В своём одиночестве истосковавшийся по живому учёному слову, всегда одержимый жаждой узнать что-нибудь новое, готовый к мирной беседе и к горячему диспуту, Иоанн соглашается видеть Рокиту и говорить о вере с приверженцем лютеранства. Рокита предстаёт перед ним и произносит изготовленную загодя речь. Однако он совершает непростительную ошибку, свойственную всем европейцам не только того до крайности нетерпимого времени. Воспитанный на ожесточённой распре, на самой неприличной и беззастенчивой брани, так свойственной религиозной вражде и резне, Рокита принимается бранить православие, тогда как миролюбиво настроенный Иоанн ждёт от него спокойного, обстоятельного изложения лютеранского символа веры. Мало того, что Иоанн никому ни при каких обстоятельствах не позволяет оскорблять православие, он терпеть не может эти поверхностные умы, которые неспособны изобрести сносного довода как в опровержение чужой веры, так и в защиту своей. Натурально, он тотчас вскипает, становится несдержан и резок и с громким криком прогоняет Рокиту вон из царских палат. Под этот крик польские послы и покидают Москву. Однако гнев и презрение продолжают душить Иоанна. В спину Роките он швыряет послание, полное брани как на самого Лютера, которого он именует Лютым, играя словами, так и на всё лютеранство.
Итак, все неотложные распоряжения сделаны, он точно отодвигает в сторону дела польские и ливонские и возвращается к другому, запутанному, сложному, тяжёлому новгородскому делу. Впоследствии услужливые перебежчики станут повествовать, будто он дни и ночи проводит в застенках, где тяжко пытают немыслимыми пытками тех, на кого даны показания об участии в заговоре, лично участвует в пытках и в истреблении пленных поляков, которых польский посол отказался обменять на икону, даже лично убивает несколько человек, разумеется, умалчивая о том, что Иоанн никогда меча в руках не держал, что ни разу в жизни не принял участия хотя бы в самом малом сражении, где только и учатся убивать и приобретают к кровопролитию страсть, и что все эти дни возвращения в Александрову слободу он занят переговорами с польским посольством, знакомится с десятками, с сотнями документов, которые обличают польскую сторону в преднамеренной недобросовестности, ломает голову над тем, какой ответ дать шведскому королю, от чего зависит война или мир на северо-западных рубежах, опять-таки вокруг Великого Новгорода и Пскова, следит за турками и татарами и учреждает Ливонское королевство, которое тоже отнимает и много времени, и много энергии, и обстоятельных соображений, там ведь тоже война. В действительности дознание ведёт дьяк Разбойного приказа Василий Щелкалов, младший из братьев, который по долгу службы заведует местами заточения, заплечных дел мастерами и палачами, то есть и в новгородском деле исполняет свои прямые обязанности, которые являются непременной принадлежностью государственной власти и ни у кого не могут вызывать ни возражений, ни нареканий, ни осуждений. Проводятся очные ставки с архиепископом Пименом и служилыми людьми архиепископского двора. Из московских участников заговора и воровства удаётся обличить очень немногих, большинство заговорщиков и воров разными путями уходит от следствия, о чём с подозрительной быстротой становится известно польскому королю. Проводятся аресты, Афанасий Вяземский пытается скрыться, тем обличая себя, в течение нескольких дней он хоронится в доме лейб-медика Лензея, однако его убежище обнаруживают, берут оружничего под стражу, предают торговой казни повелением Иоанна, то есть бьют на площади железными палками, и отправляют в расположенный на Волге Городецкий посад, где бывший любимец царя и великого князя, по уверению Штадена, вскорости умирает, разумеется, в непереносимо тяжёлых железных оковах. В деле дознания новые подозрения падают на одного из братьев Серебряных-Оболенских. Намереваясь взять под стражу князя Петра, опричники окружают его укреплённый двор, стоящий в земской части Москвы. По всей видимости, опытный воевода оказывает сопротивление. В этом не может быть ничего удивительного, поскольку каждый из подручных князей и бояр держит при себе полный двор вооружённых людей. Далее события разворачиваются привычным путём: опричники врываются за ограду, ломают, крушат, отрубают голову князю Петру, заодно убивают его племянника Александра Ярославова-Оболенского, может быть, кое-кого из служилых людей, прибежавших «на оборонь», и с их смертью в земской Боярской думе не остаётся ни одного представителя этого обширного рода, когда-то введённого в неё интригами Адашева и Сильвестра.