Пршло еще три года, прежде чем авторитет Карломана и Пипина был признан во всех уголках государства, но в конце концов Аквитания снова подтвердила свои вассальные обязательства, саксы наказаны и попытка баварцев добиться независимости расстроена. Борьба была не без трудностей, и двум майордомам настолько не хватало средств, что они пошли по стопам отца и наложили руки на имущество церкви, заставив аббатов и епископов отдать часть своей собственности на поддержку военных расходов короны. Другие их деяния с церковью тоже были непопулярными, хотя не столь неординарными. Франкское духовенство вело довольно беспорядочную жизнь, небрежно относилось к духовным обязанностям и предавалось самым разным светским занятиям. Майордомы поручили строгому миссионеру-энтузиасту Бонифацию исправить ситуацию. На соборе 745 года, куда были созваны все прелаты обеих франкских территорий, великий архиепископ начал активную кампанию по искоренению пороков духовенства. По его распоряжению появились церковные установления против аморальности, «совместительства» — обслуживания нескольких приходов одним священником, дарования бенефиций нерукоположенным лицам, неподчинения епископов митрополитам, легкого принятия и отказа от монашества и ереси. У Бонифация было много проблем с теми, кто отказыался подчиняться римскому престолу. Этот грех Бонифаций считал таким же чудовищным, как открытое иноверие. Во всех своих делах он получал полную поддержку Карломана и Пипина. Церковная реформа в государстве франков не сопровождалась церковной экспансией за его пределами. В эти тревожные годы двух майордомов Бонифаций разделил земли центральной Германии на три епископства в Вюрцбурге, Эрфурте и Бюрабурге, которые должны были стать епископскими престолами для Франконии, Тюрингии и Гессена. В то же самое время было основано аббатство Фульда, ставшее центром благочестия и учености в зарейнской Германии.
К большому удивлению своих современников, майордом Карломан после выполнения задачи восстановления порядка в Австразии в 747 году вложил в ножны меч и принял монашество. Причины этого поступка никому не известны. Предполагается, что он испытывал искреннее желание вести спокойную жизнь, полную размышлений и любви к Богу. Во всяком случае, определенно не слабость и не желание облегчить свою жизнь направили Карломана по пути его великого предка Святого Арнульфа и искать отшельничества. Он отправился в Италию, получил благословение папы Захария и построил себе хижину на горе Соракта. Мы еще услышим о нем, через семь лет после его отречения.
После ухода брата Пипин стал майордомом Австразии и Нейстрии. Ему пришлось вступить в еще одну схватку, прежде чем все бразды правления оказались в его руках. В 747 году его брат Грифон бежал из заключения в Саксонию, где попытался поднять мятеж. Когда умер Одилон, герцог Баварии, он захватил это герцогство, заявив о своих правах на него, поскольку его мать Свангильда была из герцогского рода. Пипин вскоре вытеснил его, и Грифон был вынужден бежать в Аквитанию. А Бавария досталась Тассилону III (Тассило), сыну покойного герцога.