Туркестан мог быть вписан в российскую имперскую систему только благодаря сознательным и последовательным действиям государства. В своем самом идеалистическом виде администрация фон Кауфмана предусматривала преобразование Туркестана по утопическим принципам, хотя и была полна противоречий. Он создал иерархическую военную администрацию, а также признал определенную автономию местных судебно-административных и судебных учреждений. Но он стремился ликвидировать политическую власть киргизских племенных вождей с помощью налоговой и земельной реформ. Его политика развития городов, особенно строительство европейского квартала в Ташкенте, и колонизация сельских районов казачьими и русскими поселенцами.
Он создал двуязычную газету, чтобы информировать местное население о важных решениях царизма. Тем не менее он создал интегрированные школы для обучения русских и коренных детей в одних классах. Он основал двуязычную газету, чтобы информировать местное население о важных решениях царской администрации и распространять полезные знания о регионе. Однако серьезных усилий по привлечению местной элиты в администрацию предпринято не было.
Отношение Кауфмана к исламу выражалось в его формулировке "игнорировать" его, а не преследовать. Он возлагал надежды на свое ошибочное представление о том, что, оставшись в одиночестве, ислам придет в упадок, столкнувшись с превосходящей русской цивилизацией. Его главной задачей было притупить "фанатичную" грань ислама и привлечь "лучших людей" к сотрудничеству с его администрацией. Он попытался освободить мусульманских женщин от наиболее обременительных социальных уз. Он продвигал ряд экологических программ, поощрял более рациональное использование земли и поддерживал этнографические исследования обычаев и законов коренного населения. Кауфман был чувствителен к международным аспектам своей политики. Поскольку Бухарское ханство имело общую границу с Афганистаном, он обращался с ханом осторожно, чтобы не обидеть британцев, особенно после того, как в 1870 году афганский претендент на престол и будущий амир Абдуррахман попросил у него убежища. Точно так же русские признавали важность Коканда в их соперничестве с британцами и китайцами за Кашгарское ханство, пограничную территорию, находившуюся под властью честолюбивого авантюриста Йа'куб Бега.
Взгляды Кауфмана на колонизацию отражали его двойственное отношение к исламу. Он поддерживал его в полностью заселенных районах Туркестана, но выступал против него в степном регионе, где правительство с 1840-х годов селило казаков. Оренбургские и уральские казаки прибыли двумя волнами, за ними последовали сибирские казаки. Их поселили на пастбищах киргизов, что привело к столкновениям с кочевниками. Кауфман считал, что казачьи общины обеспечат безопасность и станут оплотом против исламского влияния мусульман, которые уходили из оазисов в степь. Но он был разочарован результатами и приостановил колонизацию. Он оставил после себя важное наследие, но, как и другие проконсулы пограничных территорий, его патерналистские методы не смогли преодолеть огромные препятствия на пути включения пограничной территории с радикально иной культурой под имперское правление.
В конце XIX века российские политики все чаще стали смотреть на торговые и стратегические связи между кавказским, закаспийским и внутреннеазиатским пограничьем. Генерал А.Н. Куропаткин олицетворял собой эту тенденцию. Сменив фон Кауфмана на посту туркестанского генерал-губернатора, он стал военным министром. Он последовательно поддерживал политику министра финансов Сергея Витте, направленную на мирное проникновение в Иран и Маньчжурию. Уже в 1895 году он был направлен с чрезвычайной миссией в Тегеран. В своем последующем докладе Николаю II он утверждал, что империи необходимо обеспечить контроль над торговлей на северной границе с Ираном, а возможно, и в центральных и южных регионах. Витте уже готовил почву для этого, купив акции частного Кредитного банка Персии, который он преобразовал в филиал Российского государственного банка. Воспользовавшись большим внешним долгом Ирана перед Великобританией, Витте разработал стратегию предоставления займов в обмен на коммерческие и национальные концессии. Вступив в ожесточенное соперничество с Британией за контроль над иранскими финансами, русские сумели договориться о двух крупных займах в 1900 и 1902 годах. В обмен они получили концессии на строительство и эксплуатацию асфальтированной дороги от кавказской границы до Тегерана, строительство параллельной телеграфной линии и разрешение на безтарифный ввоз российских товаров. Между этими соглашениями был заключен коммерческий договор в 1901 году, который обеспечил России выгодное положение в иранской торговле.