В мирное время войско выставляло 1 конный полк с 32 офицерами, 668 нижними чинами и 708 лошадей, а в военное — три конных полка четырёхсотенного состава, с 45 офицерами, 1965 нижними чинами и 2106 лошадей. Кроме того, с 1906 г. в состав 3-й сотни лейб-гвардии Сводно-казачьего полка входил взвод семиреченских казаков.
Семиреченское казачье войско подчинялось Главному управлению казачьих войск, которое осуществляло руководство через командующего войсками Семиреченской области, который являлся одновременно наказным атаманом, и подчинялся сначала Туркестанскому, затем, с 1882 г. степному, а с 1899 г. снова туркестанскому генерал-губернатору{30}
.Для семиреченских казаков было характерно развитое самоуправление. Специальным положением 1870 г. вместо подчиненности населения военному губернатору и уездным начальникам вводилось почти полное самоуправление в станичных обществах. Важная роль отводилась главному органу самоуправления — сходу, на котором могли присутствовать и лица невойскового сословия, имевшие недвижимость в районе станиц, но они получали право голоса только в делах, их касающихся.
После того как в 1869 г. началась активная крестьянская колонизация края, между казаками и крестьянами началась пассивная конфронтация.
Семиреченские казаки активно участвовали в завоевании Средней Азии Российской империей. Первой крупной акцией, которую предприняло новое войско (вместе с сибирцами), стал Кульджинский поход 1871 г. Кульджа была вторым по величине городом Илийской провинции, располагаясь на выгодных торговых путях во внутренние районы Китая. В 1871–1881 гг. этот край находился под протекторатом России, а позже здесь обосновалось русское консульство, действовала школа военных переводчиков, отделение Русско-китайского банка. В самом городе было много русских магазинов, мельниц и даже небольшая больница.
В японской войне семиреченские казаки не участвовали, но были мобилизованы и подавляли мятеж в Туркестане.
Полки трёх очередей войска были мобилизованы для участия в Первой мировой войне. На январь 1917 г. из 6107 военнообязанных казаков на военной службе состояло 4167 человек. 1-й полк воевал в действующей армии. 2-й Семиреченский казачий полк нёс оккупационную службу в Персии и вернулся в Верный из Персии 31 января (13 февраля) 1918 г. Еще в пути, при движении через охваченные большевизмом районы, полк оказался распропагандированным большевиками и частично сдал оружие Самаркандскому Совету. 13 (26) февраля 1918 г. на Войсковом Круге, состоялись выборы Войскового атамана, и на этот пост был избран командир 2-го Семиреченского казачьего полка полковник Генерального штаба Александр Михайлович Ионов, а уже в ночь со 2 на 3 марта (нового стиля) в Верном произошло восстание большевиков с участием революционно настроенных казаков 2-го полка, в результате чего органы Временного правительства и Войсковой Круг были разогнаны. Некоторое время Войсковой Совет и Войсковое правительство еще пытались наладить отношения с образовавшимся после переворота Военно-революционным комитетом, тем более, что в марте у них появилась более надежная опора чем 2-й полк — из Действующей армии в Семиречье возвратились 1-й Семиреченский казачий генерала Колпаковского полк, Семиреченский взвод Лейб-Гвардии Сводно-Казачьего полка и 2-я Семиреченская отдельная казачья сотня. Но, почувствовав свою силу, Семиреченский ВРК арестовал Войскового атамана и распустил Войсковой Совет. Казаки-фронтовики, частично сдав оружие совдепу, разъехались по домам.
Впоследствии часть казаков во главе с генерал-майором Ионовым приняла участие в Гражданской войне на стороне белых.
В декабре 1918 г. с приказом освободить Семиречье от красных в область прибыл атаман Сибирских казаков Борис Анненков, получивший под командование второй Степной корпус. С этого же момента начинается его вражда с Александром Ионовым.