Как и в случае с другими эпидемиями той эпохи, специалисты сразу же приступили к работе. Поначалу они были озадачены, поскольку никто не ожидал, что чума вновь появится в Азии. Япония никогда с ней не сталкивалась. В Индии она была настолько малоизвестна, что там даже не было божества чумы (как, например, в Китае). Вскоре британский Гонконг стал главным центром международных исследований: обеспокоенное правительство в Токио незамедлительно направило туда знаменитого бактериолога Китасато Сибасабуро, который был ассистентом Роберта Коха. Из сайгонского филиала Института Пастера поспешил швейцарский ученик Пастера Александр Ерсин. Именно Ерсин в 1894 году открыл как возбудителя чумы, так и важнейшую роль крыс; вскоре после этого в качестве переносчика была определена блоха. Крысам теперь приходилось несладко. Во время эпидемии 1903 года городские власти Ханоя платили 0,20 пиастра за каждую пойманную крысу - успешная мера, которая также послужила стимулом для частных ловцов крыс. В Японии единичные случаи заболевания появились в 1899 году, но они не привели к эпидемии. О новизне заболевания там свидетельствует отсутствие термина для его обозначения, кроме фонетически заимствованного слова pesuto.
Вопреки бытовавшим в то время представлениям, пандемия начала века не возникла внезапно и не вырвалась из загадочной "Центральной Азии". Чума была описана еще в 1772 году в Юньнани, где обитала желтогрудая крыса (Rattus flavipectus). Видимо, чума существовала там давно, но только экономическое развитие региона создало условия для ее распространения. Поощрение добычи меди династией Цин сделало провинцию магнитом для рабочих в радиусе нескольких сотен километров. В период с 1750 по 1800 год четверть миллиона мигрантов превратили отдаленную дикую местность в регион рабочих лагерей и растущих городских поселений. Вместе с добычей полезных ископаемых появились торговля и транспорт, а спрос на продовольствие стимулировал производство риса в соседней Бирме. Распространение чумы стало возможным только в результате этого значительно возросшего движения, которое поначалу было полностью ограничено Китаем, точнее, юго-западным Китаем, поскольку провинция практически не была интегрирована в общероссийский рынок. Поэтому некоторое время проблема оставалась внутри Китая и не попадала в поле зрения западного человека. Экономическая депрессия в первой половине века сгладила остроту проблемы, но затем мусульманские восстания, потрясшие юго-западный Китай в 1856-1873 годах, вновь дали о себе знать. Основными разносчиками инфекции стали повстанцы и их цинские противники. В то же время торговля опиумом из прибрежных портов как никогда раньше связывала провинцию с обширными международными сетями. Подробные отчеты в местных китайских хрониках позволяют проследить за ходом распространения чумы от района к району.
Китайская медицина не оказалась неподготовленной. Одна из школ подчеркивала важность личной гигиены, другая делала акцент на факторах окружающей среды, как природных, так и социальных, что очень напоминало теории "миазмов", распространенные в Европе до середины века. Однако ни одна из школ не считала, что болезнь передается инфекционным путем. Коллективные усилия по борьбе с ней сводились к ритуальному экзорцизму, публичным актам искупления и другим символическим действиям. Как и в Европе раннего нового времени и в мусульманском мире, чума воспринималась как божественное посещение или наказание, и здесь также подметали улицы, чистили колодцы, сжигали имущество жертв чумы. Существенным отличием от досовременной Европы было то, что ни ведущие врачи, ни государственные чиновники не верили в инфекцию как причину болезни, а значит, и в изоляцию заболевших или подвергшихся ее воздействию. Запад первым продемонстрировал эффективность таких методов при карантинировании пораженных портов. В 1894 году колониальные власти Гонконга применили другую стратегию. Исходя из того, что чума размножается в убожестве нищеты, они предприняли силовое вмешательство, чтобы разделить китайцев и европейцев и уничтожить ряд районов, населенных бедняками. Это вызвало бурные, порой яростные протесты китайцев - не только среди "бедняков", но и среди высокопоставленных лиц, склонных к филантропии.