В декабре 1925 года один за другим последовали аресты епископов Венедикта (Плотникова), Иннокентия (Тихонова) и Николая (Клементьева). Управление епархией принял на себя наместник Александро-Невской Лавры епископ Шлиссельбургский Григорий (Лебедев).
К этому времени, как и при священномученике митрополите Вениамине, Лавра становится центром Православия, где сходятся пути всех, ищущих света и истины. В данной должности Владыка Григорий пробыл до середины 1926 года.
26 августа 1926 года указом заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) митрополитом Ленинградским был назначен архиепископ Иосиф (Петровых) и уже 11 сентября 1926 прибыл в Ленинград. Вечером этого дня (
К прибытию Владыки Иосифа на Ленинградскую кафедру епископ Григорий возглавил подготовку митрополичьих богослужений 11–12 сентября 1926 года в сослужении всего ленинградского епископата.
В. В. Антонов далее сообщает о Владыке Григории: «И второй раз его арестовали 31 марта 1927 года по делу Пастырского училища. По этому делу, прекращенному чекистами “за недостатком компрометирующего материала”, Владыка обвинялся по ст. 58/10 в создании некоего кружка “Ревнителей истинного Православия”, члены которого якобы “должны были организовывать протесты при закрытии властями церквей”. На Шпалерной епископ Григорий просидел до 19 ноября 1927 года и вышел на свободу перед расколом, возникшим в Православной Церкви вследствие декларации заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия.
Эта декларация, выпущенная летом 1927 года под сильным нажимом безбожной власти, была воспринята многими православными клириками и мирянами как явная уступка этой власти и нарушение церковных традиций. Попытка оправдать её возможностью нормализовать отношения между Церковью и государством и легализовать церковное управление парировалась возражением, что конечной целью советского государства было и остаётся искоренение религии в России, и компромисс может иметь для Православной Церкви печальные последствия, ибо приведёт к дальнейшим уступкам.
Как известно, Ленинград стал центром оппозиции митрополиту Сергию, получившей название “иосифлянской” по имени возглавившего ее митрополита Ленинградского Иосифа (Петровых), которого поддержало влиятельное местное духовенство. Епископ Григорий не примкнул открыто к этой оппозиции, но исподволь поддерживал ее довольно активно, поминал за богослужением – как и многие в те годы – только сосланного митрополита Петра, Патриаршего Местоблюстителя, и не подчинился решению Синода от 28 января 1928 г. поминать заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия», – отмечает В. В. Антонов.
Вскоре Владыка Григорий отправился в Москву для объяснения митрополиту Сергию своей позиции. По результатам беседы подал ему прошение об увольнении на покой. В нем он писал:
«Ваше Высокопреосвященство, глубокочтимый Владыко!
Так как линия моего церковного поведения и руководства в направлении укрепления единства Церкви вне ориентировки на личности учитывается Вами как ошибочная, а я считаю ее, в условиях данного момента здешней церковной жизни, единственно мудрой, и так как результаты этой линии расцениваются Вами как углубление смуты, между тем как я считал таковые локализациею смущения, то единственным выходом для меня остается удаление от дальнейшего руководства церковной жизнью…
Наш вчерашний разговор был предметом моего тщательного продумывания, и я пришел к одному решению: настоящим я повергаю перед Вами просьбу освободить меня от несения обязанностей Вашего наместника по Св. Троицкой Александро-Невской Лавре и снять с меня руководство Шлиссельбургским и Детскосельским викариатством с увольнением на покой.
Четыре с половиной года пребывания на служении здесь, четыре с половиной года почти сплошных страданий, выучили меня ходить и определяться только состоянием по совести перед Лицем Божиим.
И теперь моя совесть спокойна. Пусть меня судит Господь.
Конечно, не скрою: мое больное сердце рвется от новой непосильной боли. Я вижу, что ухожу от своей паствы в горький час церковной жизни. Я покидаю Лавру, которой отдал свою душу, где было пролито столько слез, пережито столько горя, но где вместе с тем осязалась невидимая милосердная рука Божия, где молитвы были от сердца, где обвевало веянием нарастающего единения и любви и где я отдыхал душой, сливаясь в молитве с сердцами своей паствы, так любившей Лавру.
Я покидаю горячо любимый мною клир, всегда воздававший мне не по заслугам – своею преданностью, любовью и послушанием. Разве я могу забыть совсем недавние дни, когда клир явил мне великое доверие и удержал верующих в церковном единстве?