Наиболее решительно настроенные члены во главе с Ишутиным разрабатывали планы цареубийства, объединившись в тайную «организацию внутри организации» под названием «Ад». Впрочем, решения об акте центрального террора принято не было. Каракозов действовал как бы от себя… Но следствие и члены Верховного уголовного суда не обманывались: преступление зародилось и стало возможным именно благодаря деятельности ишутинской организации.
Профессор А.В. Никитенко записал в дневник 10 апреля: «Злодеяние, которое чуть было не облекло в траур всю Россию, заставляет призадуматься философа-наблюдателя нашего современного умственного и нравственного состояния. Тут видно, как глубоко проник умственный разврат в среду нашего общества. Чудовищное покушение на жизнь государя несомненно зародилось и созрело в гнезде нигилизма – в среде людей, которые, заразившись разрушительным учением исключительного материализма, попрали в себе все нравственные начала и, смотря на человечество как на стадо животных, выбросили из души своей все верования, все возвышенные воззрения. Какая ужасающая, чудовищная дерзость делать себя опекунами человечества и распоряжаться судьбами его без всякого иного призвания, кроме самолюбия своего».
Шепотом в петербургских и московских гостиных передавали слух о причастности
2 сентября 1866 г. Каракозов был осужден и приговорен к смертной казни. Позднее Ишутин и наиболее активные участники организации были приговорены к различным срокам каторжных работ, несколько человек освобождены из-за отсутствия состава преступления.
Восторг всей России по поводу чудесного спасения государя оказался чрезвычайно велик. Страницы газет были заполнены приветственными адресами от дворянских и купеческих собраний, от министерств, университетов, земств, учебных заведений, крестьянских общин, даже от частных лиц – все радовались спасению Царя-Освободителя. Посольства всех стран выразили свои поздравления. Конгресс Северо-Американских Соединенных Штатов в начале мая 1866 г. принял специальное обращение: «Конгресс шлет свои поздравления Его Императорскому Величеству и Русской нации и поздравляет 20 миллионов освобожденных от крепостной зависимости по случаю чудесного избавления от опасности Государя, высоким помыслам и сердечной доброте которого обязаны они благодеяниями дарованной им свободы». В Петербурге шумно чествовали Осипа Комисарова, который будто бы толкнул руку Каракозова в роковой миг, из-за чего тот и промахнулся… Хотя кто мог это точно знать?
Митрополит Филарет, разделяя радость по поводу спасения государя, тем не менее в письме к Александру II задавался вопросом: «Справедливо изволите рассуждать, что событие 4 апреля попущено на нас за оскудение веры и за расслабление нравов. Но по милости Божией, это еще не наказание. Провидение через событие сказало нам: «Вы достойны страшного наказания, и оно было на един волос от вас; возбудитесь исправлением и милосердием, исправьтесь». Послушаемся ли мы? Тяжек заботливый вопрос».
Сам же Александр Николаевич не обманывался давно небывалым единением общества. В рескрипте на имя князя П.П. Гагарина от 13 мая он писал: «…признаю я моею обязанностью охранять русский народ от тех зародышей вредных лжеучений, которые со временем могли бы поколебать общественное благоустройство, если бы развитию их не было поставлено преград… Провидению угодно было раскрыть перед глазами России, каких последствий надлежит ожидать от стремлений и умствований, дерзновенно посягающих на все для нея искони священное, на религиозные верования, на основы семейной жизни, на право собственности, на покорность закону и на уважение к установленным властям. Мое внимание уже обращено на воспитание юношества. Мною даны указания, чтобы оно было направляемо в духе истин религии, уважения к правам собственности и соблюдения коренных начал общественного порядка… Я имею твердую надежду, что видам моим по этому важному предмету будет оказано ревностное содействие в кругу домашнего воспитания…»
Он осознал опасность и назвал ее. Он призвал общество и народ сплотиться вокруг коренных начал русской жизни и вокруг идеи преобразований… Но как было не задуматься о судьбе реформ. С разных сторон доносились до государя голоса, призывавшие повременить, приостановить или прекратить движение по пути коренных преобразований. Государя упрекали в мягкости и требовали проявить твердость в отпоре дерзким врагам престола и Отечества.