По мере выступления архиерея обстановка накалялась. Вот как впоследствии опишет этот диспут сам архиепископ Никон: «Обличая лжеучение, я обратился к их здравому смыслу, указывая на то, что их учитель Булатович все слово Божие считает Богом, но ведь в слове Божием, в Священном Писании, много слов и человеческих, например, приводятся слова безумца: „несть Бог“; говорится о творениях Божиих, например, о червячке: что же, и это все — Бог? Так и все имена Божии как слова только обозначают Бога, указывают на Него, но сами по себе еще не Бог: имя Иисус — не Бог, имя Христос — не Бог. При этих словах… послышались крики: „Еретик! Учит, что Христос — не Бог! нет Бога“. Я продолжал речь, а так как вожди смуты продолжали шуметь, то С. В. Троицкий обратился к близ стоявшим: „Владыка говорит, что только имя Христос — не Бог, а Сам Христос есть истинный Бог наш“… Мне кричали:
„Еретик, крокодил из моря, седмиглавый змей, волк в овечьей шкуре!“»
Миссия архиепископа Никона на Афоне не имела успеха: об этом свидетельствуют как враждебные ему имяславские источники, так и он сам.
Тогда, наконец, было принято решение, к которому давно уже призывал архиепископ Антоний (Храповицкий), — прибегнуть к помощи военных для усмирения монашеского мятежа и вывоза с Афона его виновников. Вечером 11 июня пароход «Царь» доставил на Афон 118 солдат и 5 офицеров для подавления бунта. В тот же день десант вооруженных солдат с этого корабля высадился на берег и взял под контроль монастырь: солдаты заняли посты у всех шести ворот, у ризницы, кассы, храмов, библиотеки, водопровода и других стратегически важных объектов.
14 июня под охраной вооруженных солдат началась перепись монахов Пантелеимонова монастыря. По сведениям архиепископа Никона, к 29 июня из общего числа 1700 иноков 700 заявили, что они «к ереси не принадлежат», тогда как прочие называли себя «исповедниками имени Божия». Согласно имяславским источникам, результаты переписи были таковы: имяборцев — 661, имяславцев — 517, не явилось — 360. Таким образом, и по той и по другой статистике, несмотря на все увещания архиепископа, значительная часть иноков Пантелеимонова монастыря на конец июня продолжала активно или пассивно поддерживать имяславие.
3 июля в Пантелеймонов монастырь прибыл пароход «Херсон», на который при помощи солдат погрузили отчаянно сопротивлявшихся монахов-имяславцев общим числом 418 для вывоза с Афона. Вот как это изгнание описывается в имяславских источниках: «Безоружных, совершавших церковное служение иноков подвергли неслыханному истязанию — их в продолжение целого часа окатывали в упор из двух шлангов сильнейшей струей холодной горной воды, сбивая с ног, поражая… сильнейшими ударами лицо и тело… Для насильственного вывоза были поставлены два пулемета: из солдат выбирали охотников „бить монахов“… Наконец, полупьяных и осатаневших солдат бросили на безоружных иноков по команде „Бей штыками и прикладами!“… Били беспощадно!.. Хватали за волосы и бросали оземь!.. Били на полу и ногами. Сбрасывали по мокрым лестницам с четвертого этажа!.. Без чувств скатывались многие иноки с лестниц… Совершенно потерявших чувство и убитых оттаскивали в просфорню. В ту же ночь, как утверждают очевидцы, было похоронено четверо убитых». Сведения об убитых не подтверждаются иными источниками.
Как описывают в своих показаниях имяславцы, «монастырь превратился в поле сражения: коридоры были окровавлены, по всему двору видна была кровь, смешанная с водою; в некоторых местах выстланного камнями двора стояли целые лужи крови».
Судовым врачом «Херсона» засвидетельствовано сорок монахов с колотыми, резаными и рублеными ранами, а также ранами, нанесенными прикладом ружья.
6–8 июля пароход забрал 183 монаха из Андреевского скита: в отличие от иноков монастыря святого Пантелеимона, имяславцы Андреевского скита не оказали никакого сопротивления солдатам. Таким образом, всего на пароходе «Херсон» был вывезен с Афона 621 монах.
3 июля пароход «Херсон» с находившимися на его борту афонскими иноками прибыл в Одессу. Монахи по совету российского посла были разделены на группы: «с одной стороны, зачинщики и подстрекатели, с другой — невежественные массы. Первые — умелые в революционной и религиозной агитации и безусловно опасны. Вторые — искренно заблуждающиеся, при внимательной над ними духовной опеке могут быть сохранены в лоне Церкви». Наиболее опасные, с точки зрения российской власти, монахи были взяты под арест, остальных разослали по местам прежней прописки, предварительно подвергнув их унизительной процедуре «расстрижения».
17 июля в Одессу на пароходе «Чихачев» прибыла еще одна партия имяславцев, покинувших Афон, числом 212. Из оставшихся на Афоне русских монахов некоторые, опасаясь ареста, вскоре уехали добровольно. В результате русское афонское монашество в течение одного месяца уменьшилось примерно на тысячу человек. Если же сравнивать статистику 1910 и 1914 годов, то разница составляет около полутора тысяч.