Границы, установленные османской и узбекской экспансии этими событиями в начале XVI века, оказались исторически долговечными. Если не считать временных неурядиц, западная граница Ирана сохранилась в неизменном виде до конца сефевидского периода, проходя по линии, установленной битвой при Чалдыране и османским завоеванием Месопотамии в 1534 году. С незначительными изменениями она такова и сегодня. Северо-восточные пределы иранского влияния, установленные неудачными усилиями Бабура в Трансоксиане, по большей части тоже остались стабильными. Пояс, протянувшийся вдоль и к югу от Амударьи на запад к Каспийскому морю, с тех пор стал границей между государствами, а также между религиозными общинами. Трансоксиана и большинство восточных земель, где говорили на персидском языке (теперь они включены в состав Афганистана и Таджикистана), остались в основном суннитскими, а Иран стал почти полностью шиитским. Хотя распространение персидской культуры в Центральную Азию в последующий период не остановилось, сектантский раскол существенно замедлил прогресс. В Трансоксиане, как и в Индии, литературное выражение на персидском языке развивалось более или менее независимо, в направлении, определенном исконным суннитским влиянием. Несмотря на эмиграцию иранских поэтов и художников, взаимные контакты с культурой Иранского плато относительно редки. В то время как великие персидские классики сохранили свое влияние и популярность в этих странах, современные литературные продукты Ирана, даже если они не имели теологического характера, перестали изучаться и использоваться как образцы. Эта ситуация не только лишила обе стороны возможных плодов культурного обмена, но несомненно, лежала в основе выраженного регресса персидского языка в Трансоксиане (за исключением гор Таджикистана). В этот период тюркский — «суннитский» — язык стал обычным инструментом выражения по всей Центральной Азии. Эта языковая перемена, вместе с ослаблением культурных связей с Ираном, привела к постепенному падению с высокого уровня, достигнутого под влиянием общего культурного развития, преобладавшего в эпоху Средневековья.
Таким образом, события начала XVI века привели к разрыву древних связей Трансоксианы с югом и одновременно втянули страну в беспорядки на южном фланге. Однако ей больше не угрожали атаки с северо-востока, которые в XV веке вызывали большую тревогу, особенно когда ойраты, которые не были мусульманами, проникли почти до Амударьи. Поскольку суннитский ислам постепенно распространялся дальше на восток, в Семиречье и бассейн Тарима, больше не было необходимости в священных войнах против жителей этих регионов.
Северо-восточные границы ислама до того, как около 960 года его начали повсеместно принимать тюрки, находились в районе Самарканда, Ферганской долины и гор Афганистана. За обращением тюрков Трансоксианы не последовала дальнейшая экспансия, пока за свою религию держались монголы и каракитаи. Тюрки-мусульмане в 960—1220 гг. стремились только в сторону Ирана и Ближнего Востока. Мысль о расширении своей территории и распространении своей религии в восточную часть Центральной Азии, вероятно, не приходила им в голову. Только в XIV веке, когда монголы Чагатайской орды перешли в ислам и Тимур позиционировал себя как его защитника, причем лишенного рыцарских качеств, доктрина Корана стала проникать в бассейн Тарима и остальную часть Могулистана. Некоторые местные правители приняли роль защитников ислама от восточных соседей. В следующих веках обширные территории восточной части Центральной Азии были, таким образом, завоеваны, и даже в Китае начало расти число мусульман, известных как дунгане. Единственная прочная преграда исламу появилась, когда племена из Монголии в конце XVI века стали склоняться к ламаистскому буддизму. До этого барьера народы и племена, говорившие на тюркских языках, почти без исключения собрались под знамена Корана.