Характерно, что Александр II, похоже, поощрял оба варианта политики, часто одновременно. Он держал Горчакова и Милютина в качестве министров и ближайших советников на протяжении 1860-х и 1870-х годов, когда внутренние дебаты были в самом разгаре. Он не поощрял наиболее рискованные и авантюрные шаги, такие как захват Чернаевым Ташкента в 1865 году, но и не отрекался от них, когда они увенчались успехом. В результате британцы сочли обманом заявления Горчакова и других о том, что политика России была мирной. Они не поняли разногласий внутри российского правительства по поводу лучших средств для обеспечения безопасности нестабильной границы. Завоеватель Ташкента Чернаев, поддерживаемый многочисленными военными и гражданскими чиновниками, призывал к аннексии. Горчаков, всегда обеспокоенный реакцией Великобритании, предпочитал создать отдельное ханство под защитой России. В итоге возобладала точка зрения Чернаева.
Оказавшись под угрозой наступления России, ханства попытались провести реформы. С середины XVIII века средние по размерам Транскаспийские ханства - Бухара и Коканд - смогли мобилизовать значительные ресурсы и поддерживать ирригационные сети. Бухарские ханы постепенно централизовали управление и сформировали профессиональную армию, оснащенную артиллерией и обученную дезертирами из индийской армии. Но ханства вели почти непрерывные войны друг с другом, что истощало их ресурсы, а их трансграничные набеги и работорговля провоцировали русских колониальных администраторов. Захват Бухарой меньшего Кокандского ханства, в котором находился Ташкент, спровоцировал русскую кампанию, заставив бухарского хана искать компромисс, сохранив контроль над внутренними делами, но пообещав "не посылать войска и набеговые партии через русскую границу". Русские согласились не допускать набегов киргизов и других кочевников на Бухару. Русским торговцам и колонистам должны были быть предоставлены экстерриториальные права. Но хан отказался подписать договор и, подстрекаемый своими приближенными и уламой, объявил джихад, несмотря на то, что его призывы к османскому султану о помощи были отклонены. Русские войска одержали победу под командованием генерала К.П. фон Кауфмана, который был назначен главой вновь созданного Туркестанского генерал-губернаторства. Мирный договор признавал автономию ханства, но также и его фактическую зависимость от Российской империи.
Завоевание Бухары вызвало новую волну русофобии в Нью-Дели и Лондоне. Переговоры между двумя империями были сосредоточены на проблеме урегулирования отношений с Афганистаном. В 1872 году они достигли неофициального соглашения о расширении его территории на севере и признании его независимости. Но четко определенная граница между Бухарой и Афганистаном не была установлена до 1885 года. Тем временем наступление русских продолжалось. Кампания против Хивинского ханства получила мощную поддержку со стороны наместника Кавказа, брата царя, великого князя Михаила, и фон Кауфмана в Туркестане, который признавал необходимость обеспечить России торговые и стратегические связи между кавказскими и транскаспийскими границами. Русский натиск на восточном берегу Каспия вызвал у Ирана опасения по поводу отсутствия хорошо охраняемой границы. Шах добился признания Россией суверенитета Ирана до реки Атрек, где граница проходит и по сей день. Эти соглашения позволили избежать международных конфликтов и способствовали завоеванию русскими Хивы в 1873 году.
Русская армия численностью 25 000 человек подавила восстание, но память о нем осталась надолго, разжигая страхи перед панисламом среди российских чиновников. Тем временем противостояние на берегах Босфора, где британский флот и русская армия столкнулись почти на расстоянии выстрела друг от друга, вызвало резонанс в Транскаспийском регионе. Если Дизраэли был полон решимости противостоять российскому господству на Балканах, то новый вице-король Индии лорд Литтон был столь же решительно настроен сдержать продвижение России путем возрождения передовой политики в Афганистане. В ответ на это русская миссия в Кабуле попыталась заключить союз с эмиром Шер Али. В Европе войны между двумя державами удалось избежать благодаря компромиссу, достигнутому на Берлинском конгрессе. В Транскаспийском регионе переговоры сорвались, когда афганцы отказались принять британскую миссию. Действуя вопреки указаниям из Лондона, Литтон приказал индийской армии вторгнуться в Афганистан, что привело к началу Второй афганской войны. Не только российское правительство не смогло контролировать авантюрные настроения среди своих имперских проконсулов.