Бояре, увидавшіе, что Годуновъ желаетъ править такъ же самовластно, какъ правилъ Иванъ Грозный, ршились дйствовать противъ него тайно, и современники объясняютъ несчастіе Бориса негодованіемъ чиноначальниковъ всей земли Русской, отъ которыхъ много напастныхъ золъ на него возстало. Борисъ, для огражденія себя отъ козней бояръ, поощрялъ боярскихъ холоповъ къ доносамъ и клевет. «Ни при одномъ государ такихъ бдъ не бывало», говорили современники, такъ какъ доносы сопровождались опалами и казнями. Такъ, Борисъ по доносу подвергъ тлесному наказанію Богдана Бльскаго и заключилъ его въ темницу. Съ особымъ озлобленіемъ отнесся Борисъ къ дому Романовыхъ, предокъ которыхъ, по преданію, выхалъ въ XIV вк изъ «Пруссъ». Его потомки были впослдствіи извстны подъ фамиліями Кошкиныхъ, Захарьиныхъ и, съ половины XVI вка, Романовыхъ (отъ имени Романа Юрьевича Захарьина). Дочь этого Романа Юрьевича, въ 1547 году вышла замужъ за Ивана Грознаго, и такимъ образомъ Романовы стали въ родств съ царемъ. Братъ царицы оставилъ по себ добрую память въ народ, его имя сохранила даже былина, представивъ въ псняхъ о Грозномъ добрымъ посредникомъ между народомъ и Царемъ. Въ моментъ кончины Царя еодора было нсколько Романовыхъ, сыновей Никиты Юрьевича Романова, и вс братья эти были тогда извстны подъ именемъ Никитичей. Изъ нихъ самымъ выдающимся слылъ еодоръ Никитичъ Романовъ, которому передъ смертью будто бы Царь еодоръ готовъ былъ передать свой престолъ. Вотъ въ этихъ-то двоюродныхъ братьяхъ Царя еодора видлъ Борисъ своихъ соперниковъ.
Вс сыновья Никиты Романовича, по ложному доносу холопа, были обвинены въ намреніи извести царя волшебствомъ и отправлены Годуновымъ въ заточеніе. Его не пережили Александръ, Василій и Михаилъ Никитичи. По сказанію лтописей, Александръ былъ удавленъ у Благо моря; Василій и Иванъ были сосланы въ Пелымъ, гд первый умеръ отъ дурного обращенія съ нимъ приставовъ. Михаилъ Никитичъ, богатырь тломъ, закованный въ цпи въ 3 пуда 10 фунтовъ, содержался въ подземной тюрьм, въ Ныробской волости, близъ Чердыни, гд мстные крестьяне сохраняютъ часть его оковъ въ выстроенномъ храм и чтутъ его за святого. еодора же насильно постригли въ монахи, подъ именемъ Филарета, въ Сійскомъ монастыр, а жену его Ксенію разлучили съ дтьми, мужемъ и сослали въ Новгородскій уздъ, Обонежской пятины, на Онежское озеро. Сына ихъ Михаила, которому шелъ шестой годъ, отправили на Блоозеро съ опальными тетками: княгинею Марою Никитичною Черкасскою, Анастасіей Никитичной (тогда еще двицею) и женой Александра Никитича Ульяной Семеновной (рожденной Погожевой). Среди этого родственнаго кружка маленькій Михаилъ, будущій государь Россіи, и его сестрица Татьяна еодоровна (8-ми лтъ) терпли на Блоозер тяжкую нужду и росли при очень суровыхъ условіяхъ. Достоврно извстно, что пристава, смотрвшіе за содержаніемъ опальныхъ, часто отказывали имъ даже въ молок и яйцахъ для ихъ стола, а заботливыя тетки Михаила еодоровича иногда не могли допроситься и куска холста, необходимаго для блья дтямъ, ввреннымъ ихъ попеченію.
Такимъ образомъ боярская знать скрылась по подворьямъ и дальнимъ тюрьмамъ, а обезумвшій Борисъ разослалъ всюду особую молитву, которую во всхъ домахъ должны были читать за трапезой при заздравной чаш за царя и его семейство. Самъ же Годуновъ укрылся во дворц, не выходилъ принимать челобитныхъ, какъ то длали прежде цари, — словомъ, показалъ, что всхъ боится. Въ 1604 г. разнеслась по Москв всть, что агенты Годунова въ Углич зарзали подставного ребенка, а настоящій царевичъ живъ и идетъ изъ Литвы добывать свой престолъ.