На «Энтерпрайзе» имеются два мостика, расположенные на его надстройке друг над другом. Нижний — это командный мостик командира авианосной группы (называется flag bridge), на котором в случае необходимости находятся он сам и офицеры его штаба. Верхний же — это ходовой (навигационный) мостик авианосца, на котором кроме других находится командир корабля (его место в углу мостика на левом борту). Кроме того, на надстройке со стороны правого борта имеется специальная вспомогательная рубка, использующаяся при швартовке корабля к пирсу (обычно авианосцы швартуются правым бортом) и дающая более полный обзор района правого борта корабля.
На левой стороне «острова» над ходовым мостиком размещается имеющий значительные выступы за границы надстройки и предоставляющий широкий обзор пункт общего управления действиями авиакрыла. Там находится командование авиакрыла, оперативные офицеры и другие соответствующие лица.
По площади полетной палубы (18211 м²) «Энтерпрайз» до сих пор занимает одно из первых мест в мире.
По всему периметру полетной палубы авианосца сооружены специальные места для сброса за борт в случае пожара или иной аварийной ситуации находящегося на палубе боезапаса. Они представляют собой широкие желоба, установленные между специальными сетками бокового ограждения корабля (называются safety nets). Желоба выкрашены в ярко-желтый цвет, а перед ними на палубе нанесена специальная маркировка: шесть чередующихся красных и желтых полос, а поверх них — схематичное изображение авиабомбы черного цвета.
На полетной палубе имеются три люка — выходы подъемников боеприпасов. Два из них расположены между катапультами № 1 и 2, а третий находится ближе к корме авианосца недалеко от самолетоподъемника № 3.
В носовой оконечности «Энтерпрайза» находится якорное устройство с двумя якорями — по одному на каждом борту. Вес одного якоря 35 т. Часто при стоянке у пирса авианосец также отдает и один из якорей (обычно это якорь левого борта, так как авианосцы практически всегда швартуются правым бортом к пирсу) для большей безопасности. Каждое из звеньев якорь-цепей атомохода весит 181,5 кг. Обе якорь-цепи протянуты от клюзов внутрь корпуса корабля (на баке), где они под углом в 160° уходят вниз в специально отведенные под их хранение помещения, так как размеры бака не позволяют вмещать полностью якорь-цепи, длина каждой из которых достигает 330 м.
Кормовая оконечность «Энтерпрайза» не претерпела за всю историю существования атомохода сколько-нибудь существенных изменений. Наиболее значительными из них стали установка 30-мм ЗАК «Фаланкс» на специальном спонсоне левого борта и сооружение ближе к диаметральной плоскости корабля отдельного спонсона для установи ки на нем РЛС системы автоматического управления посадкой летательных аппаратов на авианосец SPN-41 (automatic landing approach radar).
Данная РЛС размещена прямо на специальной линии, призванной обеспечить летчикам дополнительную ориентировку при посадке летательных аппаратов на палубу в темное время суток. Она представляет собой идущую по центру посадочной зоны палубы и продолжающуюся по корме до ватерлинии полосу желтого цвета, на которой установлены огни.
На кормовом подзоре расположен специальный стенд для тестирования (проверки) работы авиационных реактивных двигателей. Последние выкатываются на тележках из подпалубного ангара через большую дверь и крепятся на специально оборудованной позиции таким образом, что газодинамическая струя работающего двигателя выбрасывается далеко в пространство за корму корабля, не нанося вреда конструкции последнего.
Нумерация палуб на авианосце идет сверху вниз и снизу вверх от палубы, на которой расположен ангар (последняя является главной палубой). Палубы, идущие ниже ангара, нумеруются 2,3 и т. д… а палубы, идущие вверх, нумеруются с добавлением нуля — 02, 03 и т. д. Полетная палуба имеет номер 04, далее идут палубы, расположенные в надстройке — последняя, самая верхняя, имеет номер 01 1. Внутри корпуса атомохода для облегчения ориентировки нанесена специальная маркировка: номер палубы, номер шпангоута или номера двух ближайших шпангоутов и другая вспомогательная информация.