Сообщаю Вашему сиятельству сию высочайшую волю к надлежащему исполнению. Я буду иметь честь ожидать отзыва Вашего по сему предмету для доклада государю императору».
В штабе 2-й армии заволновались. В Петербург отправили обстоятельный ответ: «Майор Раевский арестован и находится под следствием»; «Но как за постоянное правило я себе поставил не утруждать его императорское величество донесениями моими до совершенно узнания всех подробностей дел, мною представляемых, и как обвинения, падшие на Раевского, относятся наиболее к прежнему времени, то и исследование оных не могло быть вскоре окончательно… и должно было исполняться тайным образом…» В этом докладе главнокомандующий, дав развернутую характеристику на Раевского, указал, что он командовал 9-й егерской ротой, имел репутацию ученого офицера, а когда был произведен в майоры, то в прошлом июле месяце дивизионный командир и назначил его «начальником не лицея (как сказано в отношении Вашего сиятельства), но школы, составленной в то время из юнкеров». Школа комплектовалась частично из молдавских дворян «особенно не образованных» и находилась под постоянным наблюдением корпусного командира генерала Сабанеева. Это обстоятельство давало право быть уверенному, что школа существует на вполне законном основании и закрытию не подлежит.
«…Наконец, не продолжительной бытности в Бессарабии генерал-лейтенант Сабанеев узнал, что управляющий школою майор Раевский хотя и имеет познания хорошие, но, находясь еще в 32-м егерском полку, при разных случаях объяснял он мысли превратные и нетерпимые в службе, как сие также было при известии о происшествии Семеновского полка, которое будто бы он находил похвалы достойным. Генерал-лейтенант Сабанеев, дабы убедиться в истине сих познаний, арестовал майора Раевского и, взяв его все бумаги, донес о том мне.
По всем сим уважениям я предписал учредить Следственную комиссию… Комиссия действует со всевозможною поспешностью, но поелику обстоятельства дела относятся наиболее к прошедшим годам, то медленности, происходящие от справок, допросов и переписки, необходимо задерживают окончание оного, и хотя подтверждал я о скорейшем завершении сего исследования, но, не получив еще обстоятельного донесения, не мог и не должен по обязанности моей, без точного объяснения и основываясь на одних тайных доносах, делать представление мое его императорскому величеству…»
После ареста Раевского Сабанеев решил самолично допросить многих солдат и офицеров. Полагая, что в данном случае коллективный допрос солдат окажется наиболее верным. Но с самого начала его тактика провалилась: в шести ротах допрашиваемые солдаты хором ответили: «Майор Раевский приказывал нам служить верою и правдою богу и великому государю до последней капли крови». Хотя, по признанию самого Раевского, он никогда этого им не говорил.
Никакого политического процесса Сабанеев не желал, а сводил все к дисциплинарным нарушениям и антиправительственным разговорам. Промахи и упущения в следствии, на которые потом указали высшие следственные инстанции, Сабанеев делал по большей части сознательно, понимая, что открытие какого-либо политического союза в его корпусе могло сильно повредить служебной карьере, хотя он и писал Киселеву, что «союз воняет заговором государственным», но Киселев и сам не желал политического скандала в армии и тайно поддерживал Сабанеева. Четыре месяца велось тайное расследование, и только 17 марта была создана Следственная комиссия, которую возглавил начальник штаба 6-го корпуса генерал Вахтен.
Сабанеев знал, кому поручить следствие. Начальник штаба корпуса генерал Вахтен, немец по национальности, ненавидел Раевского за то, что он говорил о засилье в армии так называемых «немцев», а также всегда «резал» только правду, даже в глаза старшим начальникам. При инспектировании полка, когда Раевский еще был ротным командиром, Вахтен донес, что Раевский много говорит при старших и даже тогда, когда его не спрашивают. Кроме того, «он за свой счет сшил для роты двухшовные сапоги». Вахтен не забыл упомянуть и о том, что Раевский «часто стреляет из пистолета в цель».
Теперь начались официальные допросы. В качестве свидетелей было привлечено 50 офицеров и около 600 солдат.
Для допроса многочисленных свидетелей в разные места выехали члены Комиссии военного суда с «вопросными пунктами», заготовленными Сабанеевым. Перед Комиссией особенно усердствовал юнкер Сущов, которого инструктировал лично Сабанеев. Когда по какому-то пункту недоставало обвинения, он срочно вызывал Сущова, и тот давал дополнительные показания. Возили Раевского и на очные ставки.