В декабре 2000 года, после того как Верховный суд США вынес вердикт о победе в президентских выборах представителя Республиканской партии Джорджа Буша-младшего, директор Центральной разведки Тенет лично доложил новому американскому лидеру обо всех нюансах борьбы с надвигающейся террористической угрозой и о пока неудачных попытках разведки уничтожить руководство «Аль-Каиды». Вскоре после вступления в должность президент Буш-младший был вынужден констатировать факт неудовлетворительного состояния дел в Разведывательном сообществе страны. Вновь всплыл тезис о том, что «все восемнадцать директоров Центральной разведки потерпели фиаско в своих попытках объединить Разведсообщество» [3, с. 489]. Однако за первый год пребывания в Белом доме и новый президент со своей администрацией не смогли предпринять должных мер по наведению порядка в спецслужбах. Показательно, что в этот период бюджет министерства обороны вырос сразу на 7 процентов, тогда как ЦРУ и остальная часть сообщества разведки получили прибавку в размере всего лишь 0,03 процента [3, с. 489].
Расклад сил в администрации президента Буша-младшего между тем свидетельствовал о начале резкого смещения акцентов в механизме выработки внешнеполитических решений в пользу госсекретаря Кондолизы Райс, министра обороны Дональда Рамсфелда и вице-президента Дика Чейни, испытывавших растущее недоверие к возможностям ЦРУ. Несмотря на практически ежедневные личные доклады директора ЦРУ президенту, Буш-младший все же в большей степени доверял оценкам Рамсфелда, базировавшимся на информации, добытой военной разведкой, и касавшимся главным образом таких глобальных проблем, как соотношение вооруженных сил и военных потенциалов государств, сокращение ядерного и обычного оружия, военно-политическая ситуация в мире и т. п. Борьба с терроризмом и его проявлениями по-прежнему оставалась прерогативой ЦРУ, но в тот период не считалась первоочередной. Однако Тенету в конце концов удалось убедить президента и его ближайших советников в необходимости подключения потенциала министерства обороны к решению антитеррористических задач на Среднем Востоке. Так, к концу 2000 — началу 2001 годов были достигнуты позитивные результаты в применении боевых беспилотников, а затем и принято решение об их непосредственном использовании для уничтожения инфраструктуры террористов в регионе, для чего были подключены соответствующие разведструктуры МО США.
Однако во многом неожиданные для американского руководства «мегатеракты» 11 сентября 2001 года в Нью-Йорке и пригороде Вашингтона (Пентагон) продемонстрировали, по признанию Тенета, «системный провал» американской разведки. В качестве реакции на эти события президент США фактически объявил в стране состояние войны (с международным терроризмом). 17 сентября Буш направил четырнадцатистраничную секретную директиву, адресованную лично Тенету и возглавляемому им Разведсообществу, в которой разведке были предоставлены неограниченные полномочия, превращавшие ЦРУ и другие спецслужбы страны по сути в организации, несвойственные демократическому обществу. В частности, перед директором ЦРУ и главой Управления национальной безопасности (в то время генералом Майклом Хайденом) была поставлена задача по прослушке граждан на территории США, что явилось прямым нарушением американских законов, принятых в 70-е годы по результатам работы комиссий по проверке деятельности разведслужб. Вновь была объявлена мобилизация уволенных в предыдущие годы сотрудников практически во все структуры Разведывательного сообщества, включая военную разведку.