Чтобы показать, что он настроен по-деловому, 31 марта 1918 года Троцкий назначил членом Высшего военного совета (ВСМС) Красной армии не кого иного, как контр-адмирала Д.Н. Вердеревского, который был морским министром в последней конфигурации Временного правительства 1917 года и которого большевики арестовали во время Октябрьской революции вместе с другими министрами Керенского, найденными в Малахитовой комнате Зимнего дворца. В течение нескольких недель более 8000 бывших офицеров служили в рядах красных, а к концу 1918 года 30 000 из них были приняты на работу - не в качестве "офицеров", а, чтобы не краснеть перед большевиками, в качестве "военных специалистов" (военспецов) - непропорционально большое число из них были выпускниками императорской Академии Генерального штаба. Конечно, были случаи предательства и массового дезертирства военспецов (в частности, когда практически весь преподавательский состав Академии Генерального штаба летом 1918 года перешел на сторону врага на Волге), что подливало масла в огонь негодования левых партийных радикалов по поводу такого "предательства" пролетарских принципов. Не оправдалось и желание Троцкого, высказанное в статье от 31 декабря 1918 года, восхваляющей "Военспецов и Красную Армию", вернуться к этой теме "в последний, надеюсь, раз": остаточное левобольшевистское негодование по поводу такого смешения революционной чистоты оставалось широко распространенным (и было с большой горечью высказано на конференции большевистских армейских делегатов в конце марта 1919 года). Критики использования военспецов могли указать на то, что, в конце концов, в декрете Совнаркома от 3 января 1918 года, где впервые говорилось о создании такой силы, было сказано, что "Красная рабоче-крестьянская армия будет формироваться из наиболее сознательных и организованных элементов трудящихся масс" - определение, которое вряд ли охватывало использование военной элиты царской России. Дебаты вокруг этого вопроса станут особенно ожесточенными и раскольническими на Восьмом съезде большевистской партии в марте 1919 года, где пришлось пойти на уступки противникам Троцкого, чтобы обезвредить значительную "Военную оппозицию" внутри РКП(б). Эта слабо организованная группа требовала, чтобы военным комиссарам была предоставлена большая роль в принятии решений в армии и чтобы партийные учреждения взяли на себя большую роль в руководстве Красной армией, которая все больше комплектовалась призванными крестьянами. И даже в 1920 году, в предсказуемо положительном отзыве об учреждениях Красной Армии, Бухарин и Преображенский сочли необходимым написать в своей вышеупомянутой "Азбуке", что "использование офицеров старой армии было сопряжено с серьезными трудностями, которые еще не преодолены", так как "их использование влекло за собой ужасные опасности, ибо оно иногда влекло за собой широкое предательство со стороны офицеров и огромные жертвы красных солдат, которые предавались и массово переходили на сторону врага. Хотя в то время Троцкий утверждал, что из восьмидесяти двух военачальников дезертировали только пять, более поздние исследования материалов в российских архивах установили, что в период с 1918 по 1921 год из Красной армии дезертировали 549 высоко ценимых офицеров Генерального штаба (генштабистов), а в целом почти каждый третий военспец успел перебежать к "врагу". Однако, несмотря на это изнурительное и опасное кровотечение, несмотря на затянувшиеся сомнения левых, по крайней мере, принцип использования офицеров и специалистов был твердо установлен, и большинство офицеров, служивших в Красной армии (в том числе 613 генштабистов), оставались на своих постах, пусть стойко или неохотно. Как отмечал Троцкий в январе 1919 года:
Мы часто рассказывали о предательствах и перебежках командного состава в стан врага. Таких перебежек было много, в основном со стороны офицеров, занимавших менее значимые должности. Однако мы редко говорим о том, сколько целых полков было уничтожено из-за недостаточной боевой подготовки командного состава, из-за того, что командир полка не смог наладить связь, не организовал засаду или полевое охранение, не понял приказ или не смог прочитать карту. Если мы спросим, что до сих пор наносило нам наибольший вред - предательство бывших офицеров или недостаточная подготовка многих новых офицеров, я лично затруднюсь ответить на этот вопрос.
Здесь чувствуется определенная уклончивость Троцкого. Он знал, что выиграл спор, но не стал слишком глубоко разбирать своих критиков. Это было совершенно нехарактерно для человека, который, как правило, любил избивать своих оппонентов словами, что, возможно, говорит о том, насколько спорным был этот вопрос.