В 1648 году Никон по делам монастыря прибыл в Москву и был представлен царю. Алексей не отпустил Никона из Москвы. Вскоре он сделал его архимандритом Ново-Спасского монастыря. В 1649 году царь поставил его на митрополию Великого Новгорода и предоставил ему особые полномочия.
Эти полномочия, по всей видимиости, выпросил сам Никон, который к этому времени был убежден в превосходстве церковной власти церковной над влстью государственной.
1649 год стал особым годом в истории русского общества. Именно тогда было составлено новое гражданское «Уложение». В нем уже ясно звучали мотивы секуляризации церковных имуществ и ограничения автономных привилегий судебного ведомства церкви.
И именно тогда Никон осознал главную цель своего церковного подвига — победу над государственным мировоззрением.
В то время Никон пользовался в народе большой популярностью. Он знаимался благовторительностью, во время народного бунта дал сбежавшему воеводе Хилкову укрыться в его палатах и грудью выступил против бунтовщиков, ворвавшихся к нему.
Когда для усмирения бунта подошли московские войска князя Хованского и смяли новгородцев, тогда бунтовщики вместе с женами повалились в ноги к тому же Никону. И он ходатайствовал о прощении их.
Никон не раз приглашался в Москву царем и не переставал его радовать своими достижениями в сфере церковного благоустройства.
Никон упразднил в Новгороде безобразие многоголосия и ввел единогласие. Уничтожил старое «храмовое» пение и завел пение гармоническое, трехголосное по киевскому образцу.
Царь любовался своим любимцем и с гордостью показывал его и иностранным гостям. И мало кто удивился тому, что после смерти патриарха Иосифа патриаршию кафежру получил Никон.
Он долго не соглашался принять патриаршество, мечатая и сейчас получить для возвышения церкви над государством исключительные полномочия.
Царь с духовенством и боярами со слезами умоляли Никона.
— Если вам угодно, — заявил он, — чтобы я был патриархом, произнесите обет в этой соборной церкви, что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила Свяытх Апостолов и законы благочестивых царей. Если обещаетесь слушать и меня, как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить церковь, то я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства!
Такое обещание царь и собор патриарху дали, и чуть ли не на следующий день увидели совсем другого Никона — властного, гордого, обидчивого и лезущего во все дела, как церковные, так и государственные.
Старые друзья мечтали, что Никон будет выдвигать их. Но Никону было не до них. Вместе с царем он мечтал о превращении русского царства во вселенское, «нео-цареградское» и был занят своей программой о возвышении церкви над царством.
При этом он не понимал главного: русское государство при царе Алексее ускоренным темпом перерождалось из государства вотчинного в государство правовое и бюрократически-полицейское. И вотчинечество церкви, наряду с ликвидацией вотчинечества всех уделов должно было быть ликвидировано.
Нужда экономическая и техническая в этом переломе была острая. Но ясной идеологии не было ни у той, ни у другой из столкнувшихся сторон.
Для идейной борьбы с Уложением Никон напечатал в 1653 году свою знаменитую церковно-славянскую Кормчую с древних рукописей.
Ради фактической борьбы с ограничениями собственнических прав церковного хозяйства, Никон с особым вдохновением умножал патриаршие земельные владения и расширял границы собственной патриаршей области. При Никоне они достигли небывалых размеров. И сам царь, забывая Уложение, вновь жертвовал Никону имения.
Среди этой внутренней церковной «империи» Никон построил три монастыря. Эти три монастыря царь пожаловал Никону в его личное владение.
Новый патриарх принялся с вдохновением за выполнение той программы своего служения, которая была из долговременных личных бесед и внушений хорошо известна царю и разделялась последним, ибо исходила от царского духовника, протопопа Стефана Вонифатьева.
Это была одна из идей того передового кружка, в котором сформировалось мировоззрение и самого Никона. Эту программу можно назвать программой московского церковного великодержавия, требовавшей срочных и чрезвычайных реформ в русской церкви для ее исправления и прославления.
Греческий образец при этом брался и в контраст латинству, и ради приближения церкви русской к греческому восприятию на случай ее прихода в самый Царьград.
Никон хотел реализовать права, какие он вычитывал для себя в букве Кормчей. Например, Павел Алеппский сообщает, что до Никона ни один епископ не ставился без царского указа.
Никон стал это делать, равно единственно по своей власти — и судить и запрещать епископов. Никон и епархиальных архиереев поддерживал в тех же претензиях на независимость от царских интервенций.
Архиереи с его легкой руки стали называть себя «государями» и говорили: «мы суду царскому не подлежим, судит нас сам патриарх».