Четыре года спустя особая «Комиссия, назначенная для проектирования инструкций организационным учреждениям Ферганской области» составила доклад, утвержденный Генерал-Адъютантом фон Кауфманом 6 Апреля 1880 г. По отношению к вакуфам устанавливалось правило, что ненаселенные земли должны укрепляться за вакуфными учреждениями, а населенные – за сидящим на них населением, с возвращением вакуфу от казны ежегодного денежного вознаграждения, «равного либо полной сумме оброчной подати, наложенной на отошедшие земли, либо части этой подати, соразмерной той части хераджа, на которую они имели право по мусульманскому документу».
Оценивая основания, по которым работали организационные комиссии, Государственный Совет при обсуждении проекта нового Положения 1886 года имел по отношению к Ферганской области следующее суждение:
«В Ферганской области, где организационные работы уже произведены, разбор вакуфных документов и прав может быть возложен на Областное Правление в обыкновенном его составе, при содействии уездной Администрации».
В соответствии с таким суждением в Ферганской области был установлен 12 Июня 1886 года «Штат временной комиссии и по определению вакуфных прав на земли, причем требование, заключающееся в пункте 6-м Приложения к 255-й статье Положения 1886 года относительно обязательного представления к 1 Июля 1887 г. всякого рода и наименования документов, устанавливавших вакуфные права на земли, в соответственные Областные Правления было тогда же объявлено и в Ферганской области. Количество представленных тогда документов показано в самом начале настоящей записки.
Вскоре, однако, оказалось, что работы организационных комиссий были недостаточны, и Высочайше утвержденным 22 Марта 1889 года мнением Государственного Совета было постановлено распространить и на Ферганскую
область действие правил о введении поземельно-податного устройства в Туркестанском крае с упразднением вышеупомянутой комиссии по определению вакуфных прав.
Таким образом, с весны 1890 года поземельно-податные работы начались в Ферганской области сызнова, причем последующим постановлением Совета Туркестанского Генерал-Губернатора от 27 Ноября 1892 года № 41 было разъяснено, что данные работы прежних организационных комиссий не должны приниматься в соображение при новых работах.
В законе 1886 года, который с 1889 года стал применяться вр. поземельноподатными установлениями и в Ферганской области, об исследовании прав вакуфных учреждений говорится в статьях 265, 266, 286, 289, 299 и в 12-ти пунктах из общего числа 23 приложений к 255-й статье. Что же касается до организации вакуфного дела вообще, то этому вопросу была посвящена только на 267-я статья, гласящая так:
«Утверждение вакуфных документов, устройство управления вакуфами, наблюдение за правильностью употребления вакуфных доходов и право ревизии их принадлежит областным правлениям». В пояснение и развитие законодательных постановлений была Туркестанским Генерал-Губернатором утверждена 19 Марта 1887 года Инструкция поземельно-податным чинам и установлениям.
История выработки этой инструкции назначенной в 1886 году комиссией под председательством Сыр-Дарьинского Военного Губернатора Генерал-Майора Гродекова не оставляет сомнения в том, что первоначально ханским и эмирским печатям на вакуфных документах вовсе не предполагалось придавать того решающего значения, какое этот признак получил в последующих инструкциях. 3-я и 4-я статьи первого проекта инструкции были изложены в следующих выражениях:
3-я статья:
«При рассмотрении вакуфных документов Областное Правление утверждает только те из них, которые удовлетворяют следующим условиям:
а) Каждый вакуфный документ должен быть утвержден по меньшей мере одной печатью какого-либо из эмиров или ханов Бухары или Кокана. Печати беков, казиев и других лиц без печати эмира или хана не имеют никакой силы, точно так же как и печати эмира Бухарского Музафар-Этдина и бывшего хана Коканского Худояра.
б) Вакуфный документ должен заключать в себе: наименование селения или урочища; означение пространства земли; ясные ее границы; освобождение земель от податей и время выдачи;
в) чтобы учреждение, в пользу которого отказаны доходы по документу с земель, существовало в настоящее время».
4-я статья: