Нехарактерно сдержанное отношение Троцкого здесь объяснялось еще и тем, что во время так называемого "Царицынского дела" осенью 1918 года, в столкновении за командование в кампании против наступления донских казаков между теми, кто в целом ценил военспецов (например, Трот ский), и теми, кто инстинктивно им не доверял (в данном случае, Я.В. Сталин и К. Е. Ворошилов) - военный комиссар уже выиграл ключевую битву воли (и, что очень важно, поддержку Ленина), чтобы установить, что, если не будет представлено убедительных доказательств обратного, опыт и лояльность военспецов должны быть признаны и их приказы должны выполняться. Этот опыт и преданность стали фактором, оказавшим существенное влияние на соотношение сил, которое принесло Красной армии столько побед в гражданских войнах: белые, хотя, возможно, и правильно рассчитали, что большинство военспецов служили "за корку хлеба" или за другие подобные материальные блага и втайне желали краха советской власти, конечно, ошибались так часто, чтобы отвергать оказанную ими услугу как по сути своей ничтожную.
Наконец, раздражение левых большевиков (и левых эсеров) было хотя бы отчасти снято вторым, поистине революционным аспектом новой армии: назначением военных комиссаров во все части. Хотя эта должность основывалась на далеком прецеденте аналогичного учреждения времен революционных войн во Франции, и хотя Временное правительство 1917 года также называло своих специальных уполномоченных на фронте и в регионах "комиссарами", военный (или политический) комиссар красных войск был чем-то новым и другим. По сути, это было одно из ключевых военных нововведений красных в годы гражданской войны. Согласно приказу, подписанному Троцким 6 апреля 1918 года:
Военный комиссар - непосредственный политический орган советской власти в армии. Его должность имеет исключительное значение. Комиссары назначаются из числа безупречных революционеров, способных в самых трудных условиях оставаться воплощением революционного долга... Военный комиссар должен следить за тем, чтобы армия не отрывалась от советского строя в целом и чтобы отдельные военные учреждения не становились центрами заговора или орудиями, используемыми против рабочих и крестьян. Комиссар принимает участие во всей работе военных руководителей, вместе с ними получает доклады и депеши, контрподписывает приказы. Военные советы выполняют только те приказы, которые подписаны не только военачальниками, но и хотя бы одним военным комиссаром. Вся работа ведется под контролем комиссара, но руководство в конкретно военной сфере - задача не комиссара, а военного специалиста, работающего с ним плечом к плечу. Комиссар не отвечает за целесообразность чисто военных, оперативных, боевых распоряжений... В случае неодобрения им чисто военного распоряжения комиссар не должен задерживать его применения, а лишь доложить о своем неодобрении непосредственно стоящему над ним Военному совету.
Через два дня, с целью стандартизации деятельности военных комиссаров по всей стране (и обеспечения контроля над ними), 8 апреля 1918 года Народный комиссариат по военным делам провозгласил создание Всероссийского бюро военных комиссаров (Всебюро военкоматов).