Что касается управления армией, то вышеупомянутый Высший военный совет стоял на вершине все еще туманной командной иерархии того, что в первой половине 1918 года становилось "Рабоче-крестьянской Красной армией": Эта новая революционная вооруженная сила впервые упоминалась под похожим названием в декрете Совнаркома от 3 января 1918 года ("О формировании Рабоче-крестьянской Красной армии"), но стала реальностью только после того, как 23 февраля того же года состоялись сборы ее основополагающих частей (эта дата впоследствии отмечалась в Советской России как "День Красной армии"). Сам Высший военный совет заменил импровизированный Революционный полевой штаб, который по указанию Крыленко управлял делами на фронте с 27 ноября 1917 года, отступил из Могилева в Орел во время советско-германской одиннадцатидневной войны и был расформирован там 12 марта 1918 года. КГК был создан приказом Совнаркома от 4 марта 1918 года, на него были возложены задачи стратегического руководства вооруженными силами Советской республики и надзора за строительством Красной армии. Первоначально он состоял из нескольких старших военных специалистов, за которыми наблюдали два военных комиссара, но, переехав вместе с остальными центральными органами советской власти из Петрограда в Москву (опасаясь захвата наступающими немцами и белофиннами), с 19 марта 1918 года его состав был расширен и в него вошли все старшие военачальники и их заместители, генерал-квартирмейстер и представители оперативных штабов, отделов военной разведки и т.д. фронтов и армий Красной армии. Кроме того, с 19 марта 1918 года председателем учреждения стал народный комиссар по военным делам (то есть с 28 марта 1918 года - Троцкий), роль комиссаров в нем была отменена, но самой важной фигурой в учреждении был его директор, бывший царский офицер генерал-майор М.Д. Бонч-Бруевич, который являлся близким помощником Троцкого. Учреждение было упразднено 6 сентября 1918 года и заменено Реввоенсоветом (Революционным военным советом, или Советом) Республики (РВСР), который вернул часть влияния старших комиссаров.
Таким образом, у новой Красной армии появилось центральное стратегическое руководство (чему немало способствовал тот факт, что советское правительство унаследовало центральный административный аппарат и личный состав старой армии - от телеграфистов до пишущих машинок). Белым в этом отношении повезло гораздо меньше, им пришлось полагаться на скудные ресурсы окраинных военных округов царского времени, к которым они были прикованы. С мая 1918 года зарождающаяся Красная армия также могла рассчитывать на более стабильный поток новобранцев, поскольку была введена всеобщая мобилизация и отменен принцип добровольчества, хотя учет годных к службе был элементарным, а неявка и дезертирство мобилизованных оставались проблемой (см. ниже, с. 89-91). Однако новые советские силы сохранили некоторые пагубные дуализмы и даже ввели новые. Так, элемент административной и командной путаницы вносил созданный 8 мая 1918 года Всероссийский главный штаб (Всероглавштаб) (вместо прежних Всероссийской коллегии по формированию Красной армии, Главного управления Генерального штаба и других органов), подчиненный не КГК, а Коллегии Народного комиссариата по военным делам. Эта путаница была преодолена только в разгар ударов, нанесенных красным чехословацкими и комучскими войсками на Волге, мерами, вытекающими из прокламации ВЦИК от 2 сентября 1918 года "Об объявлении Советской республики вооруженным лагерем", включая создание впервые поста главкома (2 сентября 1918 года) и подчинение Всероглавштаба (с 6 сентября 1918 года) вновь образованной РВСР. Отныне все красные фронты, армии, военные организации и учреждения, на фронте и в тылу, оперативные и административные, подчинялись РВСР, который включил в число своих управлений обновленный Полевой штаб и оставался высшим органом военной власти Советской России на протяжении всех лет гражданской войны. 11 сентября 1918 года РВСР разработал официальную структуру всей Красной армии, которая первоначально была разделена на пять армий, каждая из которых состояла из одиннадцати дивизий от шести до девяти полков (плюс резервные части), сгруппированных вокруг трех фронтов (Северного, Восточного и Южного) и Западного укрепленного района.