных братств. Это был разгром лучших сил Петроградской епархии.