Более всего публично критиковал Листера Томас Наннели, английский хирург из Лидса, который гордился тем, что не позволил лечить карболовой кислотой ни одного из своих пациентов. В обращении к Британской медицинской ассоциации в 1869 году он сказал, что антисептическая система Листера зиждется на «не подкрепленных фактами фантазиях, которые существуют лишь в воображении тех, кто верит в них». Он полагал, что пропаганда Листером микробной теории абсурдна: «Боюсь, эта спекуляция о наличии в воздухе живых микроорганизмов – гораздо больше, чем невинная ошибка», – сообщил он участникам конференции, среди которых был и Джеймс Симпсон. «Это позитивная в учебном смысле ситуация, – продолжил он, – ведь те страшные последствия, которые так часто преследуют травмы нельзя объяснить одной общей причиной, и не следует лечить одинаково… так как это побуждает игнорировать многочисленные и зачастую гораздо более сложные обстоятельства».
Отвечая на критику Наннели, Листер едва мог скрыть отвращение: «То, что он категорически возражает против лечения, которое он столь мало понимает и которое, по его собственному признанию, никогда не пробовал, говорит о незначительности его аргументов». Чувствуя, что сын разочарован обрушившейся на него критикой, Джозеф Джексон старался утешить Листера: «Как бы медленно и с трудом ни принимались предложенные тобою усовершенствования, и как бы ни были принижены или оспорены твои притязания, это великое дело – стать проводником для столь великого начинания как твоя антисептика, которая есть истинное благословение для смертных».
Пока Листер вел словесную войну со скептиками, от членов семьи снова пришли тревожные новости. Через несколько недель после переезда в Эдинбург он получил письмо от брата Артура, который недавно посетил Аптон, чтобы увидеть отца. Артур признался, что «не был готов увидеть столь большую перемену в дорогом папе». Джозеф Джексон ослабел настолько, что едва имел силы перевернуться в постели. Их отцу было восемьдесят три года, и хотя он всегда оставался крепок здоровьем, в последние несколько лет Листер подмечал небольшие изменения в отце. Несколько месяцев назад он страдал от сильного кашля, а в одном из последних писем жаловался на кожную инфекцию на лодыжке. Еще более показательным был почерк: когда-то четкий, он становился все более неразборчивым – верный признак того, что координация начала подводить старого отца, как это было с Саймом после инсульта.
Листер собрал вещи, отправился в Лондон и успел в самый последний момент. Пять дней спустя, 24 октября 1869 года, Джозеф Джексон скончался. Эта потеря стала для Листера серьезным ударом: всякий раз, когда он бывал раздосадован или не уверен в принятом решении, Джозеф Джексон служил путеводным светом и голосом разума. Когда Листер хотел отказаться от медицинской карьеры, чтобы стать проповедником, отец предвидел ошибочность такого пути для сына и осторожно направил по верной дороге. Листер ощущал, что ему будет не хватать отцовских советов.
Терзаемый горем, Листер написал своему шурину Рикману Годли. Он описал странный сон, который приснился ему в последнюю ночь, проведенную в доме детства. Во сне Листер спустился из своей спальни в Аптон-Хаусе, а внизу его сердечно встретил отец. «Он тепло пожал мне руку и поцеловал меня, как делал, когда я был маленьким мальчиком», – писал Листер. Они обменялись парой слов, прежде чем Листер спросил отца, хорошо ли он спал после долгого путешествия. Джозеф Джексон ответил, что спал он плохо, однако вполне здоров – и оба обрадовались. Именно тогда Листер заметил, что отец сжимает в руках маленькую книгу, в которой, как он понял, содержатся заметки о путешествии Джозефа Джексона. Тут Листер проснулся, успев еще подумать, как интересно было бы их прочитать.
Он закончил свое письмо искренним, почти поэтическим пожеланием: «Хотел бы я, чтоб и ты был на том спокойном берегу».
Спустя две недели после смерти отца Листер прочитал вступительную лекцию новым студентам Эдинбургского университета. Он отдал дань уважения Сайму, который также присутствовал на лекции. «Мы можешь лишь радоваться, что наш учитель все еще среди нас, – сказал Листер, возможно, думая о своем собственном отце. Он сказал собравшимся молодым людям, что, поскольку у него есть «свободный доступ к неисчерпаемому запасу знаний и опыта Сайма, он в некотором смысле – через меня – останется вашим учителем».
Сайму между тем становилось все хуже. Через несколько месяцев после вступительной лекции Листера старый хирург потерял способность говорить. Также он более не мог глотать, что в эпоху, когда питательных трубок не существовало, означало неотвратимый летальный исход. Стало очевидно, что на этот раз Сайм уже не оправится. 26 июня 1870 года «Наполеон хирургии» скончался в постели.