Введение контингента американских войск в Афганистан осенью 2001 года и относительно быстрая оккупация наиболее важных административных центров страны осуществлялись в основном при обеспечивающих функциях военной разведки США. Однако основные силы афганского сопротивления в лице движения «Талибан» не пострадали и быстро растворились в горной местности либо переместились на подконтрольную пуштунским племенам территорию соседнего Пакистана. Перед ЦРУ и военной разведкой была поставлена первоочередная задача любым путем найти и уничтожить руководство «Аль-Каиды» и, если представится возможность, пленить бен Ладена. Американские разведчики из ЦРУ применили свой излюбленный способ подкупа лидеров афганских племен с тем, чтобы они навели спецназ на место дислокации штаба террористов. Параллельно американская авиация по наводке военной разведки и завербованных ЦРУ агентов из местного населения предприняла массовые бомбардировки целей в горных районах. Сотрудники разведки и американского спецназа выискивали и пленяли либо уничтожали значительное количество боевиков-джихадистов (причем не только в Афганистане и соседних странах), но тем не менее оказались бессильны в том, чтобы захватить ключевые фигуры так называемого движения исламского сопротивления. В очередной раз неудачно сработали наводчики авиации, в результате чего имели место неоднократные удары ВВС, авиации ВМС и беспилотников по гражданским объектам с весьма значительным количеством жертв среди мирного населения. Это, опять же в очередной раз, вызвало негодование общественности, американских законодателей и президентской администрации, обвинивших сотрудников военной разведки, но также и ЦРУ, в некомпетентности и халатности при выполнении принципиально важных заданий руководства.
В следующем, 2002 году администрация Буша-младшего при поддержке Конгресса начала подготовку операции по захвату Ирака под надуманными предлогами, в том числе относительно связи Багдада с международным терроризмом и планов иракского лидера Саддама Хусейна обзавестись оружием массового поражения. Примечательно, что директор Центральной разведки Тенет и на этот раз подыграл вашингтонскому истеблишменту, хотя, как позже стало известно, американская разведка не располагала убедительными данными о связях иракского руководства с террористами и тем более не обладала данными о серьезных наработках иракцев в области создания ядерного оружия.
20 марта 2003 года началась так называемая вторая война в Заливе, главную роль в подготовке которой сыграли ЦРУ и военная разведка США. И на этот раз разведка США в целом оказалась не на высоте. Прежде всего, как показал последующий анализ, были допущены грубые просчеты относительно оценки морального состояния иракских вооруженных сил. Действительно, в целом ряде случаев американским агентам удалось тривиально подкупить командиров соединений СВ и попросту заставить их сложить оружие еще до вступления в бой. Однако значительная часть подразделений иракских ВС, особенно республиканской гвардии, оказала серьезное, порой фанатичное сопротивление оккупантам. Рейды отрядов сил специальных операций США с целью поиска доказательств наличия у Саддама Хусейна оружия массового поражения, проводимые по наводке сотрудников военной разведки, так и не увенчались успехом, но привели к неоправданным жертвам среди американских военнослужащих. Наводчики авиации также допустили беспрецедентно большое количество ложных целеуказаний, в результате чего имели место многочисленные жертвы среди гражданского населения. Но, пожалуй, самым существенным недостатком разведки, причем как военной, так и ЦРУ, было абсолютно неадекватное прогнозирование развития ситуации в стране после окончания активной фазы военных действий. Вместо ожидавшейся стабилизации в стране разразилась настоящая гражданская война, в которую не по своей воле оказались втянуты части и соединения американского контингента, начавшего нести существенные потери в живой силе и технике. Президент Буш и его ближайшее окружение выразили недовольство работой разведчиков, а во время очередного брифинга глава государства с негодованием прямо заявил: «ЦРУ просто строит догадки» [3, с. 507].
Джордж Тенет понимал, что его дни на посту директора Центральной разведки сочтены, но тем не менее дал указание провести внутреннее расследование и вскрыть причины неудач разведки в ходе подготовки и осуществления операции по захвату Ирака. Расследование завершилось в июле 2004 года, но доклад по нему был в течение двух лет засекречен. Главный же вывод по нему, ставший позже достоянием гласности, сводился к тому, что после окончания холодной войны американская разведка в целом оказалась в положении недофинансирования и отсутствия должного внимания со стороны руководства страны, отсюда и промахи, и череда неудач в подготовке и осуществлении специальных мероприятий. 8 июля 2004 года, через семь лет после того, как он занял свой пост, Джордж Тенет ушел в отставку.