Феодор Никитич Романов-Юрьев родился между 1551 и 1560 гг. в родовитой боярской семье Романовых, старший сын боярина Никиты Романовича.
В детстве он получил хорошее образование и научился даже латинскому языку по собранию латинских речений, написанных для него славянскими буквами одним англичанином.
Двоюродный дядя царя Феодора, любознательный и начитанный, веселый и приветливый, красивый и ловкий, соединявший любовь к книгам с любовью к развлечениям и нарядам, он играл в молодости видную роль, пользуясь одинаковой популярностью и у соотечественников, и у иностранцев.
Он женился на дочери бедного костромского дворянина Ксении Ивановне Шестовой и имел от нее 5 сыновей и одну дочь. Из всех детей его пережил только сын Михаил, избранный на царство.
В 1586 году Феодор Никитич упоминается как боярин и наместник нижегородский, в 1590 году участвует в качестве дворового воеводы в походе на Швецию, в 1593–94 годах состоит наместником псковским и ведет переговоры с послом имп. Рудольфа, Варкочем.
В 1596 году будущий патриарх состоял воеводой в правой руке. От 90-х годов дошло несколько местнических дел, касающихся Феодора Никитича и рисующих влиятельное положение его среди московского боярства.
Ясный ум и открытый сердечный нрав сделали его популярным в народе, его прочили в преемники бездетному царю Федору, в Москве ходили слухи, что покойный царь перед смертью прямо назначил его своим преемником.
Борис Годунов, сев на царство, оправдывался перед ним ссылкой на народное избрание и давал ему клятву держать его главным советником в государственном управлении.
Были ли у самого Феодора Никитича планы на воцарение? Надо полагать, были, и не случайно в коломенском дворце будент найден его портрет в царском одеянии, с подписью «царь Федор Микитич Романов».
Но в силу сложившихся обстоятельств ему не оставалось ничего другого, как только подписаться под избирательной грамотой Бориса.
В 1601 году, во время разгрома клана Романовых Борисом Годуновым, Феодор Никитич был пострижен в монашество под именем Филарета и сослан в Антониев Сийский монастырь. Согласно некоторым источникам, Федор Никитич пытался отравить Годунова.
Его жена была тоже пострижена под именем Марфы и сослана в Заонежские погосты. Его малолетний сын Михаил и дочь были отправлены на Белоозере с теткой Настасьей Никитичной.
Жизнь Филарета в монастыре была обставлена очень сурово: пристава пресекали всякие сношения его с окружающим населением и изнуряли его грубым соглядатайством и мелочными применениями, жалуясь в то же время в Москву на его крутой и запальчивый нрав.
С появлением в 1605 году известий о движениях Лжедмитрия в настроении Филарета была замечена резкая перемена. Он повеселел и стал высказывать надежду на скорый переворот в своей судьбе.
Он дождался его, и 30 июня 1606 года по распоряжению Лжедмитрия Филарет стал епископом Ростовского с возведением в сан митрополита.
Филарет редко наезжал в свою епархию, проживая с тех пор большей частью в Москве. По воцарении Василия Шуйского Филарет ездил в Углич открывать мощи Дмитрия Царевича.
В 1609 года Ростов подвергся нападению тушинцев. Филарет, запершийся с народом в соборе, был схвачен и после различных поруганий с бесчестием отправлен в Тушино. Однако Тушинский вор по мнимому своему родству с Филаретом назначил его патриархом всея Руси.
Таким образом, Филарет стал единственным в истории России патриархом, у которого были дети и которого провозглашали, а не избирали, дважды: в 1608 и 1619 годах.
В качестве нареченного патриарха Филарет рассылал грамоты по церковным делам в области, признававшие власть Тушинского вора, а после бегства вора в Калугу участвовал в переговорах тушинцев с польским королем о приглашении последнего или его сына на русский престол.
Когда Рожинский в марте 1610 года сжег Тушино, отряд польских тушинцев, отступивший к Иосифову Волоколамскому монастырю, захватил с собой и Филарета.
Вскоре этот отряд был разбит, Филарет получил свободу и отъехал в Москву. Филарет принял активное участие в заговоре против Шуйского. В чем не было ничего удивительного.
Филарет стоял практически за всеми заговорами при российском дворе, включая «неожиданную» смерть Годунова, которая носила явные признаки отравления, и последующий стремительный государственный переворот и уничтожение рода Годуновых.
По свержении Шуйского Филарет по указанию Жолкевского, желавшего удалить из Москвы наиболее влиятельных лиц, был назначен вместе с князем Голицыным в посольство к Сигизмунду для заключения договора о вступлении на русский престол королевича Владислава.
7 октября послы приехали под Смоленск. Переговоры, затянувшиеся до 12 апреля, не привели ни к чему, а после получения известия о приближении к Москве ополчения Ляпунова, Трубецкого и Заруцкого послы были арестованы. Филарет пробыл в плену у поляков до 1619 года, проживая в доме Сапеги.