Мы не знаем, что испытывал в те дни Шамиль, но вряд ли он был огорчен таким поворотом событий. Скорее обрадован. Ведь теперь он мог проявить свои способности и выйти на первые роли. Правда, пока еще только в окружении самого Дудаева. Слишком по тем временам был велик авторитет Джохара, чтобы бороться с ним за трон.
Но и сам Басаев к этому времени не был уже статистом на политической сцене. После своего возвращения в 1991 на Кавказ он стал принимать самое активное участие в деятельности Конфедерации народов Кавказа, которая представляла собой самую что ни на есть экстремистскую организацию, поставившую своей целью «освобождение» малых народов Северного Кавказа от влияния России и Грузии.
Догадывался ли уже тогда Басаев, что ничем хорошим противостояние Москвы и Грозного не кончится и спор между ними будет решаться не за столом переговоров, а на поле битвы, которым со временем станет на только Северный Кавказ, но крупные города России? Наверное, догадывался, слишком уже велики были амбиции Дудаева и его окружения и слишком было велико желание Чечни стать независимым государством.
А раз так, то ему было необходимо потренироваться и набраться боевого опыта для будущих сражений, и как только в 1992 году вспыхнула грузино-абхазская война, Басаев отправился на нее во главе отрядов Конфедерации. Воевал он умело, и закончил войну в должности главнокомандующего войсками Конфедерации. Теперь его знали все и в Чечне и в России. Правда, для России, которая, как говорят, тоже в какой-то степени использовала Басаева в войне в Абхазии, он пока еще не представлял той опасности, которую являет для нее и сейчас.
Таковой он стал только после того, как зимой 1994 угнал из аэропорта Минеральных Вод в Турцию российский самолёт. Оказавшись в весьма гостеприимной для чеченцев стране, Басаев не спешил на историческую родину и провел несколько месяцев в не менее гостеприимном для него Афганистане. Что он там делал? Точно сказать нельзя, а вот предположить, конечно, можно. Наводил мосты с главарями террористических исламских организаций для будущей борьбы с Россией и перенимал опыт в каком-нибудь лагере по подготовке террористов и диверсантов. Тем более что приблизительно в то же время в Афганистане находился будущий соратник Басаева в борьбе за освобождение Кавказа от российского влияния Хаттаб. Правда, этот уже тогда в своих грандиозных планах видел создание мировой исламской республики.
Сам Басаев так далеко не шел, да и не до мечтаний ему было — началась первая чеченская война, и он принимал самое активное участие в антироссийской партизанской войне 1994–1996 годов. Он стал организатором самого драматического события в ее истории: захвате больницы в Буденновске, во время которого было убито 100 человек. Тогда свершилось, наверное, то, о чем некогда мечтал Шамиль: с ним, никому не известным до начала войны чеченцем, говорил человек, являвшийся вторым лицом России. И не просто говорил, а уговаривал его пощадить заложников и оставить больницу.
Шамиль согласился. Вместе с Буденновском он оставил и немало загадок, и одной из них и по сей день остается то, как мог он с целым отрядом уйти сквозь окружившие Буденновск войска? Впрочем, таких загадок он задаст еще много, и каждый раз, когда он будет словно вода сквозь пальцы выходить из практически безвыходных ситуаций, многие будут только разводить руками, не зная, чем объяснить такую невероятную удачливость: отчаянностью чеченского полевого командира, или еще чем-то, более неприятным…
В апреле 1996 Басаев стал командующим вооруженными силами Чеченской республики, а в декабре того же года принял участие в президентских выборах, на которых набрал 23,5 % голосов.
Дудаева давно уже не было в живых, а Масхадова Басаев вряд ли считал конкурентом. Да и вообще их отношения оставляли желать много лучшего, хотя до открытого выступления друг против друга дело так и не дошло.
В 1999 году Басаев предпринял новую отчаянную акцию и вместе со своими моджахедами ворвался на территорию Дагестана, где предполагал провозгласить независимое от России исламское государство. Он является одним из ключевых лидеров вооружённого исламского движения на территории Чечни, избравшего в качестве базовой доктрины идеологию ваххабизма.
Басаев стоит во главе «Исламской Армии», в рядах которой, по разным оценкам, насчитывается от 2000 до 10 000 боевиков. Конечно, содержание столь многочисленной армии требует крупных денег, и основными источниками ее финансирования являются работорговля, получение выкупов за похищенных в соседних регионах людей, нефтяной, бензиновый и строительный бизнес (кланом Басаева контролируются многочисленные кустарные установки по переработке нефти, кирпичный завод и многое другое).