К концу ноября 1917 г. под контролем Дутова оказалась большая территория Южного Урала. Он занимал стратегически важный регион, перекрывавший сообщение с Туркестаном и Сибирью.
Член оренбургского Комитета спасения Родины и Революции (с 08.11.1917). Избран депутатом Учредительного собрания от Оренбургского казачьего войска (не явился на него). Объявил мобилизацию казаков старшего возраста, которая по сути провалилась: казаки, только что вернувшиеся с Первой мировой войны, особо не горели желанием воевать.
Командующий войсками Оренбургского военного округа (с 12.1917).
22.11.1917 г. оренбургские большевики обратились к Ленину за помощью и 25.11.1917 г. Совет народных комиссаров призвал население к борьбе с атаманами Калединым (он выступал против большевиков в Донской области) и Дутовым. Совнарком объявил осадное положение на Южном Урале, запретил переговоры с противником и потребовал перехода казаков на сторону Советов. К началу 1918 г. на борьбу с Дутовым большевики стянули свыше 10 тыс. человек во главе с Василием Блюхером, будущим маршалом Советского Союза. 23 декабря 1918 г. они перешли в наступление, которое началось с северо-запада и северо-востока — от Бузулука и от Челябинска. Численно превосходящие силы большевиков 31 января 1918 г. разбили Дутова и взяли Оренбург. Дутов отступил в город Верхнеуральск, который был центром 2-го военного округа Оренбургского войска.
В Верхнеуральске, население которого составляло около 7 тыс. человек, Дутов пытался собрать партизанский отряд из офицеров, но по воспоминаниям местного врача М. Полосина (Рукопись «Воспоминания обывателя»), дело шло туго — если молодежь вступала в отряд, то офицеры постарше «интриговали против Дутова»: снимали погоны, чтобы их не призвали на борьбу. Сам же Дутов не особенно беспокоился об этом, а вел по свидетельству Полосина праздную жизнь: «ходил в клуб, ухаживал за дамами, играл в карты, ругал Керенского и социалистов».
Между тем репрессии (аресты, расстрелы, реквизиции, было сожжено 11 станиц) большевиков против казаков, оставшихся дома и не ушедших с Дутовым, настроили против них население и в тылу красных стали возникать партизанские отряды, начались восстания.
К началу весны 1918 г. советские войска занимали все волостные центры Оренбургской губернии. В марте казакам пришлось сдать Верхнеуральск, Дутов переехал в станицу Краснинскую, но уже в апреле ему с отрядом 240 человек пришлось бежать оттуда в Тургайские степи (т. н. Тургайский поход 17.04–07.07.1918). Здесь Дутову пригодились запасы, хранившиеся на складах после подавления восстания казахов 1916 г.
В мае 1918 г. произошел мятеж чехословацкого корпуса, который состоял из бывших военнослужащих австро-венгерской армии. Вслед за ними началось восстание оренбургских казаков, которые отправили к А. И. Дутову, как законно избранному войсковому атаману, в Тургайские степи, делегацию. 3 июля казаки взяли Оренбург и 7 июля Дутов прибыл в Оренбург и возглавил Оренбургское казачье войско, объявив территорию Оренбургской губернии «Особой Областью Войска Оренбургского»
8 июня 1918 г. в Самаре появилось первое всероссийское правительство, выступавшее против большевиков: Комитет членов Всероссийского Учредительного собрания (КОМУЧ). Дутов, как избранный член Учредительного собрания признал власть Комитета членов Учредительного собрания и присоединился к самарскому правительству Комуча.
Его назначили главноуполномоченным Комитета на территории Оренбургского казачьего войска, Оренбургской губернии и Тургайской области (июль — август 1918 г.). Начальник обороны Оренбургского казачьего войска (1918).
Однако очень быстро КОМУЧ возмутился далеко не демократичными методами работы атамана.
Свою позицию Дутов объяснял так: «Я люблю Россию, в частности, свой Оренбург, край, в этом вся моя платформа. К автономии областей отношусь положительно, и сам я большой областник. Если бы большевики и анархисты нашли действительный путь спасения, возрождения России, я был бы в их рядах, мне дорога Россия, и патриоты, какой бы партии они не принадлежали, меня поймут, как и я их. Но должен сказать прямо: „Я сторонник порядка, дисциплины, твёрдой власти, а в такое время, как теперь, когда на карту ставится существование целого огромного государства, я не остановлюсь и перед расстрелами. Эти расстрелы не месть, а лишь крайнее средство воздействия, и тут для меня все равны — большевики и не большевики, солдаты и офицеры, свои и чужие“». Это выдержка из его беседы с Сибирским телеграфным агентством.
Территория Оренбургского казачьего войска была разделена между самарским и омским правительствами, и Дутову, как атаману всего войска, приходилось поддерживать отношения с обоими, что вызывало недовольство и в Омске и в Самаре.
25 июля 1918 г. Дутов был произведен КОМУЧем в генерал-майоры.
Участвовал в Уфимском государственном совещании (сентябрь 1918 г.). Войска белых под руководством Дутова овладели городом Орск (28.09.1918), последним неподконтрольным белым центром на территории Оренбургского казачьего войска.