Одним из объектов, срочно нуждавшихся в охране, оказался дом графов Шереметевых на Фонтанке. Отношение новых властей в Петрограде и Москве к «бывшим» людям и их имуществу становилось все более агрессивным. В письме от 3 (16) февраля 1918 года граф Сергей Дмитриевич с горечью писал Платонову: «…На днях меня упразднили в Шереметевском Странноприимном доме. Отняли все средства насильством. Вся серьезная пресса вообще взывает и все же бессильна перед штыками… Писать трудно… Получил, к удивлению, новые издания Археографической комиссии. Надеюсь, „автономия“ Комитета о русской иконописи состоится скоро. Луначарский был со мною очень корректен в деле реквизиции. Эстет!..» Это саркастическое замечание о Луначарском отражает отношение Сергея Дмитриевича к деятелям новой власти со стороны людей «уходящей» России. Однако он хорошо понимал, что только власть могла спасти шереметевский и другие родовые особняки от разграбления и уничтожения. В то время еще никто не предполагал, какой будет эта власть.
30 мая 1918 года Археологический институт, во главе которого стоял академик С.Ф. Платонов, обратился с ходатайством к Луначарскому о передаче Фонтанного дома в ведение института. Авторитет этой организации был общепризнанным, и новая власть пока еще считалась с мнением авторитетных ученых. Платонов, в целях спасения Фонтанного дома ставший инициатором этого шага, в письме к графу Сергею Дмитриевичу просил его согласия. 20 июня 1918 года Шереметев отвечал ему: «Глубокоуважаемый Сергей Федорович! В ответ на письмо Ваше долгом почитаю ответить, что с моей стороны не может быть препятствий к передаче моего Петроградского дома по Фонтанке под охрану Петроградского археологического института. Прошу принять уверения в истинном моем уважении и совершенной преданности. С. Шереметев».
18 июля 1918 года в утреннем выпуске газеты «Северная коммуна» (в Петрограде – официальный орган новой власти) публикуется декрет о национализации Фонтанного дома: «Дворец-музей С.Д. Шереметева, как заключающий художественно-исторические собрания и музей Общества любителей древней письменности, по постановлению Совета народных комиссаров Северных коммун объявляется с 1 июля с.г. национальной собственностью, состоящей в ведении Петроградского археологического института. Председатель Совета Комиссаров Г. Зиновьев. Народный комиссар по просвещению А. Луначарский. Секретарь С. Равич». 24 июля 1918 Совет Археологического института официально принял шереметевский дом в свое ведение.
1 августа особыми декретами национализированы дворцы графини Е.В. Шуваловой на Фонтанке, графа С.Г. Строганова на Невском проспекте и графа А.А. Бобринского на Галерной улице. Предпринятые шаги по национализации самых известных петербургских частных домов в тот момент спасли их от «народного гнева».
В последующих письмах к Платонову граф Сергей Дмитриевич давал некоторые разъяснения о коллекциях, находившихся в Фонтанном доме. Так, 23 августа 1918 года он писал: «…в петербургском моем архиве занимался когда-то Николай Иванович Григорович (Синодальный), а опись всей художественной движимости составлена его однофамильцем писателем Дмитрием Васильевичем Григоровичем. Опись же церковная, в важнейшей ее части, составлена Г.Д. Филимоновым. Опись оружия составлена и издана бывшим Эрмитажным знатоком дела Ленцем, и склад у меня на Фонтанке… Из сего можно заключить, что я давно уже обращал внимание на сохранение этих коллекций и всегда дорожил ими».
В письме от 6 сентября 1918 года, касаясь циркулирующих опасных для Фонтанного дома и для него лично слухов о якобы спрятанных в доме сокровищах, граф Шереметев объяснял: «…что касается до замурованного якобы серебра в моем бывшем доме, то оно для меня огорчительно (sic) не столько с точки зрения вещественной ценности его, сколько с исторической. Там имеются жалованные кубки Царя Алексея Михайловича, Петра и Царевича Алексея Петровича, также кубок тонкого изделия нюренбержца Ямницера, подобного созданиям Бенвенуто Челлини, а также золотые приборы в чистейшем вкусе Людовика XV, но драгоценных камней, конечно, никаких. Все это музейные вещи, достойные хранения в доме-музее». Речь шла об особой кладовой у церковного подъезда, в которой были собраны предметы из благородных металлов, а также бронза и пр. Эта кладовая была не замурована, как писали некоторые газеты, а опечатана 20 июля 1918 года Н.Г. Пиотровским впредь до особого распоряжения. Тогда же опечатали кладовую церковной ризницы и помещения ОЛДП.