Граф С.Д. Шереметев согласился с кандидатурой Пиотровского на должность хранителя, поскольку понимал, что никто из его служащих не мог занять это место. Управляющий Фонтанным домом Лукашев был болен (он умер вскоре после кончины хозяина дома). Сергей Дмитриевич писал Платонову 12 июля 1918 года: «…Конечно, я вполне довольствуюсь вступлением Пиотровского в фактическое управление домом под эгидой Археологического института… но хотел бы иметь своего личного представителя с согласия Директора института». В сентябре 1918 года Пиотровский приезжал в Москву и встречался с графом Сергеем Дмитриевичем. Из последующих писем Шереметева к Платонову видно, что Пиотровский произвел на него хорошее впечатление. Фонтанный дом предполагалось сделать публичным музеем, и, по всей видимости, граф С.Д. Шереметев одобрил этот проект.
Археологический институт в лице все того же С.Ф. Платонова позаботился о том, чтобы сохранить не только родовое наследие графов Шереметевых, но и жизни графа Сергея Дмитриевича и членов его семьи, в Москве всем им угрожала реальная опасность. Репрессии в Москве против «бывших» начались после левоэсеровского мятежа и убийства германского посла Мирбаха.
В фонде Шереметевых (в РГИА) сохранилось письмо, отправленное в середине сентября 1918 года Петроградским Археологическим институтом на имя народного комиссара по просвещению А.В. Луначарского: «Союз членов Петроградского археологического института, обеспокоенный за судьбу некоторых из почетных членов названного Института, являющихся ценными работниками в области историко-археологической науки, обращается к Вам с просьбою выдать особые охранные свидетельства проживающим в Москве (Воздвиженка, 8) почетным членам графу Сергею Дмитриевичу Шереметеву, как известному исследователю древних эпох Русской истории и Смутного времени, и графу Павлу Сергеевичу Шереметеву, как автору ценных исторических монографий о культурных сокровищах России». Резолюция наркома на этом письме гласит: «Обозначенные… граждане Сергей Дмитриевич и Павел Сергеевич Шереметевы мне известны как надежные работники и прошу все революционные власти оказывать им всяческое содействие». Документ помечен датой 18 сентября 1918 года. Однако этот документ не возымел действия, когда 10 ноября 1918 года чекисты явились в дом Шереметевых на Воздвиженке с намерением арестовать всех совершеннолетних мужчин семьи.
В Петрограде шла подготовка к открытию в шереметевском доме музея. Некоторые документы 1918 года, хранящиеся в родовом архиве в РГИА, заверены печатью, на которой вырезано название учреждения «Дом-музей б. Шереметева». Н.Г. Пиотровский в первые недели своего пребывания на посту «комиссара дворца-музея» отражал попытки различных ведомств вселиться сюда самовольно. Так, 21 марта 1918 года он отправил Луначарскому письмо с протестом против вселения в Белый зал лазарета Красной армии на 100 кроватей вместо выехавшей оттуда канцелярии Красного Креста, в то время как здесь планируется «приступить к работе по открытию музея для общенародного пользования». Летом госпиталь выехал, но занятыми под его нужды оставались помещения магазинов Шереметевского пассажа. Весной 1918 года Пиотровский начал работу по составлению описи имущества в главном доме. Вместе с ним будущему музею принадлежали также семь усадебных флигелей, парадный двор и сад. В первом этаже Галерейного флигеля, под Белым залом, как и прежде, находились помещение для заседаний, музей (Древлехранилище) и склад Общества любителей древней письменности. ОЛДП оставалось в Фонтанном доме до начала 1930-х годов. По распоряжению Главнауки в Фонтанный дом въехали музей, склад и канцелярия Археологического общества, которые заняли Белый зал и соседние с ним помещения южного садового корпуса и находились там до 1921 года. В 1921 году по распоряжению Главнауки шесть комнат, в том числе Белый зал, получил Астрономический институт.
Создание такой «коммунальной квартиры» противоречило идее создания музея быта, где все элементы усадебного комплекса, все убранство интерьеров должны были сохраниться без изменения. Археологический институт, номинальный хозяин дома, в своих обращениях в Главнауку протестовал против такого положения: «…Объединение этого научного целого, но имеющие сметы от различных учреждений, лишены возможности правильно функционировать в хозяйственном отношении». Однако протест не возымел действия.