Наркомсудпрому, Наркомстрою, Главвоенпромстрою, Наркомтрансмашу и НКВД предстояло до 1950 года восстановить и реконструировать 27 судостроительных заводов, в том числе завершить строительство заводов № 402 в Молотовске и № 199 в Комсомольске-на-Амуре. Кроме этого, предполагалось построить восемь новых специализированных судостроительных заводов в Ленинграде, Таллине, Николаеве, Херсоне, Осипенко, Комсомольске-на-Амуре и Благовещенске.
Строительство тяжелых крейсеров возлагалось на завод № 402 и николаевский завод № 444 (им. А. Марти), каждый из которых должен был построить по два корабля. Легкие крейсеры предполагалось строить на ленинградских заводах № 189 (Балтийский, 13 единиц) и № 194 (им. А. Марти, 10 единиц), а также на николаевском заводе № 444 (7 единиц), эсминцы - на ленинградском заводе № 190 (им. А.А. Жданова, 58 единиц), николаевском заводе № 445 (им. 61 Коммунара, 49 единиц), заводах № 199 (52 единицы) и 402 (29 единиц). Все большие подводные лодки предстояло построить заводу № 196 в Ленинграде, а средние -заводам Ленинграда, Николаева и Горького (№ 112 «Красное Сормово»). Специализация заводов предусматривалась и при создании кораблей других классов, катеров и вспомогательных судов. На предприятия, обеспечивающие судостроительные заводы вооружением, броней, механизмами, также возлагались конкретные задачи. К 1956 году предстояло выпустить пятнадцать 220-мм, сто одиннадцать 152-мм и четыреста семь 130-мм башен, 193 тыс. тонн корабельной брони.
Первой послевоенной подводной лодкой стала средняя лодка проект 613 водоизмещением около 1050 тонн, вооруженная шестью торпедными аппарата» (ЦКБ-18, главный конструктор В.Н. Перегудов). При разработке проекта были использованы передовые немецкие технологии.
По сравнению с довоенными проектами лодка имела более высокие ходовые качества в подводном положении, вдвое увеличенную глубину погружения, более совершенные вооружение и оборудование. Закладка головной лодки состоялась 13 марта 1950 года в Горьком, а уже 2 декабря 1951 года подводная лодка была передана ВМФ. Строительство серии из 215 подводных лодок проекта 613 осуществлялось в Горьком, Николаеве, Ленинграде и в Комсомольске-на-Амуре. Это была самая большая программа в истории отечественного подводного кораблестроения. Например, в Горьком сдавали флоту до трех подводных лодок в месяц. Что касается И.В. Сталина, то подводные лодки проекта 613 полностью удовлетворяли его взгляды на развитие подводного флота.
Параллельно возобновились и работы по строительству больших лодок. В 1947-1948 годах был разработан проект 611 большой торпедной подводной лодки водоизмещением 1830 тонн, вооруженной 10 торпедными аппаратами (ЦКБ-18, главный конструктор С.А. Егоров). Многие технические решения, предусмотренные в проекте 611, основывались на более раннем опыте разработки средней подводной лодки проекта 613.
Головная лодка была заложена 10 января 1951 году в Ленинграде. Начавшиеся в том же году испытания из-за многочисленных дефектов и аварий затянулись, и лодка была передана флоту лишь 31 декабря 1953 года. Всего было построено 21 подводная лодка, несколько из которых впоследствии были переоборудованы под носители первых баллистических ракет морского базирования.
Наряду со строительством подводных лодок с традиционной энергетикой в СССР еще до войны были начаты и продолжались после войны работы по созданию лодок с единым двигателем, дающим возможность развивать большую скорость подводного хода и повышающим подводную автономность. В результате был разработан ряд принципиальных схем «единых» двигателей, применение которых могло обеспечить резкое улучшение упомянутых элементов подводных лодок.
В июле 1946 года вышло, подписанное И.В. Сталиным, специальное постановление Совета Министров СССР о развитии работ по созданию подводных лодок с «едиными» двигателями.
В конце 1946 года началось проектирование опытной малой подводной лодки проекта 615 водоизмещением около 390 тонн с «единым» двигателем (ЦКБ-18, главный конструктор А.С. Кассациер). Первая подводная лодка была заложена 17 марта 1950 году и передана флоту в 1953 году. По длительности плавания полной подводной скоростью и по дальности плавании экономической скоростью она значительно превосходила дизель-электрически подводные лодки, хотя во многом им уступала по условиям обитаемости. После успешных испытаний опытной лодки, уже после смерти И.В. Сталина, началась их серийная постройка по усовершенствованному проекту А615.