В середине июля 1570 года собирается освящённый собор. Архиепископ Пимен и духовные лица из его окружения предаются суду митрополита, епископов, игуменов и архимандритов. Суд, состоящий из высшего духовенства, признает доказанной вину новгородского владыки и его приспешников. Пимена постановлением суда лишают сана и заточают в венёвский Никольский монастырь, где он умирает спустя год и два месяца без шести дней, как выражается новгородская летопись. Сана лишают и рязанского епископа Филофея. Двадцать пятого июля начинаются казни. Опись Посольского приказа, сделанная в 1626 году, продолжает перечень дел, впоследствии затерявшихся во мраке истории:
Местом казни назначается Поганая лужа, как именуется рыночная площадь в Китай-городе. Площадь оцепляет конная стража. На площадь выводят около трёхсот человек, вина которых признается судом. Позднее в подлой Литве немец Шлихтинг измышляет по этому поводу, будто московский народ, объятый ужасом, разбегается, окрестные улицы пустеют, тогда как царь и великий князь, вооружённый до зубов и в броне, разъезжает по площади, оцепленной стражей, но тем не менее каким-то фантастическим образом опустелой, лично уговаривает укротить страх и призывает подойти поближе попрятавшихся по домам и подвалам посадских людей, и далее наёмный клеветник, который без зазрения совести служит врагам Московского царства, несёт уже вовсе несуразную дичь, будто бы приводя признание самого Иоанна, «что, правда, в душе у него было намерение погубить всех жителей города, но он сложил уже с них свой гнев», то есть должны зарубить себе на носу польские и литовские шляхтичи, возжелавшие именно московского царя и великого князя принять к себе в короли, что этот варвар, этот дикарь, московский медведь сам оповестил немца Шлихтинга, что возжелал было ни много ни мало и, уж разумеется, ни с того ни с сего, без ума истребить всю Москву, да вдруг передумал, завидя, что жители города испугались одного его грозного вида, так глядите, шляхетство и панство, он и вас этак-то задумает всех истребить, выродок, зверь, не принимайте его к себе в короли, не миритесь, подите на него священной войной, петая-перепетая, но всё ещё не допетая подлая песнь всех изгоев и перебежчиков.
В действительности московский люд тихо и мирно и с большим любопытством заполняет Поганую лужу: как всякий народ, москвичи страсть как любят на казни глазеть, тем более что русский народ только и уважает того государя, который бестрепетно предаёт казням оголтелых вельмож, этих неисправимых мздоимцев, казнокрадов, насильников, «волков», которые, как искони повелось, во все времена для народа хуже татар. Иоанн знает эту непреложную истину лучше всех этих мелкотравчатых шлихтингов, штаденов, курбских и вкупе с ними десятков и сотен историков, романистов, балалаечников и кинематографистов, которые изо всех сил и в меру своего невежества и злобной фантазии порочат его, знает как раз потому, что именно от этого народа получил власть и право казнить этих «волков», пока их не растерзал сам народ. Он говорит не грозя, не оправдываясь, не испрашивая прощения, поскольку казнить «волков» ему сам народ поручил, уверенный в том, что народ поддержит его, иначе удавил бы супротивников втихомолку, в тёмных подвалах Кремля или Александровой слободы:
— Народ православный, увидишь муки и смерть, но я караю изменников.
И вновь, как пять лет назад, когда затворялся в Александровой слободе, вопрошает:
— Ответствуй: прав ли мой суд?
И православный народ, не имеющий причин любить князей и бояр, отвечает, как отвечал той тревожной зимой, когда князь и великий князь, оставив Москву и престол, испрашивал его благословения на опалы и казни:
— Живи, царь преблагий! Ты хорошо делаешь, что наказуешь изменников по делам их!