Весной-летом 1919 г. боевые действия затихли и велись в основном вокруг зоны Черкасской обороны. Несмотря на упорное сопротивление большевиков, в июле белые войска захватили большую часть территории, а также отразили ряд атак войск Северного фронта, нацеленных на прорыв и соединение с черкасскими защитниками. В свою очередь красным удалось отбить удары по своим флангам в районе Кольджата, Джаркента и Пржевальска. В октябре 1919 г. Колчак отозвал Ионова в Омск, заменив его генерал-майором, семиреченским казаком, Николаем Щербаковым, который сумел найти общий язык с Анненковым. Однако в конце 1919 г. белые потеряли Омск и Семипалатинск. Семиреченская армия оказалась отрезана от основных сил, а сам регион наводнили голодные, тифозные и обмороженные остатки оренбуржских войск. После того как 12.01.1920 г. большевики взяли Сергиопольскую станицу — самый северный опорный пункт семиреков, белая армия оказалась зажата в тиски с юга, запада и севера. На востоке, в тылу у них была китайская граница. Тем не менее, Борис Анненков принять решение закрепиться и удерживать позиции. Для этого имевшиеся части были переформированы и разделены на Северную (остатки Оренбургской армии), Центральную (возглавил сам Анненков) и Южную группы.
После прихода тепла возобновились боевые действия. К этому времени у казаков почти закончились боеприпасы и продовольствие. Реквизиции у местных приводили к волнениям и недовольству не только среди жителей, но и внутри армии. Когда стало ясно, что удержать фронт нельзя, Анненков передал приказ отходить к границе. Однако не все командующие его выполнили, многие предпочли капитулировать (практически вся Южная группа), сдаваясь вместе с остатками войск после получения гарантий безопасности и недопущения расправ. Отрядам Северной группы удалось преодолеть перевал Кара-Сарык, после чего они были интернированы. Последней Россию покинула Центральная группа Анненкова.
После разгрома белых, война в Семиречье, приняла партизанский характер. Непрекращающиеся реквизиции продовольствия и зачистка станиц вскоре привели к Верненскому мятежу.
Часть эмигрировавших казаков-семиреков отправилась дальше на Дальний Восток, другая — осела в Синьцзянском районе Китая. Вскоре оставшиеся казаки возобновили вооруженную борьбу с большевиками. Они совершали стремительные набеги на территорию России, громя и уничтожая небольшие отряды красных. Граница между Западным Китаем и Семиречьем стала напоминать линию фронта. В свою очередь, большевики проводили среди эмигрировавших казаков пропагандистские кампании за возвращение, неоднократно подкупали власти Синьцзяна, дабы получить разрешения на ввод в провинцию крупных карательных отрядов, совершающих рейды по казачьим поселениям. В 1921 г. во многих городах Синьцзяна появились торговые представительства РСФСР, а под их прикрытием страну наводнили агенты ЧК, начавшие охоту за руководителями белого движения. Недооценив работу советских спецслужб, погибли главные лидеры сопротивления: атаман Оренбургского казачества Александр Дутов и полковник П. И. Сидоров, был заманен в ловушку и вывезен в СССР на казнь Борис Владимирович Анненков. Семиреченский атаман Николай Щербаков, не дожидаясь прихода наемных убийц, двинул с небольшим отрядом на восток. Однако в пустыне Гоби он подхватил пятнистый тиф и умер в сентябре 1922 г. Казаки из его отряда дошли до Шанхая, где основали Семиреченскую казачью станицу.
Одним из немногих выживших предводителей Семиреченских казаков был атаман Александр Ионов. Эвакуировавшись из Владивостока, он оказался в Новой Зеландии, потом в Канаде и, наконец, в США, где и прожил до конца своей жизни. Ионов умер 18 июля 1950 г. в городе Нью-Йорке.
Остатки белоказаков, эмигрировавших в Кульджу в 1920 г., позднее составили основу войск Синьцзяня и приняли участие в синьцзяньской войне 1933 года{1}
{7}{30}.Семиреченские казаки одними из первых после установления советской власти подверглись депортации. Весной и летом голодного 1921 года — в ходе реформы землеустройства, фактически проводившейся под лозунгом борьбы с «кулацким шовинизмом» и ликвидации неравноправных отношений между пришлым европейским и коренным населением (первых рассматривали как исторических «обидчиков» вторых), — состоялось выселение зажиточных казаков из Семиреченской, Сыр-дарьинской, Ферганской и Самаркандской областей за пределы Туркестанского края.
Постановления Политбюро ЦК РКП (б) от 29 июня и от 5 декабря 1920 г. по этому вопросу предусматривали систему высылки и даже отправки кулаков в концентрационные лагеря «карательным порядком», но на индивидуальной основе.