Жесткая политика правительства в сфере религии, ставшая более эффективной после учреждения Церковной комиссии, транслировалась вниз через региональные синоды, местные пресвитерии, старейшин и служителей церкви и затрагивала каждого. Малейшее сопротивление в виде полива капусты и отбеливания полотна в субботу или еще каких-либо «трудов в поле» во время церковной службы могло привести к публичному порицанию или наказанию. На традиционные праздники и суеверия смотрели хмуро, как на покушения на моральные устои, а межевые знаки, пережившие иконоборчество Реформации, грубые резные изображения и древние каменные кресты валили на землю. Насаждение пресвитерианской дисциплины иногда приглушало фамильную вражду и межличностные ссоры, но иногда усиливало их. Знати и дворянству было особенно трудно принять нарушение их привилегий и вторжение в их личную жизнь, что временами приводило к неповиновению. «Как бы тебя ни сравнивали с собакой, здесь ты лаять не будешь», – сказал Дейм Гризел Гамильтон, преграждая непопулярному проповеднику путь к своей кафедре. Доносчики множились, преследования за колдовство расцветали особенно пышно. Однако значительная часть Шотландии признавала достоинства этой жесткой дисциплины, даже если ее применение часто не приветствовалось. И если людей раздражало требование пресекать игру на волынке и времяпровождение в хорошей компании, то пьянство, блуд и драки действительно следовало прекратить, а таких шлюх, как «Хайленд Мери, служанка Джеймса Бальфура», проводившая свое свободное время, «скандальным образом беседуя» с солдатами в Стерлинге, нужно было как следует отчитать и отослать домой. В Лоуленде лишь меньшинство населения по религиозным, политическим или личным причинам было категорически против всевластия церкви. Но любой, кто критиковал правительство, вероятно, заслужил бы тайную симпатию со стороны соседей, потому что лишь немногие особо стойкие могли жить, строго следуя утвержденным теперь нормам. Однако оппоненты ковенантеров обманывали себя, когда принимали эту пассивную случайную симпатию за признак повсеместной ненависти к власти священников. Это было не так. Большинство тех, кто слушал жалобы других и изливал свои беды за кружкой эля, в более трезвом состоянии были убеждены в правильности или, по меньшей мере, в полезности нового устроения.
Оппозиция Ковенанту концентрировалась в определенных районах Хайленда. Чтобы искоренить древние кельтские обычаи и католическую веру, которая упрямо продолжала существовать, правительство убеждало студентов, говорящих на гэльском, становиться священнослужителями. Но чтобы результаты этой политики стали ощутимы, должно было пройти много лет. Между тем старый антагонизм между кельтским Хайлендом и саксонским Лоулендом вызывал в горах естественное возмущение правительством ковенантеров и в особенности тем, что синоды пытались покончить с беззаконием кланов, используя в качестве оружия отлучение от церкви. Вместе с тем часто деление по политическим и религиозным причинам еще больше запутывалось из-за соперничества и личных интересов отдельных вождей.
Кэмпбеллы, доминировавшие в Западном Хайленде, были беззаветно преданы своему вождю Аргайлу. Однако это только сильнее настраивало против Ковенанта многочисленные кланы, которые враждовали с Кэмпбеллами, а именно Макдоналдов с островов и основной территории, Маклинов из Ардгура и Дуарта, и такие объявленные вне закона кланы, как Мак-Грегоры и Мак-Набы. Враждебность Кэмеронов по отношению к Кэмпбеллам сдерживал тот факт, что Аргайл забрал их молодого вождя на учебу в Инверэри, но Стюарты из Атолла, запуганные и обиженные внезапным нападением Аргайла в 1640 г., были в лучшем случае ненадежными союзниками правительства.
Обитавший дальше к северу граф Сифорт из клана Маккензи в молодости был активным ковенантером, но позднее связался с Монтрозом в попытке подорвать влияние Аргайла. Его нынешняя позиция вызывала сомнения. В то же время граф Сазерленд, соперничавший с ним за доминирование в регионе, был первым, кто в 1638 г. подписал Ковенант и никогда не отступал от него, и можно было положиться на то, что его влияние удержит большую часть дальнего севера в подчинении правительству. Однако лорд Грей из Сратнавера был роялистом, а о Маклеоде из Ассинта ходили слухи, что он тоже из «зловредных». Но самая большая потенциальная опасность исходила от Гордонов. Их глава Хантли оставался непоколебимо – хотя и не продуктивно – верен королю. Многие из людей его клана были католиками и разделяли скорее взгляды епископальной (англиканской) церкви, теологический центр которой находился в соседнем Абердинском университете. Местные обыватели, всегда неприязненно относившиеся к Ковенанту, ворчали на высокие налоги и обижались на своего главного пресвитерианского священника Эндрю Канта, который, прибыв к ним, на два года лишил их доступа к таинству евхаристии, сказав, что за меньшее время не сможет сделать их достойными участвовать в нем.