Около ста пятидесяти домиков составляли две улицы. Одна из них являлась базаром, так как вся состояла из маленьких лавчонок, позади которых жили хозяева. Всюду сушилась или коптилась рыба и валялись «порфирные обломки» колонн и статуй. Но для Стемпковского не было места лучшего на земле, чем этот захудалый городок, расположенный меж двух морей.
«Керчь, заменившая древнюю Пантикопею, есть главнейший пункт на европейском берегу пролива, к коему должно обратиться внимание археолога… Здесь цитадель, прославленная смертью Митридата великого», – писал Стемпковский.
Как археолог-историк, Стемпковский прежде всего пытался нарисовать себе границы различных периодов Боспорского царства. Он обратил внимание на остатки древних валов и определил, что они разновременны по своему сооружению. Керчь окружали три вала. Один из них ограничивал северный угол Боспора и был, по мнению Стемпковского, «межой милисийцев». Второй вал являлся границей Боспорского царства первой эпохи его существования.
«Второй вал существует в 27 верстах от Керчи к западу и простирается на всю ширину Керченского полуострова от Азовского моря до Черного, не достигая последнего. Он примыкает к соляному озеру Атал-Алчину, которое в древние времена было морем-заливом». Третий вал Стемпковский отмечает вблизи селения Шибана. Линия его идет от Арабата к горам, которые прикрывают с запада Феодосию. Этот третий вал, по мнению Стемпковского, был учрежден «Левконом I, царем Боспорским, присоединившим Феодосию к своему царству». Стемпковский считал необходимым «определить с достоверностью направление сих линий и сделать местные изыскания по всему протяжению оных». По мнению Стемпковского, настоящий ученый-археолог не может приступить к раскопкам, не осмыслив исторической карты местности. Прежде чем производить раскопки в Херсонесе и Пантикапее, надо установить точные границы города.
Стемпковский оспаривал утверждение Габлица, который полагал, что всё пространство от Севастополя до Балаклавы «было занимаемо Херсонесом». Габлиц принял межи полей и садов окрестностей Херсонеса за улицы города. Он представлял его в размерах Древнего Рима. Стемпковский думал, что это было неверно и вело к ошибкам при археологических изысканиях.
В первый период своих работ в Крыму Стемпковский выяснял местоположение древнего Херсонеса и делился своими соображениями с учеными всего мира. Сведения Стемпковского по географии и истории Херсонеса и Боспора Киммерийского были напечатаны в парижском журнале «Филология», издаваемом Академией надписей и литературы.
Курганы близ Керчи вызывали особый интерес Стемпковского. Он писал: «Не должно было бы оставить без внимания многочисленные, огромные курганы по северным берегам Азовского моря рассеянные». Он отмечает руины древних зданий в окрестностях Керчи: следы башен древнего Мирмекиона в Змеином городке, «остатки замка на горе Опуке и, наконец, древнее здание из огромных нерегулярных камней, без цемента сложенное, известное под именем Золотого кургана». Планы и профили всех остатков древних зданий – вот с чего необходимо было начать.
Следы стен и башен города еще видны были, «но скоро, может быть, совершенно будут изглажены. По новым предположениям относительно Керчи, где недавно учрежден порт, назначено уничтожить тамошнюю небольшую крепость».
Ведь самому Стемпковскому, в качестве градоначальника Керчи (в начале 1828 года он получил это назначение), придется сносить эти башни, если они мешают рождению нового города. Нужно было спешить со съемками этих планов.
Нужно было спасти «недра классической земли» от хищников-кладоискателей. Стемпковский добился запрещения случайных раскопок и начал собирать у частных лиц (не жалея собственных средств) монеты, скульптуру и всё, что могло быть ценно для будущего музея. В 1825 и 1826 годах ему удалось открыть такие музеи в Керчи и Феодосии. Все боспорские находки, связанные со Средневековьем, Стемпковский сосредоточил в Феодосии. Этот город он считал потерянным для изучения античности, но он был живым свидетелем генуэзских поселений. Музей для Стемпковского не был мертвой коллекцией. Музеи надеялся он превратить в базы для археологических исследований.
Создание музея давало возможность Стемпковскому сделать пересмотр всем боспорским находкам, распределить их согласно эпохам, соединить разрозненное и произвести исследования и описания.
Описания Стемпковского были написаны в виде коротеньких статей, которые печатались одна за другой в газете «Одесский вестник». Он считал это очень полезным: люди, которые за утренним завтраком просматривали последние политические новости и одесские сплетни, узнавали о Митридате III, о династиях Спартокидов, Рискупоридов, Тивериев Юлиев и о других властителях Боспорского царства, монеты с изображением которых изучал Стемпковский.
Археология как наука начинала занимать читающую русскую публику. Раскопки перестали быть таинственным испытанием «фортуны».