Лишь в конце 1930 года богоборцы устранили неугодного им священнослужителя. «Тройка» вынесла довольно «мягкий» по тем временам приговор – пять лет лагеря строгого режима. По милости Божией, отцу Алексию удалось освободиться на год ранее срока и далее отбывать ссылку на Крайнем Севере – в Мурманске и Мончегорске.
В июле 1941 года батюшка вернулся в Царское Село, которое вскоре заняли немцы. Матушка Фаина страдала тяжелым онкологическим заболеванием, поэтому отец Алексий не смог эвакуироваться и остался на оккупированной территории. В начале 1942 года им удалось перебраться вглубь области, на погост Козья Гора, где батюшка стал служить в храме Покрова Пресвятой Богородицы. Окормлял он и ряд соседних деревень – Пенино, Старополье и других, входивших в юрисдикцию Православной Псковской Духовной Миссии.
При этом в течение двух лет отец Алексий постоянно оказывал серьезную помощь партизанам деньгами и продуктами. В разговорах с немецкой администрацией он категорически отрицал эту связь.
В начале 1944 года Осьминский район освободили советские войска, и батюшка подал прошение о принятии в состав клира Ленинградской епархии. После принесения покаяния в августе 1945 года он был воссоединен с Московской Патриархией в сущем сане протоиерея.
В это время у супруги отца Алексия резко ухудшилось здоровье, и он подал прошение о переводе на приход, расположенный поближе к городу, в связи с необходимостью постоянного врачебного наблюдения за здоровьем матушки. Митрополит Григорий (Чуков) благосклонно отнесся к рассмотрению вопроса и назначил протоиерея Алексия Кибардина на место настоятеля вырицкого храма в честь Казанской иконы Пресвятой Богородицы.
В первые же дни своего служения в Вырице отец Алексий посетил преподобного Серафима. Как было описано выше, это была не первая их встреча.
Батюшку Алексия поразило духовное величие старца, а подвижник сразу увидел чистое сердце нового настоятеля вырицкого Казанского храма. Необычайно роднили их истинная любовь к ближним и своему многострадальному Отечеству. Объединяли двух служителей Божиих и их Небесные собратья: священномученики – Вениамин, митрополит Петроградский; Григорий, епископ Шлиссельбургский, который любил служить в Царском Селе; духовник Царской Семьи, протоиерей Александр Васильев и многие другие видные представители петроградского духовенства, пострадавшие в годы гонений.
Пастыри стали взаимно окормлять друг друга. Так протоиерей Алексий стал последним духовником преподобного Серафима Вырицкого.
Он регулярно навещал старца, и они вели долгие духовные беседы. Это общение приносило им взаимную радость о Христе Иисусе Господе нашем. Батюшка Серафим имел достойного собеседника, а отец Алексий необыкновенно обогащался от этих встреч. Он называл старца великим.
В свою очередь преподобный Серафим с большим теплом отзывался об отце Алексии. Многих, страждущих, приезжавших в Вырицу к отцу Серафиму, старец посылал сначала в Казанский храм к отцу Алексию, а затем уже принимал у себя в келлии. Старица монахиня Антония (Гаврилова) вспоминала, как преподобный Серафим говорил ей: «У нас протоиерей батюшка Алексий – очень хороший батюшка…»
Около трех с половиной лет продолжалась их духовная дружба и братская любовь – до последнего дня жизни преподобного Серафима 3 апреля 1949 года, когда отец Алексий сподобился причастить великого подвижника Святых Таин перед самой его блаженной кончиной. Он же читал молитву на исход души, служил первую панихиду по незабвенному старцу и провожал его в последний путь на земле.
Известно, что преподобный Серафим Вырицкий незадолго до своего ухода в Небесные обители предсказал отцу Алексию, что тот проживет еще 15 лет после кончины самого старца.
После кончины преподобного Серафима протоиерей Алексий Кибардин прослужил в Вырице еще год. О его выдающихся способностях священнослужителя красноречиво говорит докладная записка благочинного Пригородного округа протоиерея Александра Мошинского на имя владыки Григория (Чукова): «Протоиерей Алексий Кибардин свое пастырское служение при вырицкой Казанской церкви проходит с должным благоговением, истово совершая богослужения и сопровождает их поучениями. В то же время заботится о благолепии храма и умело ведет хозяйственную часть храма».
В апреле 1950 года по ложному доносу отец Алексий Кибардин снова был арестован. В своих воспоминаниях он пишет: «Следствие велось грубо, придирчиво, явно враждебно. С самого начала следователь с площадной бранью грубо огорошил меня:“Ты поп и бывший лагерник. Ты враг Родины и Советской власти. Ты должен был вредить и, значит, вредил Советской власти!” Я был подавлен такой логикой…»
68-летнего батюшку приговорили к 25 годам пребывания в концлагере особого режима, якобы за сотрудничество с оккупантами, хотя на самом деле он помогал партизанам. С глубочайшим смирением принял отец Алексий обрушившуюся на него скорбь.