На протяжении большей части правления Феофила шла затяжная война с халифатом. Империя Аббасидов существенно ослабла после смерти Гарун аль-Рашида, сначала усобицей между его сыновьями, а потом религиозными войнами, инициированными сочувствовавшим мутазилитам аль-Мамуном. Феофил думал, что извечный враг настолько ослаблен потерей удаленных провинций и внутренними беспорядками, что империя вполне сможет вернуть некоторые территории, утраченные двумя веками ранее Ираклием. Соответственно он спровоцировал войну с аль-Мамуном, предоставив убежище многим беженцам из Персии и Сирии, которые спасались от преследований халифа. К несчастью для Феофила, неприятности его противника подходили к концу, и очень скоро руки сарацин были развязаны для борьбы с империей. Началась долгая война, в процессе которой стало очевидно, что силы империи и халифата стали равными, и ни один из противников не может нанести другому смертельный удар, а совершать набеги на границы они оба могут неограниченное время. Война с небольшими перерывами длилась более тридцати лет. Халиф ее начал, перейдя каппадокийскую границу соседа и в 831 году захватив территорию до самой Гераклеи. Одновременно его корабли нападали на Киклады и побережье Мизии (Мисии). Аль-Мамун лично возглавил три экспедиции в Малую Азию и, овладев проходами через Тавр, захватил крупный город Тиану и укрепил его, превратив в базу для дальнейших операций. К счастью для Феофила, халиф после этого умер, и его армии сразу вернулись в Таре, бросив свои завоевания за горами. Император оказался удачливее в борьбе против нового сарацинского монарха аль-Мутасима, брата аль-Мамуна. Феофил смог вторгнуться в Сирию и Месопотамию и захватить важный город Самосата, где византийских знамен не видели со времен Константина Копронима. Однако разрушения Феофила на Евфрате, и особенно разграбление Запетры, места, к которому аль-Мутасим испытывал особую любовь, заставило сарацин активизироваться. В 838 году халиф возглавил военную кампанию лично. Он поклялся разграбить место рождения императора, Аморий, в качестве отмщения за разграбление Запетры. Говорят, что Таре прошли 130 000 человек, и у каждого на щите было написано «Аморий». Феофил поспешил на защиту земли своих предков, но один отряд сарацинской армии нанес ему серьезное поражение при Дазимоне (Анзене), а другой отряд, подчиняясь личным приказам халифа, взял штурмом Анзен и истребил все население — мужчин, женщин, детей — числом не менее 30 000 человек.
Такая катастрофа, так же как и вид армии халифа, дошедшей до центра Фригии, была плохим знаком для империи. Однако, утолив свой гнев и жажду мщения, аль-Мутасим ушел, и военачальники Феофила вернули все временно утраченные земли до Тавра. Внутренние проблемы надолго задержали халифа дома, и после того, как восточные римляне возобновили наступление в Сирию, взяли Лаодикею, порт Антиохии, был заключен мир, который продолжался с небольшими перерывами до смерти императора и халифа — они оба умерли в 842 году.
Если Феофил сражался не с сарацинами, то с иконопочитателями у себя дома. В 832 году он издал эдикт против всех видов изображений Бога и святых — статуй, картин и мозаик. Их следовало найти и уничтожить не только в общественных местах, но также в монастырях и частных домах. Его особая ярость обрушилась на тех художников, которые втайне продолжали трудиться над запрещенными изображениями. Им калечили руки, выжигали на лбу слова позора. Патриарх Иоанн Грамматик активно содействовал императору, отлучая от церкви всех представителей духовенства, которые отказывались жить по решениям собора 754 года. А Феофил бросал непокорных монахов и епископов в тюрьму или изгонял их. Однако ярость не толкала его на крайности, которые были свойственны исаврийским императорам. Он не карал смертью за непокорность и не пытался сломать монастырскую систему, как Константин Копроним. Те, кто сгибался под напором ветра, не встречали жестокого обращения. Только открытое неповиновение приводило Феофила в ярость. Даже рядом с ним были тайные иконопочитатели, главной из которых была его супруга, императрица Феодора.
Как и его западный современник Людовик Благочестивый, император выбрал вторую супругу, когда первая императрица умерла бездетной, пригласив на смотр самых красивых дочерей местной знати. Его взгляд привлекла красавица Феодора, дочь адмирала, и он взял ее в жены, не озаботившись выяснить ее взгляды. А она была рьяной и фанатичной почитательницей икон. При жизни супруга она скрывала свои убеждения и довольствовалась тем, что защищала иконопочитателей, давая убежище всем, кому могла. Однако после смерти Феофила ей пришлось отказаться от своих планов, но ей удалось вырастить детей в ненависти к религиозным убеждениям отца.