Сам Архип Иванович поселился здесь же, на верхнем этаже, устроив себе рядом с квартирой мастерскую. А на крышу, где, как и мечталось художнику, был разбит сад, с выстрелом крепостной пушки слетались стаи птиц, приученные к ежедневному ритуалу кормления. Нежная симпатия Куинджи к братьям нашим меньшим, и к птицам в особенности, стала среди петербуржцев притчей во языцех. Пернатых художник не только кормил, но и лечил. Задыхающемуся голубю он, по утверждению Репина, осуществил трахеотомию – вставил в горло трубочку. Архип Иванович не сомневался – раненые и покалеченные птицы сознательно ищут его защиты, зная, как он трепетно к ним относится. Куинджи волновала даже участь бабочек. С наступлением осенней прохлады он помещал их в тёплое помещение и подкармливал сладкой водой, а одной бабочке даже сумел подклеить крылышко. Помощь людям, животным, птицам была живейшей и первейшей потребностью Куинджи.
Возникшую в Товариществе идею приобретения в живописном районе Крыма участка земли и постройки дома для художников с удобными светлыми мастерскими и библиотекой Архип Куинджи, как обычно, поддержал реальными действиями. В 1886 году он подыскал подходящий участок под Кикенеизом (ныне Оползневое) площадью в 245 десятин (одна так называемая казённая десятина – 1,09 гектара) и вскоре купил его не слишком для того времени дорого – за 30 тысяч рублей. Прошло немного времени, и от коллективной идеи остались одни воспоминания. Так Куинджи стал единоличным владельцем обширных крымских угодий. Он приезжал сюда вместе с женой, чтобы прильнуть к благодатному южному великолепию. Домом супругам служила тесная разборная хижина, свою зимнюю невостребованность пережидавшая в деревне. Дом был настолько мал, что поместиться в нём могли только две кровати и небольшой столик со стулом. Разговаривавшего по-татарски художника местные жители воспринимали мудрецом-отшельником. А чтобы усмирить тоску по друзьям, Архип Иванович выбрал в горах несколько крупных валунов, на каждом из которых начертал имя одного из милых сердцу петербургских товарищей и, словно в гости, приходил к тому или иному камню в тот день недели, когда обычно наведывался к человеку, имя которого значилось на валуне.
Помимо Крыма, в летнюю пору Архип Иванович ездил ещё на Волгу, бывал на Украине, на Кавказе, и этюдник вместе с кистями и красками всегда имелся в его багаже. Волга не особенно пленила мастера, а вот настроение юга совпадало с внутренним состоянием художника. И когда Николай Ярошенко обзавёлся в Кисловодске усадьбой, Куинджи понравилось её навещать.
С 1889 года Архип Иванович включился в очень важную для себя деятельность – реформирование Академии художеств. Для членов ТПХВ участие в назревшем обновлении академического образования поначалу выглядело совершенно недопустимым. Считалось, что благодаря своим значительным материальным ресурсам академия неизбежно навяжет приблизившемуся к ней Товариществу свои правила и принципы. Но, с другой стороны, самое крупное учебное заведение империи, воспитывавшее будущих художников, остро нуждалось в современном методе преподавания, и передовые передвижники могли бы внести в архаизм академической педагогики очень много свежего и дельного. Куинджи понимал это прекрасно и твёрдо придерживался мнения, что передвижники не только могут, но просто обязаны помочь академии усовершенствовать систему преподавания.
Недавно назначенный конференц-секретарём Академии художеств граф и учёный-нумизмат Иван Иванович Толстой энергично взялся за проведение прогрессивных преобразований. Куинджи вместе с Репиным и Владимиром Маковским становится одним из главных помощников в начинаниях графа, сформировавшего в 1890 году специальную комиссию под своим председательством для подготовки нового академического устава. Свою позицию Куинджи всегда высказывал эмоционально, не давая возможности другим воззрениям поколебать его систему представлений, проверенных на истинность самой жизнью. И хотя стройность формулировок не была сильной стороной Куинджи-оратора, художник умел убеждать слушателей в своей правоте. Он обладал способностью находить рациональное решение при рассмотрении многих вопросов, и слушатели дивились оригинальности и вместе с тем естественной простоте предложений Архипа Ивановича.