В свободное от плаваний время лучшие офицеры Севастопольского флота толкались в Корабельной, слушая отрывистые замечания Ушакова. Этот капитан не любил длинных разговоров и всегда был занят делом. Он не искал легкой славы, ни перед кем не заискивал, в гневе был неукротим, обычно же терпелив и добродушен. Таков был его характер.
Еще в 1785 году, приметив дарования Ушакова, Потёмкин поручил ему занятия со всеми моряками Севастопольской эскадры, но Войнович отчасти этому препятствовал, считая благоразумным ограничить Ушакова командой «Святого Павла». И Ушаков приучал свою команду к «скорому и красивому управлению всякого морского дела». На «Святом Павле» умели поднимать и опускать паруса с быстротой необычайной.
Между тем, капитан всегда находил, к чему придраться: то крепление ему казалось слабым, то не так осадили шкоты и галсы. Он заставлял переделывать всё заново и упражнял людей десятки раз.
Ушаков знал каждую щель в обшивке каждой шлюпки и неоднократно докладывал Войновичу о необходимых починках и приобретениях. Еще весной 1787 года он уговаривал адмирала доложить о неблагополучном состоянии кораблей.
Хотя граф Войнович охотно принимал многие советы и планы Ушакова, выдавая их потом за свои, но на этот раз мнения их разошлись. Войнович боялся навлечь на себя гнев Потёмкина, занятого приготовлениями к торжественному приезду Екатерины. Он считал, что сейчас не время говорить о плохом состоянии кораблей. Ушаков никак не мог понять цели обмана. Он находил, что именно сейчас, при общих грандиозных расходах по устроению встречи, легче получить требуемое. Дело отложили. Вскоре затем Войнович занялся батареями Севастополя, потому что султан Абдул-Гамид угрожал Крыму.
Потёмкин требовал немедленного выхода эскадры. Турки уже начали военные действия, и надо было им немедленно дать понятие о русском флоте.
Шторм, разразившийся 8 сентября у мыса Калиакрия, был тяжким испытанием для кораблей Севастопольской эскадры. Адмирал Войнович, растерявший все мачты и реи на «Славе Екатерины», оправдывался перед Потёмкиным перечислением недостатков кораблей. Теперь он считал необходимым сказать правду.
«Святой Павел» вернулся в Севастополь с незначительными поломками. Он держался в бурю крепче всех. Он держался крепко не потому, что корабль был сделан лучше, чем другие, а потому, что люди на корабле имели особую выучку и особое доверие к своему капитану.
18 июня 1788 года эскадра вновь вышла из Севастополя. Она состояла из двух линейных кораблей и десяти фрегатов. На ней было полтысячи орудий и четыре тысячи команды. «Святой Павел», назначенный авангардным кораблем, шел впереди других, и капитан Ушаков распоряжался всеми действиями эскадры, хотя командующим адмиралом оставался граф Войнович.
2 июля русские корабли наконец встретились с турецкими. Флот Эски-Гассана был велик. Его двадцать кораблей были оснащены тысячью орудий, а команды состояли из десяти тысяч человек. Флот Эски-Гассана стоял на ветре между русской эскадрой и Крымом.
«Святой Павел» с фрегатами стремительно пошел к его авангарду. Обойдя голову турецкой колонны, Ушаков приблизился к адмиральскому кораблю. Турецкая эскадра начала атаку, сближая борта своих судов с русскими. На «Святом Павле» был дан сигнал стрелять ближними прицельными выстрелами. Огонь русской артиллерии и храбрость русских моряков, прямо идущих на вражеский рожон, ошеломили турок. Эски-Гассан давал сигналы к бою, он осыпа́л ядрами отступающие суда – ничего не помогло. Вскоре турки, вместо того чтобы двигаться к берегам Крыма, отправились восвояси. Это была первая великая победа юного Черноморского флота.
Самое трудное было побудить графа Войновича к решительным действиям. Он размерял шансы количеством кораблей и пушек с той и другой стороны, тогда как Ушаков верил в свой флот, надеясь на своих людей. Доводы Войновича в пользу осторожности начинали раздражать фельдмаршала. Теперь, после сражения у острова Фидониси, несмотря на неоднократные предписания, Войнович удерживал эскадру в Севастополе и не пускал Ушакова делать поиски по берегам Черного моря.
Операции в лимане, от которых зависел исход обороны Кинбурна, а затем осада Очакова были проведены Войновичем со свойственной ему вялостью. В результате флот отсутствовал в самые критические минуты. Нужен был гений Суворова на суше и самоотверженность моряков немногочисленных судов в лимане, чтобы туркам не удался кинбурнский десант. После победы нужна была особая бдительность в лимане, чтобы помешать капудан-паше Эски-Гассану доставлять снаряжение Очаковской крепости.
Между тем, Войнович бездействовал.