24 сентября CDC опубликовало официальное заявление о том, что вирус, похожий на вирус лихорадки Западного Нила, стал причиной гибели нескольких птиц. CDC также объявило, что проведет дополнительные лабораторные тесты, чтобы определить, могли ли люди, у которых был диагностирован энцефалит Сент-Луис, или те, у кого были симптомы энцефалита, но чьи болезни не были подтверждены как энцефалит Сент-Луис, на самом деле быть инфицированными чем-то, похожим на вирус лихорадки Западного Нила. 27 сентября CDC официально переклассифицировало вспышку энцефалита Сент-Луис во вспышку болезни, подобной лихорадке Западного Нила. Этот процесс переклассификации заболевания людей был таким же чрезмерно долгим, как и диагностика птиц.
Почти с самого начала были некоторые оговорки относительно идентификации новой болезни. Хотя большинство факторов указывало на энцефалит Сент-Луис, было несколько признаков, указывающих на другую этиологию заболевания. Уже упоминалось, что первым сигналом тревоги стала смерть птиц, но при этом не было сообщений о проявлениях у этих птиц симптомов энцефалита Сент-Луис. Во-вторых, ранее не было задокументировано ни одного яркого клинического примера клинического энцефалита Сент-Луис, и эта вспышка была уникальной с эпидемиологической точки зрения. В городе Нью-Йорк не было до этого зарегистрировано ни одного случая энцефалита Сент-Луис, а во всем штате за последние 35 лет было всего девять случаев заражения энцефалитом. Во время предыдущих вспышек энцефалит Сент-Луис, как правило, распространялся на север вдоль долин рек Огайо и Миссисипи и оставлял за собой следы из заболевших. В 1999 году в стране не было вспышки энцефалита Сент-Луис. И, наконец, в-третьих, лабораторные исследования на людях в некоторых случаях предполагали наличие энцефалита Сент-Луис, но в других случаях результаты было труднее интерпретировать. Кроме того, тесты, проводившиеся в течение большей части сентября, были недостаточно точными, чтобы подтвердить случай энцефалита Сент-Луис или опровергнуть конкурирующую гипотезу.
Именно неубедительные результаты тестов побудили Департамент здравоохранения города Нью-Йорк в середине сентября обратиться к д-ру Яну Липкину, руководителю лаборатории новых заболеваний в ирвинском филиале Калифорнийского университета, для изучения образцов тканей пяти погибших от энцефалита пациентов. Лаборатория начала тестирование 21 сентября, а три дня спустя Липкин был практически уверен, что присланный вирусный генетический материал принадлежит не вирусу энцефалита Сент-Луис, а одному из двух близкородственных вирусов: Кунджин или лихорадки Западного Нила. 24 и 25 числа лаборатория передала эти результаты в Департамент здравоохранения штата Нью-Йорк и города, в CDC города Атланта и CDC города Форт-Коллинз.
Напав на след благодаря болезням птиц, ученые из CDC Форт-Коллинза использовали похожие генетические тесты, чтобы независимо подтвердить случаи заражения как минимум 25 болеющих энцефалитом людей вирусом, похожим на вирус лихорадки Западного Нила. CDC официально заявило об этих результатах 27 сентября. Директор офиса CDC в Форт-Коллинзе, д-р Дуэйн Габлер, назвал внезапное появление лихорадки Западного Нила самым большим событием в североамериканской абровирусологии за последние 50 лет.
К октябрю 1999 года энцефалит Западного Нила привел к подтвержденной официально гибели тысяч диких птиц и семи человек, хотя истинный масштаб вспышки еще не был определен. 8 октября группа реагирования на чрезвычайные ситуации Министерства сельского хозяйства США выявила 25 случаев заражения вирусом лихорадки Западного Нила у лошадей в штате Лонг-Айленд. Лошади в Коннектикуте и Нью-Джерси также были проверены на вирус, но положительных результатов не было. В то же время Европейский союз запретил импорт лошадей и птицы из пострадавших районов Нью-Йорка, Нью-Джерси и Коннектикута.
