Подобными нехитрыми логическими построениями, выраженными в обычных имперских (ориенталистских) штампах, авторы записок стараются подвести к другой, и едва ли не главной, на их взгляд, причине Андижанского восстания, состоящей в изменении форм колониального правления. Речь шла о Положении по управлению Туркестанским краем в редакции 1886 года и введенном в действие в 1887 г., в котором, согласно общеимперским законам, были разделены административная и судебная власти, а царские чиновники не могли влиять на решения судов, не имели права напрямую вмешиваться «в дело выборов чинов местной администрации» (статьи 87, 88 Положения). Начальник Кокандского уезда считал, что ответственность за развал «военно-народного» (то есть прямого административного) управления возложил на Комиссию тайного советника Ф. К. Бирса (работал в 1882-1885), задачей которого было «установление однообразия в порядке управления краем с внутренними губерниями Империи». Однако туркестанская администрация обвиняла его в том, что он не учел местных условий.
Способ управления, основанный на единоначалии, как полагали местные военные чиновники, более всего отвечал «чаяниям народа, веками воспитанного в таком духе твердой и единственной власти». Авторы всех представленных здесь записок утверждают, что местное население не оценило полезность нововведений, инициированных Комиссией графа Гирса, а плодами выборной системы воспользовалась духовная элита и богатое сословие. А самое главное, ситуация, когда суды не только не подчинялись властям, но даже действовали вопреки им, привела как будто бы к полной дискредитации действий и статуса администрации в глазах «туземцев». Генерал Корольков назвал эту ситуацию «двоевластием», которое сильно понизило «значение уездных и других начальников, что уронило в глазах туземцев русскую власть вообще», а потому следует вернуть «русской административной власти прежнее обаяние, столь необходимое в полудикой азиатской стране с фанатичным мусульманским населением». Прибегая к подобной и похожей аргументации, авторы записок предлагают вернуться к введенному фон Кауфманом «военно-народному» управлению, централизовать власть и расширить дисциплинарные права администрации, отменить выборы волостных управителей и народных судей, вернувшись к их назначению.
Итак, необходимость восстановления былой патриархальности власти и тоска по единоначалию заметна во всех представленных отчетах. Однако их составители противоречат сами себе. В своих записках они называют почти с десяток восстаний местного населения, имевших место в Туркестане до 1898 г., со значительно большим числом жертв и растянувшихся на гораздо больший срок, чем Андижанское восстание. Между тем все упомянутые в записках бунты возникали именно во времена т.н. «военно-народного» (а точнее прямого административного) управления, когда в распоряжении местной администрации было намного больше штатов и властных полномочий. Таким образом, возникает ощущение, что начальники областей пытались направить возможные «оргвыводы» высокого начальства по восстанию в свою пользу.
Все опубликованные ниже документы объединяет исключительная неприязнь к «фанатизму мусульман». Как пишет генерал Корольков в своем отчете: «Главная причина рассматриваемого мятежа заключается в мусульманском фанатизме, повсеместно значительно оживившемся в последнее время и нашедшем в данном случае такого влиятельного ревнителя, каким был миньтюбинский ишан».