Такая перестройка принесла положительные результаты, однако принятые меры носили половинчатый характер. Во-первых, не было необходимого структурного и функционального соответствия всех уровней и звеньев управления АПК. Во-вторых, из-за незавершенности структуры управления АПК не удалось достичь существенных изменений в экономическом механизме взаимодействия колхозов, совхозов и обслуживающих организаций. Большинство РАПО не смогли реализовать предоставленные им возможности межотраслевого управления, найти рациональное соотношение между административными и экономическими методами руководства.
ЦК КПСС и Совет Министров СССР в ноябре 1985 г. приняли постановление «О дальнейшем совершенствовании управления агропромышленным комплексом», предусматривающее образование единой системы Государственного агропромышленного комитета СССР (Госагропрома СССР). Кроме центрального союзно-республиканского органа государственного управления агропромышленным комплексом страны — Госагропрома СССР, в нее вошли госагропромы союзных и автономных республик, агропромы краев и областей, районные (окружные) агропромышленные объединения, подведомственные им совхозы, предприятия, организации и учреждения, а также колхозы.
Госагропром СССР создан на базе союзных министерств и ведомств: сельского хозяйства, плодоовощного хозяйства, мясной и молочной промышленности, пищевой промышленности, сельского строительства и Госкомсельхозтехники, которые упразднены. При этом аппарат прежних министерств сокращен на 47 %. Вместо 206 главков и управлений, 49 объединений создано 10 крупных блоков, которые возглавляются заместителями Председателя комитета. Их функционирование под единым руководством обещает дополнительный эффект не только в виде сокращения численности управленческого персонала, затрат на его содержание, но и более полного использования ресурсов АПК, высокой степени специализации и концентрации производства.
При этом создаются единые и укрепляются общие для объединенных систем функциональные звенья (службы), например инженерная служба. Упрощаются технологические и организационные связи, а следовательно, сокращается время на принятие управленческих решений, контроль за их выполнением, т. е. организационные факторы обеспечивают повышение эффективности функционирования АПК.
Госагропром СССР, решая межотраслевые проблемы, наряду с Советами Министров союзных республик несет всю полноту ответственности за обеспечение устойчивого снабжения населения продуктами питания, а промышленности — сырьем, создание необходимых государственных резервов и экспортных ресурсов. Обеспечивая управление АПК как единым целым, Госагропром СССР осуществляет планирование и финансирование не только подведомственных организаций и предприятий, но и предприятий и организаций других министерств и ведомств, включенных в систему агропромышленного комплекса страны — Министерства хлебопродуктов СССР, Министерства мелиорации и водного хозяйства СССР, Министерства рыбного хозяйства СССР и Госкомитета по лесному хозяйству. Кроме того, в систему АПК входит Центросоюз СССР с сохранением функций и прав, предусмотренных его уставом.
Таким образом, по степени управленческого воздействия можно выделить отрасли, которыми непосредственно руководит Госагропром СССР (сельское хозяйство, пищевая, мясная и молочная промышленность, заготовки, первичная переработка хлопка, льна, других лубяных культур, первичная обработка шерсти, строительство, производственное обслуживание предприятий АПК), и отрасли, на которые распространяется его частичное воздействие посредством решения межотраслевых вопросов приемки и переработки зерна, мелиорации земель, лесного и рыбного хозяйства. Группа отраслей первой сферы АПК тесно координирует свою деятельность с Госагропромом СССР, обеспечивая увязку объемов производства и поставок техники, оборудования и других материально-технических ресурсов с потребностями в них.
Первичным (низовым) звеном управления АПК являются РАПО. Количество их на 1 января 1984 г. составляло 3109. Они объединяют первичные звенья агропромышленного производства — 50,4 тыс. сельскохозяйственных, 7,8 тыс. промышленных, почти 27 тыс. строительных и обслуживающих сельское хозяйство предприятий и организаций, в которых занято 33,6 млн. работников.
Большое число разнородных объектов управления, необходимость постоянного согласования работы территориальных и отраслевых органов обусловливают сложность управления АПК. Отражая постоянное развитие и изменение агропромышленного производства под влиянием научно-технического прогресса, управление комплексом должно быть весьма динамичным, поэтому организационная структура управления АПК будет совершенствоваться, с тем чтобы дать простор для развития наиболее прогрессивных форм организации производства.