Два брата-правителя также разделили военные обязанности. Мансур сконцентрировал силы на востоке, где все еще сохранялась возможность распространения ислама путем завоеваний. В 1513 году он подчинил себе оазис Комул (Хами), давно бывший целью мусульманских правителей региона, а в 1517 году сделал его своей столицей и базой для дальнейшего продвижения в Китай. Двигаясь на восток, он доходил до Дуньхуаня, Сучжоу и Ганьчжоу в провинции Ганьсу. Упоминания об этом встречаются в китайских и местных хрониках. Хотя мусульманам Восточного Туркестана не было суждено стать хозяевами этих мест надолго, распространение ислама в западные провинции Китая, вероятно, было ускорено обращениями, имевшими место в этот период.
В это время Саид-хан вторгся в провинцию Ладак, до того времени зависимую от Тибета. В 1531 году этим регионом управлял историк Мухаммед Гейдар Дулати — признак того, что клан дулатов в те времена был в хороших отношениях с ханом. Прекращение этих сердечных взаимоотношений впоследствии принесло стране много вреда. Хан Абд ар-Рашид, ставший преемником своего отца Саида в 1533 году, желал большей свободы действий и не желал мириться со сложившимся балансом власти. Гейдар, соответственно, покинул службу у Рашида и в 1541 году обосновался в Кашмире.
Эти события привели к коренному изменению ситуации. В то время как два брата Чагатаида и их преемники были связаны военными обязательствами на востоке и юге, казахи могли беспрепятственно проникать на север Могулистана. Они в конце концов захватили всю долину реки Или и Кунгеса. Власть Абд ар-Рашида была ограничена районом Кашгара, который был недостижим для казахов из-за непроходимых гор Гиндукуш. После смерти Саид-хана подняли голову внутренние силы. На этой территории, как и на других мусульманских землях, потомки пророка и его сподвижников пользовались особым уважением. Они занимали самое высокое положение в ортодоксальном бассейне Тарима, где все еще был жив дух фанатиков-гази. Настоящие и мнимые потомки Мухаммеда, Али и трех «праведных» халифов были объединены в кланы, лидеров которых называли ходжа.
Сами ходжи также делились на две фракции: белогорскую (
В западной части региона после смерти Абдаллаха в 1565 или 1570 году трон занял Абд аль-Карим (или Абд аль-Латиф), который правил в Кашгаре до 1593 года и дал Яркенд как фьеф своему брату Мухаммеду. Последний, вероятно, был еще у власти, когда португальский миссионер-иезуит Бенто де Гоиш в 1603 году проезжал через Кашгар[44]
. Выделение этой территории, несомненно, предотвратило ссору в рамках династии, но усилило фрагментацию страны и способствовало переходу реальной власти в руки ходжей. Рассеивание мелких поселений в бассейне Тарима благоприятствовало процессу, который привел к появлению большого числа мелких городов-государств в разных оазисах. Не только Кашгар и Яркенд, но также Аксу и Хотан стали оплотами кланов ходжей. «Белогорцы» сначала сохраняли тесные связи с казахами, которые тогда делились на три группы — три жуза: старший, средний и младший. Они скитались по степным просторам к северу от Аральского и Каспийского моря до рек Иртыш и Тобол и (как уже говорилось выше) завладели долиной Или. Черногорцы, с другой стороны, искали помощи у киргизских (или каракиргизских) племен, живших на южных склонах Тянь-Шаня. Тем временем присутствие ханов Чагатаидов являлось терпимым, поскольку у них не было реальной власти. Когда хан по имени Исмаил попытался изменить ситуацию и свергнуть