Некоторые джентльмены на местах укрепили свои дома, вооружили слуг и следили, чтобы никакая помощь парламенту деньгами или как-то иначе из ближайших к их жилищу окрестностей не поступала. Так же действовали сторонники парламента, поэтому мелкие местные войны между такими враждующими гарнизонами стали еще одной характерной чертой этой войны. Так, замок Брамтон-Брайан, принадлежавший сэру Роберту Харли, оставался парламентской крепостью в роялистском Херефордшире. Мидлендс был нашпигован такими укрепленными пунктами, из которых самым известным являлся Рашалл-Холл близ Бирмингема и который долгое время удерживали роялисты. Оттуда их кавалерийская бригада постоянно наносила ущерб противнику. Другими роялистскими крепостями стали дом сэра Джона Уинтера в Форест-оф-Дине, «лесной чуме» и занозе на правом фланге парламентского гарнизона Глостера, и красивое здание аббатства Кум-Хир в Редноршире, источнике постоянной угрозы любым действиям сторонников парламента в тех местах. По ходу развития войны такие независимые гарнизоны стали своего рода напастью даже для той стороны, которую поддерживали, поскольку их командиры собирали дань с окрестностей, но не желали делиться своей прибылью даже с дружественными войсками. Из Северного Уэльса поступили жалобы на некоторых роялистских полковников, которые «пьют свой эль среди камней, не позволяя никаким другим военным частям квартировать поблизости, поскольку опасаются, что им помешают собирать дань».
Добровольных защитников короля трудно было подчинить дисциплине, так как они редко соглашались отрешиться от той социальной иерархии, которая определяла их поведение в мирное время. Один кавалер со своими старыми друзьями из числа пленных «круглоголовых» устроил среди ночи кутеж по случаю их пленения, и когда офицер, отвечавший за охрану пленных, потребовал, чтобы он ушел, его оскорбили и прогнали прочь. Капитаны кавалерии Руперта, хотя и подчинялись своим командирам, презирали и оскорбляли офицеров артиллерии. «Офицеры ваших войск наотрез отказываются подчиняться, и этому примеру следуют солдаты из их частей», – писал принцу расстроенный губернатор Абингтона. Сам Руперт старался поддерживать дисциплину и часто возмущался, когда его надменные знатные коллеги подавали плохой пример. «Позвольте мне выразить вашему высочеству мое крайнее недовольство тем, что вынужден служить в таких условиях», – высокомерно жаловался на его приказы Уилмот.
На стороне парламента проблем, вызванных социальными различиями, было не меньше. «Он был недоволен, что служит под моим началом, и укорял меня… в отношении моей профессии, поскольку я торговец, – жаловался один офицер из армии «круглоголовых» на своего дерзкого подчиненного, – но я сказал ему, что, хотя и занимаюсь торговлей, я джентльмен и могу показать свой герб».
Рядовому составу с обеих сторон дисциплина была неведома. В первые месяцы войны войска парламента не поддавались никакому контролю со стороны своих неопытных и часто напуганных офицеров, которые «не осмеливались использовать никаких имевшихся в их распоряжении дисциплинарных инструментов, кроме собственной шляпы». После захвата Рединга Эссекс оказался не в состоянии удержать своих людей от ограбления побежденных. Солдаты короля были немногим лучше. Корнуолльская пехота – вскоре она стала самой известной и лучшей за всю войну – с готовностью шла за своими командирами в бою, но в другое время делала то, что ей вздумается. Не отличались от нее и другие части королевской армии. Один кавалерийский офицер так описывал свои попытки обуздать подчиненных: «Я уговаривал их со всей настойчивостью, но вся команда уже спала». Другой заявлял, что «наши люди неуправляемы и, я полагаю, такими и останутся, если кое-кого из них не повесить».
Граф Форт, принц Руперт и сэр Джейкоб Астли прикладывали массу усилий, чтобы установить высокие стандарты дисциплины, но на протяжении всей войны в армии короля оставалось слишком много командиров, которые интерпретировали свои обязанности на свой вкус. Кроме того, неприязнь между профессионалами и дилетантами, чьи деньги и титулы купили им продвижение по службе, не исчезла, а перерастала в ожесточение.