12 марта 1918 г. во главе партизанского отряда начал боевые действия против красных и 19 марта взял Омск, но к концу апреля большевики смогли отбить город.
Избран Войсковым атаманом Сибирского казачества, нелегально созванным в станице Атаманской (под Омском) войсковым кругом Сибирского казачества.
С образованием Временного Сибирского правительства в Омске отряд Анненкова был включен в состав отдельного Уральского армейского корпуса (с 26.08.1918 — III Уральского армейского корпуса).
В июне-октябре 1918 г. отряд Анненкова вместе с белочехами Р. Гайды выбил красных из Омска. Затем нанёс поражение отрядам И. Д. Каширина и В. К. Блюхера на Верхне-Уральском фронте и взял Верхнеуральск.
После взятия Уральска и Троицка Б. В. Анненков сформировал 4 полка, артиллерийский дивизион и несколько вспомогательных подразделений. По рекомендации казачьего круга ему было присвоено звание полковника (19.10.1918).
В сентябре 1918 г. вынужден покинуть фронт III Уральского армейского корпуса и жестоко подавил большевистское восстание в Славгородском и Павлодарском уездах. Сначала анненковцы сожгли деревню Черный Дол, затем вошли в Славгород (Алтайский край), при обороне которого погибло 150 красноармейцев. Согласно одному из источников, всего было убито 1667 человек. В Черном Доле изнасиловали 10 женщин, даже 13-летних девочек, а в поселке № 42 были изнасилованы все женщины{6}
. Семипалатинская область и Алтайская губерния были «почти сплошь перепороты отрядом Анненкова…». На судебном процессе в Семипалатинске в июле 1927 г. Б. В. Анненков признал, что предотвратить «эксцессы» в обстановке вооруженного столкновения «не было возможности».Источники отмечают, что Б. В. Анненков всегда сохранял партизанскую самостоятельность, зачастую не выполняя приказы командования. Атаман стремился к своеобразной военной демократии в своих частях. Офицером можно было стать, только пройдя все ступени, начиная с рядового. В его отряде действовали и другие правила. Слово «господин» заменялось словом «брат». На приветствие отвечали словом «привет», на благодарность — «стар», на поздравление — «благодар». На знамени отряда был начертан девиз «С нами Бог» и вышита эмблема в виде человеческого черепа с двумя перекрещенными костями. Анненков не играл в карты и другие азартные игры, не курил, не употреблял спиртное, не был замешан в скандальных любовных похождениях, что выгодно отличало его от многих командиров эпохи Гражданской войны. В партизанской дивизии Анненкова было запрещено употребление спиртного, пьяные изгонялись. «Штаба и свиты у атамана нет, — сообщала одна из газет того времени, — только пишущая машинка и вестовые. За сквернословие на третий раз изгонялись. Образцовая дисциплина, хорошее снаряжение, три рода оружия, преобладают интеллигентная молодежь, казаки и киргизы» (Мое прим.: киргизами в то время называли казахов). Управляющий Военного министерства Сибирского правительства генерал-лейтенант А. П. Будбергдал Б. В. Анненкову такую характеристику: «Этот атаман представляет собой редкое исключение среди остальных сибирских разновидностей этого звания; в его отряде установлена железная дисциплина, части хорошо обучены и несут тяжелую боевую службу, причем сам атаман является образцом храбрости, исполнения долга и солдатской простоты жизни»{29}
.Дисциплину Б. В. Анненков поддерживал, опираясь на военно-полевой суд, состоявший из офицеров, и специальную комиссию, действовавшую на основе дореволюционных законов и приказов штаба Верховного главнокомандующего. Одновременно применялись и внесудебные решения, которые утверждал сам атаман и приводила в исполнение получившая очередной наряд часть. Этому способствовал интернациональный характер отряда. В нем были батальон китайцев и афганцев и сербы. Это укрепляло положение атамана: в случае необходимости китайцы без особого смущения расстреливали русских, афганцы — китайцев, и наоборот.
Самостоятельность и самоуправство Анненкова привели к тому, что глава Сибирского правительства П. В. Вологодский потребовал его смещения. В ответ Исполняющий дела военного министра генерал Сукин заявил, что отряд не выдаст атамана и его можно будет взять только с боем. К тому же он имеет значительные силы. В итоге Совет министров постановил расследовать незаконные действия Анненкова. Его вызвали в Омск, но атаман отказался подчинить свой отряд 2-му Степному сибирскому корпусу, который действовал в Семиречье, и вернулся, захватив с собой около полутысячи новых добровольцев.
15 октября 1919 г. приказом адмирала А. В. Колчака «атаман Анненков за боевые отличия, исключительную храбрость, проявленную в боях 12–14 сего октября, награждается Орденом Святого Великомученика Георгия 4-й степени». Этим же приказом он производится в генерал-майоры.
23 октября 1918 г. партизанский отряд полковника Б. В. Анненкова передан в подчинение атамана Семиреченского казачьего войска и переименован Партизанскую атамана Анненкова дивизию, которая первоначально входила в состав 2-го Степного корпуса.